Fiche de révision : Typage bactérien en hygiène hospitalière

📋 Plan du Cours

1. Typage épidémiologique
2. Méthodes moléculaires
3. Marqueurs génétiques
4. Techniques de séquençage
5. Analyse de la transmission
6. Applications en hygiène
7. Objectifs du typage
8. Critères de performance

📖 1. Typage épidémiologique

🔑 Notions clés & Définitions

• Typage épidémiologique : Ensemble de méthodes permettant d’identifier et de différencier les souches bactériennes pour suivre leur transmission, leur évolution et leur prévalence dans une population, afin d’orienter les mesures de contrôle (voir objectifs en hygiène hospitalière et hors hygiène).
• Clone bactérien : Groupe de souches bactériennes issues d’une même origine, présentant des caractères phénotypiques et génotypiques très proches, définissant une unité épidémiologique en épidémiologie (d’après Davin-Régli et Bollet, 2000).
• Épidémie plasmidique : Phénomène où la diffusion de résistances ou de caractères virulents se fait principalement par transfert horizontal de plasmides entre différentes souches ou clones, plutôt que par propagation d’un clone unique (voir transmission plasmidique).
• Objectifs du typage en hygiène hospitalière : Déterminer l’existence et l’extension d’une épidémie, identifier les réservoirs, sources, modes de transmission, et suivre la prévalence de types bactériens pour planifier des mesures préventives (voir objectifs spécifiques).
• Surveillance épidémiologique locale et nationale : Recueil systématique d’informations pour détecter, suivre et analyser la diffusion des souches bactériennes, en utilisant des profils de typage pour comparer les souches isolées dans différents contextes (voir surveillance épidémiologique).
• Importance de la transmission : Notion centrale dans l’investigation épidémiologique, elle permet d’identifier comment une bactérie se propage entre patients, personnel ou environnement, et d’adapter les mesures de contrôle en conséquence (voir analyse de la transmission).

📝 Points essentiels

• Le typage épidémiologique vise à différencier les souches bactériennes pour suivre leur circulation et leur évolution dans le temps et l’espace.
• La notion de clone repose sur la proximité génétique et phénotypique, même si l’affirmation d’un même clone est parfois difficile en pratique, notamment à cause de l’instabilité génétique des bactéries (d’après Davin-Régli et Bollet, 2000).
• La diffusion d’un clone bactérien est caractéristique d’une épidémie clonale, tandis que la diffusion plasmidique concerne la propagation horizontale de gènes de résistance ou de virulence, indépendamment de l’origine des souches (voir transmission plasmidique).
• Les méthodes de typage modernes, telles que le séquençage du génome entier (NGS), permettent une discrimination très fine entre souches, facilitant la détection de transmission croisée ou de réservoirs environnementaux.
• La surveillance épidémiologique, qu’elle soit locale ou nationale, repose sur la comparaison systématique des profils de souches, avec des critères de stabilité et de reproductibilité pour assurer la fiabilité des résultats.
• La compréhension de la transmission, notamment par la différenciation entre transmission clonale et plasmidique, est essentielle pour orienter les mesures de lutte et éviter la propagation de résistances ou de souches virulentes (voir importance de la transmission).

💡 À retenir

Le typage épidémiologique est un outil clé pour suivre la circulation des bactéries, différencier les clones, et orienter efficacement les mesures de contrôle en hygiène hospitalière et hors hygiène.

📖 2. Méthodes moléculaires

🔑 Notions clés & Définitions

• Typage par amplification génique (PCR) : Technique consistant à amplifier des régions spécifiques du génome bactérien à l’aide de primers, permettant d’obtenir un profil génétique distinctif pour différencier les souches (voir aussi MLST, SpaTyping).
• Typage par PCR et séquençage (ex : MLST, SpaTyping, MIRU-VTNR) : Approche combinant amplification de gènes de ménage ou ciblés, suivie de leur séquençage pour caractériser précisément les souches bactériennes, notamment par séquençage de gènes spécifiques ou de plusieurs loci.
• Typage par électrophorèse en champs pulsés (ECP) : Technique basée sur la digestion de l’ADN chromosomique par des enzymes de restriction, puis séparation des fragments par électrophorèse en champs pulsés, permettant un profil de macrorestriction très discriminant (voir aussi profil de macrorestriction).
• Typage par sondes nucléiques (ribotypie, IS6110, spoligotyping) : Méthode utilisant des sondes spécifiques pour détecter des séquences conservées ou variables du génome bactérien, comme les gènes de l’ARN ribosomal ou la séquence IS6110, pour différencier les souches (voir aussi spoligotyping).
• Techniques de PCR aléatoire (AP-PCR, RAPD, rep-PCR, ERIC-PCR) : Amplification de fragments d’ADN par amorces courtes et peu spécifiques, générant des profils génétiques variés, rapides et peu coûteux, utiles pour la détection de la diversité génétique.
• Séquençage du génome entier par NGS : Technologie de séquençage à haut débit permettant d’obtenir la totalité du génome bactérien, facilitant une analyse fine de la relation épidémiologique entre souches (voir aussi MLST, spa-typing).

