Matrice de divergence — définition ?
Proportion de sites différents entre deux séquences.
Alignement multiple — rôle ?
Comparer plusieurs séquences pour détecter homologues et relations évolutives.
Matrice des alignements par paires — fonction ?
Compiler distances ou scores entre chaque paire de séquences.
Arbre des distances — base ?
Construite à partir d'une matrice de distances entre séquences.
Alignement progressif — principe ?
Ajouter les séquences moins similaires selon leur similarité croissante.
UPGMA — hypothèse clé ?
Taux d’évolution constant (horloge moléculaire).
Méthode NJ — différence avec UPGMA ?
Ne suppose pas l’horloge, construit arbre non enraciné.
Maximum de parcimonie — objectif ?
Trouver l’arbre minimisant le nombre de changements évolutifs.
Méthode bayésienne — approche ?
Utilise un modèle probabiliste pour inférer l’arbre le plus probable.
Phase ascendante — étape ?
Créer plusieurs arbres par ré-échantillonnage pour tester leur stabilité.
Arbres pour copies modifiées — but ?
Évaluer la robustesse des regroupements phylogénétiques.
Scores de confiance — comment ?
Fréquence d’apparition des branches dans les arbres bootstrap.
Différence UPGMA/NJ — hypothèse ?
UPGMA suppose horloge constante, NJ pas.
Alignement multiple — avantage ?
Identifie sites conservés et variables entre plusieurs séquences.
Matrice de divergence — utilisation ?
Quantifier différences évolutives entre deux séquences.
Arbre des distances — utilité ?
Représente synthétiquement divergences évolutives.
Alignement progressif — étape critique ?
Choix de la paire la plus similaire pour débuter.
Méthode bayésienne — inconvénients ?
Calculs longs, nécessite une distribution a priori.
Scores bootstrap — interprétation ?
Mesure de la fiabilité d’une branche.
Différence UPGMA/NJ — dans l’utilisation ?
UPGMA pour horloge constante, NJ pour plus de flexibilité.
Phase ascendante — objectif ?
Tester la stabilité des relations phylogénétiques.
Reconstruction pour copie modifiée — raison ?
Vérifier la cohérence des regroupements.
Scores de confiance — importance ?
Indiquent la solidité des branches de l’arbre.
Matrice de divergence — types de mutations ?
Transitions (purine↔purine, pyrimidine↔pyrimidine) et transversions (purine↔pyrimidine).
Testez vos connaissances avec un QCM de 12 questions sur Introduction aux méthodes phylogénétiques.
1. Quelle est la conséquence principale de la création de plusieurs versions des données par ré-échantillonnage lors de la phase ascendante dans la reconstruction d'arbre ?
2. À quelle fréquence une nouvelle version de la base de données GenBank est-elle publiée ?
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