📝 Points essentiels

• Intérêt du typage moléculaire : Analyse directe du génome bactérien, offrant une capacité de typage élevée, une grande stabilité et une discrimination précise. La technique de séquençage par NGS permet une analyse exhaustive, identifiant notamment les SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) pour différencier finement les clones.
• Méthodes classiques vs modernes : Les techniques rapides comme la biotypie, antibiotypie ou sérotypie sont utiles en routine pour l’alerte, mais présentent un pouvoir discriminant limité. Les méthodes moléculaires telles que MLST, SpaTyping, MIRU-VNTR, ECP ou sondes nucléiques offrent une meilleure résolution et reproductibilité.
• Typage par électrophorèse en champs pulsés (ECP) : Très discriminant, il permet de différencier les clones par analyse de profils de macrorestriction, mais demande un matériel spécialisé et une interprétation rigoureuse.
• Typage par sondes nucléiques : La ribotypie, utilisant la conservation des gènes de l’ARN ribosomal, est un marqueur universel avec un bon pouvoir discriminant si les enzymes de restriction sont bien choisies. La spoligotyping, spécifique à Mycobacterium tuberculosis, repose sur la détection de séquences spacers dans la région DR.
• Techniques de PCR aléatoire : RAPD, rep-PCR, ERIC-PCR sont rapides, peu coûteuses, mais leur reproductibilité peut varier. Elles sont souvent utilisées pour des études de diversité ou de transmission dans des contextes épidémiologiques précis.
• Séquençage par NGS : Offre une résolution inégalée, permettant d’établir des relations phylogénétiques précises, de suivre la transmission et d’identifier des mutations spécifiques. La standardisation et le coût en diminution rendent cette méthode de plus en plus accessible.

💡 À retenir

Les méthodes moléculaires, notamment le séquençage du génome entier par NGS, offrent une capacité de typage précise, reproductible et adaptée à la surveillance épidémiologique fine, permettant d’identifier avec exactitude les relations entre souches et de suivre leur diffusion.

📖 3. Marqueurs génétiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Polymorphisme des enzymes : Davin-Régli et Bollet (2000) : variation génétique observable dans le profil enzymatique d’une souche bactérienne, utilisé comme marqueur génétique pour différencier les souches.
• Profil plasmidique : ensemble des plasmides présents dans une souche bactérienne, caractérisé par leur taille et leur nombre, utilisé pour suivre la diffusion de plasmides résistants.
• Profil de restriction ADN total : méthode consistant à couper l’ADN chromosomique par des enzymes de restriction, puis à analyser la taille des fragments par électrophorèse, permettant de différencier les clones.
• SNP (Single Nucleotide Polymorphism) : Davin-Régli et Bollet (2000) : variation ponctuelle d’une seule paire de bases dans le génome, utilisée pour différencier finement des souches proches.
• Ribotypie : typage basé sur l’analyse des séquences des gènes codant pour les ARN ribosomaux, notamment par hybridation avec des sondes nucléaires, permettant une classification taxonomique et épidémiologique.
• MLST (Multilocus Sequence Typing) : séquençage de “gènes de ménage” (7 loci) pour définir un type moléculaire précis d’une souche, utilisé pour suivre la phylogénie et la diffusion des clones.

📝 Points essentiels

• Les marqueurs génétiques exploitent la variabilité du génome bactérien, notamment par le polymorphisme des enzymes (ex : isoenzymes), offrant une excellente capacité de discrimination et une reproductibilité élevée (Davin-Régli et Bollet, 2000).
• Le profil plasmidique permet de suivre la diffusion de plasmides résistants, notamment en contexte épidémiologique, mais sa stabilité peut varier.
• La restriction de l’ADN total après coupure par des enzymes spécifiques donne un profil de macrorestriction très discriminant, notamment par électrophorèse en champs pulsés (ECP).
• La ribotypie utilise la conservation des gènes ribosomaux, avec une bonne reproductibilité et un bon pouvoir discriminant, notamment pour la classification taxonomique.
• La méthode MLST offre une classification précise en séquençant 7 gènes de ménage, permettant une comparaison internationale via bases de données.
• La diffusion épidémiologique des clones peut être suivie par la comparaison des profils de restriction ou des séquences SNP, en utilisant des bases de données standardisées.

💡 À retenir

Les marqueurs génétiques, notamment par séquençage ou profilage de l’ADN, offrent une capacité de typage précise, stable et reproductible, essentielle pour l’investigation épidémiologique et le suivi des clones bactérien.

📖 4. Techniques de séquençage

🔑 Notions clés & Définitions

• Séquençage de nouvelle génération (NGS) : technologie permettant de séquencer simultanément des millions de fragments d’ADN, avec une capacité de lecture allant de 30 à 250 paires de bases pour Illumina® (Davin-Régli et Bollet, 2000). Elle offre une analyse rapide, précise et à haut débit pour l’étude génomique bactérienne.
• MLST (Multilocus Sequence Typing) : méthode de séquençage de “gènes de ménage” (7 gènes choisis) pour caractériser les clones bactériens, en déterminant leur type de séquence (Davin-Régli et Bollet, 2000). Elle permet une classification précise et une comparaison internationale via bases de données.
• SpaTyping : séquençage du gène spa chez Staphylococcus aureus, basé sur l’analyse des répétitions dans la séquence codante de la protéine A, permettant une classification internationale des souches (Davin-Régli et Bollet, 2000).
• Profil de macrorestriction par électrophorèse en champs pulsés (ECP) : analyse du génome entier après coupure par des enzymes spécifiques, séparant de grands fragments d’ADN pour différencier les clones avec un pouvoir discriminant excellent, mais une manipulation complexe (Davin-Régli et Bollet, 2000).
• Sondage nucléique (ribotypie) : reconnaissance de séquences conservées, notamment celles codant les ARN ribosomaux, pour un typage fiable et reproductible, utilisé en épidémiologie (Davin-Régli et Bollet, 2000).
• Typage par PCR-séquençage : amplification et séquençage ciblé de gènes spécifiques (ex : MLST, SpaTyping), rapide, reproductible, avec un pouvoir discriminant élevé, mais coûteux en réactifs et équipement (Davin-Régli et Bollet, 2000).

📝 Points essentiels

• Le séquençage de nouvelle génération (NGS) permet d’obtenir des millions de reads simultanément, avec une flexibilité de lecture courte ou longue selon la plateforme (Illumina®, Ion Torrent®, MinION®). Son application en hygiène consiste à analyser le génome entier ou des régions ciblées pour une typification précise.
• La méthode MLST séquence 7 gènes de “métier” pour définir un type de clone, facilitant la surveillance épidémiologique et la comparaison internationale.
• La technique SpaTyping est spécifique à S. aureus et permet une classification rapide et standardisée, utile en contexte hospitalier.
• La macrorestriction par ECP offre un pouvoir discriminant excellent, mais demande une manipulation longue et coûteuse, adaptée à la surveillance de clones épidémiques.
• La ribotypie utilise la conservation des gènes ribosomaux pour un typage fiable, notamment pour la surveillance des mycobactéries.
• La comparaison entre méthodes classiques (PCR, séquençage ciblé) et NGS montre que ce dernier offre une meilleure résolution, une stabilité accrue et une capacité d’analyse globale, mais avec un coût et une complexité bio-informatique plus élevés.

💡 À retenir

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) révolutionne le typage bactérien en permettant une analyse précise, rapide et globale du génome, surpassant largement les méthodes classiques en termes de discriminant et de stabilité, mais nécessite une infrastructure adaptée et une expertise en bio-informatique.

📖 5. Analyse de la transmission

🔑 Notions clés & Définitions

• Typage moléculaire : Technique permettant d’analyser la composition génétique d’une souche bactérienne pour déterminer ses caractéristiques spécifiques, facilitant l’identification des sources et des modes de transmission (voir aussi "Utilisation du typage pour identifier les sources et réservoirs d’infection").
• Sources et réservoirs d’infection : Origines ou lieux où se maintiennent et se multiplient les agents infectieux, pouvant être identifiés grâce aux données de typage (voir aussi "Utilisation du typage pour identifier les sources et réservoirs d’infection").
• Transmission interhumaine : Passage d’un agent infectieux d’une personne à une autre, confirmé par la similarité des souches bactériennes grâce au typage moléculaire (voir aussi "Rôle du typage dans la confirmation de la transmission interhumaine").
• Investigation épidémiologique : Processus systématique visant à recueillir, analyser et interpréter les données de typage pour comprendre la dynamique de transmission d’un agent infectieux, comme dans l’épidémie de SARM en maternité ou la méningite nosocomiale.
• Sources de contamination : Lieux ou agents (personnel, environnement, matériel médical) identifiés par typage comme étant à l’origine de la diffusion de souches infectieuses, permettant d’orienter les mesures de contrôle.
• Utilisation des données de typage : Application pratique pour orienter les mesures de prévention, de contrôle et d’éradication des infections, en confirmant la transmission ou en identifiant des réservoirs spécifiques.

📝 Points essentiels

• Le typage moléculaire, notamment par techniques comme le séquençage du génome entier (NGS), permet d’établir des liens épidémiologiques précis en comparant les profils génétiques des souches isolées (voir aussi "Analyse directe du génome bactérien" et "Typage par séquençage").
• La notion de clone bactérien, définie par Davin-Régli et Bollet (2000), désigne un ensemble de souches très proches génétiquement, issus d’une même origine, et dont la similarité est confirmée par des méthodes comme le séquençage ou l’électrophorèse en champs pulsés (ECP).
• La transmission horizontale plasmidique, notamment via la diffusion de plasmides de résistance, peut entraîner une épidémie plasmidique, distincte de la diffusion d’un clone bactérien (voir aussi "Transmission plasmidique").
• La capacité de discrimination des méthodes de typage, évaluée par le pouvoir discriminant et la reproductibilité, est essentielle pour distinguer des souches liées ou indépendantes, comme illustré par les études sur SARM ou Clostridium difficile.
• La comparaison des profils génétiques (ex : SNPs, profils plasmidiques) permet de suivre la transmission, de repérer des réservoirs environnementaux ou humains, et d’identifier des événements de contamination croisée.
• Le typage par NGS offre une meilleure résolution et une standardisation reproductible pour le suivi épidémiologique, en permettant notamment la détection de différences de quelques SNPs entre souches proches.

💡 À retenir

Le typage moléculaire est un outil clé pour analyser la transmission des agents infectieux, identifier les sources, confirmer la diffusion interhumaine, et orienter efficacement les mesures de contrôle en hygiène hospitalière et en santé publique.

📖 6. Applications en hygiène

🔑 Notions clés & Définitions

• Typage bactérien (Fayolle, 2013) : méthode permettant d’identifier et de différencier les souches bactériennes pour suivre leur circulation, notamment dans le cadre de la prévention des infections nosocomiales.
• Transmission plasmidique (Fayolle, 2013) : phénomène où des éléments génétiques mobiles, comme les plasmides, se diffusent horizontalement entre bactéries, contribuant à la propagation de la résistance aux antibiotiques et à la diffusion de clones résistants.
• Bactéries hautement résistantes (BHRe) (Fayolle, 2013) : souches bactériennes possédant des mécanismes de résistance étendus, nécessitant un typage spécifique limité pour leur surveillance.
• Surveillance épidémiologique locale (Fayolle, 2013) : recueil et analyse systématique des données sur la circulation des souches bactériennes dans un établissement, pour détecter des épidémies ou des transmissions croisées.
• Clone bactérien (Fayolle, 2013) : ensemble de souches bactériennes issues d’un même ancêtre commun, identifiées par des techniques de typage, et impliquées dans la diffusion d’une infection ou d’une résistance.

📝 Points essentiels

• Le typage permet de déterminer l’existence et l’extension d’une épidémie en comparant les souches isolées (Fayolle, 2013).
• La surveillance des bactéries résistantes, notamment BHRe, repose sur des techniques de typage moléculaire pour suivre leur diffusion et détecter la propagation horizontale via la transmission plasmidique (Fayolle, 2013).
• La notion de clone bactérien est essentielle pour comprendre la diffusion épidémique : en pratique, deux bactéries sont considérées comme du même clone si leurs caractères phénotypiques et génotypiques sont très proches, ce qui est confirmé par le séquençage du génome entier par NGS (Fayolle, 2013).
• La transmission plasmidique peut entraîner une diffusion rapide de résistances, même entre clones différents, ce qui complique la gestion des épidémies (Fayolle, 2013).
• Les méthodes de typage moléculaire, telles que l’AP-PCR, le séquençage par NGS, ou le profil plasmidique, ont des capacités variées de discrimination, de reproductibilité, et de coût, influençant leur choix selon le contexte épidémiologique (Fayolle, 2013).
• La détection de clones ou de plasmides résistants permet d’adapter rapidement les mesures d’hygiène, de renforcer la désinfection, ou de modifier les protocoles de traitement pour limiter la propagation (Fayolle, 2013).

💡 À retenir

Le typage bactérien, en particulier par séquençage génomique, est un outil clé pour suivre la diffusion des clones et des plasmides résistants, permettant d’adapter efficacement les mesures de contrôle en milieu hospitalier.

📖 7. Objectifs du typage

🔑 Notions clés & Définitions

• Déterminer l’existence et l’extension d’une épidémie : Identifier si une infection est due à une propagation locale ou à une source unique, en utilisant le typage pour suivre la diffusion des souches bactériennes (Fayolle, 2023).
• Identifier les réservoirs, les sources et les modes de transmission : Localiser les lieux ou personnes responsables de la transmission d’un agent infectieux, notamment par différenciation des clones ou souches (Fayolle, 2023).
• Suivre la prévalence de types bactériens : Surveiller la fréquence et la distribution des différents types bactériens dans une population colonisée ou infectée, pour anticiper ou prévenir des épidémies (Fayolle, 2023).
• Vérifier l’efficacité d’un traitement : Différencier une rechute (même clone) d’une récidive (nouveau clone) afin d’évaluer la réussite ou l’échec thérapeutique (Fayolle, 2023).
• Objectifs de la surveillance épidémiologique : Recueillir, traiter et analyser des données pour suivre la flore bactérienne, apprécier les variations dans le temps, et détecter précocement des transmissions ou résistances (Fayolle, 2023).

📝 Points essentiels

• Le typage épidémiologique permet d’évaluer la diffusion et la propagation d’un agent infectieux, en distinguant les clones ou souches liés ou indépendants (Fayolle, 2023).
• La différenciation entre rechute et récidive repose sur la comparaison des clones par typage moléculaire, notamment par séquençage du génome entier ou méthodes moléculaires avancées (Fayolle, 2023).
• La surveillance de la prévalence des types bactériens, notamment via des techniques comme le NGS ou le PCR-séquençage, permet d’anticiper les épidémies et d’adapter les mesures de contrôle (Fayolle, 2023).
• La vérification de l’efficacité des traitements par typage est essentielle pour différencier une infection persistante (même clone) d’une nouvelle infection par un clone différent, ce qui guide la stratégie thérapeutique (Fayolle, 2023).
• La surveillance épidémiologique par typage vise aussi à détecter la transmission plasmidique ou clonale, notamment en repérant la diffusion de gènes de résistance ou de facteurs de virulence (Fayolle, 2023).

💡 À retenir

Le typage épidémiologique est un outil clé pour suivre, contrôler et prévenir la diffusion des agents infectieux en permettant d’identifier les sources, de différencier rechutes et récidives, et d’évaluer l’impact des mesures de lutte.

📖 8. Critères de performance

🔑 Notions clés & Définitions

• Pouvoir discriminant : Probabilité qu’une méthode de typage distingue deux souches échantillonnées au hasard et non reliées épidémiologiquement, idéalement 100% (selon Hunter, date non précisée).
• Reproductibilité : Capacité d’une méthode à produire des résultats cohérents et comparables lors de répétitions, essentielle pour la fiabilité des analyses (voir section 3).
• Coût : Investissement financier nécessaire pour réaliser une méthode de typage, variant selon la complexité et la technologie utilisée (voir section 4).
• Stabilité : Capacité d’un marqueur à conserver ses caractéristiques au cours du temps, permettant une comparaison fiable entre différentes études ou périodes (voir section 3).
• Facilité d’interprétation : Facilité avec laquelle les résultats d’un typage peuvent être compris et exploités par les utilisateurs, influençant la rapidité et la précision des décisions (voir section 3).

📝 Points essentiels

• Critères de performance des marqueurs :
  • Pouvoir discriminant doit être élevé pour différencier efficacement les souches, avec une valeur idéale proche de 100% selon Hunter (date non précisée).
  • Reproductibilité garantit la cohérence des résultats, permettant une comparaison fiable dans le temps et entre laboratoires (voir section 3).
  • Facilité de réalisation et interprétation sont cruciales pour l’utilisation en routine, notamment pour les techniques rapides comme PCR ou biotypie, où la simplicité influence la rapidité d’action.
  • Coût doit être compatible avec les ressources disponibles, la balance entre coût et performance étant un enjeu majeur dans le choix des méthodes.
• Évaluation comparative :
  • Les méthodes classiques (biotypie, antibiotypie) ont un faible pouvoir discriminant et une reproductibilité limitée, mais sont faciles à réaliser et peu coûteuses.
  • Les méthodes moléculaires (PCR, NGS) offrent un pouvoir discriminant élevé, une stabilité et une reproductibilité accrues, mais à un coût plus élevé et avec une complexité technique supérieure.
• Limites des méthodes classiques :
  • Faible capacité de différenciation, notamment pour des clones proches.
  • Difficulté à assurer une reproductibilité entre laboratoires ou sur le long terme.
• Avantages des méthodes moléculaires :
  • Analyse directe du génome, permettant une discrimination précise et une stabilité accrue.
  • Possibilité de standardisation et de comparaison à l’échelle nationale ou internationale via des bases de données.
• Paramètres influençant la reproductibilité PCR :
  • Extraction d’ADN, concentration, choix des amorces, qualité de la Taq, thermocycleur, etc., doivent être contrôlés pour garantir la cohérence des résultats (voir section 4).

💡 À retenir

Les critères de performance, notamment le pouvoir discriminant, la reproductibilité et la facilité d’interprétation, déterminent la fiabilité et l’utilité pratique des méthodes de typage, avec un compromis souvent nécessaire entre coût et performance.

📊 Tableaux de Synthèse

⚠️ Pièges & Confusions Fréquentes

1. Confondre clone bactérien et épidémie plasmidique, qui ne se propagent pas par la même voie.
2. Surestimer la stabilité des profils de macrorestriction en électrophorèse en champs pulsés, qui peuvent varier selon les conditions.
3. Confondre typage par PCR ciblé (MLST, spa-typing) et typage par électrophorèse (ECP), qui ont des discriminations différentes.
4. Négliger l’importance de la reproductibilité dans le choix des méthodes moléculaires.
5. Confondre polymorphisme enzymatique (Davin-Régli & Bollet) et polymorphisme SNP, qui ne sont pas de même nature.
6. Surestimer la résolution du profil plasmidique seul pour différencier toutes les souches.
7. Confondre la détection de plasmides et la différenciation des clones, qui ne sont pas toujours liées.

✅ Checklist Examen

1. Connaître la définition de typage épidémiologique selon Davin-Régli et Bollet (2000).
2. Savoir différencier clone bactérien et épidémie plasmidique.
3. Maîtriser les objectifs du typage en hygiène hospitalière, notamment la détection et le suivi des épidémies.
4. Connaître les méthodes moléculaires principales : PCR, MLST, spa-typing, ECP, NGS.
5. Comprendre l’intérêt du séquençage du génome entier (NGS) pour le typage précis.
6. Identifier les marqueurs génétiques utilisés : polymorphismes enzymatiques, SNP, profil plasmidique.
7. Connaître les principes de la ribotypie et spoligotyping.
8. Savoir différencier les techniques de PCR aléatoire (RAPD, rep-PCR, ERIC-PCR) et leurs applications.
9. Maîtriser les critères de stabilité et de reproductibilité des profils de typage.
10. Comprendre la différence entre typage moléculaire classique et moderne (NGS).
11. Connaître l’importance de la transmission clonale versus plasmidique dans la diffusion bactérienne.
12. Vérifier la maîtrise des critères de performance des méthodes de typage (discrimination, reproductibilité, stabilité).