Flashcards : Python et biologie des séquences — 60 cartes

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1Question

Quelle est la différence entre = et == en Python ?

Réponse

= affecte une valeur, == compare deux valeurs.

2Question

Quels types Python sont utilisés dans cette fiche ?

Réponse

int, float, str, bool, list, tuple et dict.

3Question

Que fait l'opérateur // en Python ?

Réponse

Il réalise une division entière.

4Question

Que renvoie l'opérateur % en Python ?

Réponse

Le reste de la division.

5Question

Que fait la fonction input() en Python ?

Réponse

Elle lit une donnée saisie par l’utilisateur.

6Question

Que fait la fonction print() en Python ?

Réponse

Elle affiche un résultat à l’écran.

7Question

Qu'impose l'indexation pour accéder à une lettre d'une chaîne ?

Réponse

La première position a l'indice 0 et la dernière l'indice -1.

8Question

Que fait le slicing sur une chaîne de caractères ?

Réponse

Il extrait une portion avec la borne de début incluse et la borne de fin exclue.

9Question

Que sélectionne l'expression `seq[1:4]` dans une chaîne ?

Réponse

Les positions 1, 2 et 3.

10Question

Que réalise l'expression `seq[::-1]` sur une séquence ?

Réponse

Elle inverse l'ordre des caractères.

11Question

Quelles méthodes de chaîne sont utilisées pour manipuler du texte ?

Réponse

Les méthodes `.upper()`, `.lower()`, `.count()`, `.replace()`, `.strip()` et `.join()`.

12Question

Que fait une boucle for avec une séquence ?

Réponse

Elle parcourt successivement les éléments de la séquence.

13Question

Comment obtenir les indices dans une boucle for sur DNA ?

Réponse

Avec range(len(DNA)).

14Question

Quand une boucle while répète-t-elle son bloc ?

Réponse

Tant que sa condition est vraie.

15Question

Que faut-il modifier dans une boucle while pour éviter une boucle infinie ?

Réponse

La variable de contrôle.

16Question

Que teste une structure if, elif, else ?

Réponse

Des conditions successives.

17Question

Que fait la structure if, elif, else si une condition est vraie ?

Réponse

Elle exécute le bloc correspondant à la première condition vraie.

18Question

Que fait la structure if, elif, else si aucune condition n'est vraie ?

Réponse

Elle exécute le bloc else.

19Question

Que représentent les opérateurs and, or, not et in ?

Réponse

ET, OU, NON et l’appartenance.

20Question

Quelle différence principale existe entre une liste et un tuple en Python ?

Réponse

Une liste est modifiable, un tuple ne l'est pas.

21Question

Quelle méthode Python ajoute un élément à la fin d'une liste ?

Réponse

La méthode append() ajoute un élément.

22Question

Que fait la méthode sort() sur une liste Python ?

Réponse

Elle trie les éléments de la liste.

23Question

Que représente un dictionnaire de complémentarité en biologie ?

Réponse

Il associe A à T, T à A, C à G et G à C.

24Question

Qu'est-ce qu'une fonction en Python ?

Réponse

Un bloc de code réutilisable défini avec def.

25Question

Que fait l'instruction return dans une fonction ?

Réponse

Elle renvoie un résultat réutilisable par le programme.

26Question

Quelle différence y a-t-il entre return et print ?

Réponse

print affiche une valeur et renvoie None.

27Question

Que fait la fonction complementaire(DNA) ?

Réponse

Elle renvoie la séquence complémentaire de DNA.

28Question

Comment commence la ligne d'en-tête dans le format FASTA ?

Réponse

Par le caractère >.

29Question

Quelle est la première étape pour lire un fichier FASTA ?

Réponse

L'ouvrir en mode lecture.

30Question

Comment sont stockées les séquences lors du parsing FASTA ?

Réponse

Les noms d'en-tête sont les clés d'un dictionnaire.

31Question

Que fait-on aux lignes lues dans un fichier FASTA avant de les traiter ?

Réponse

On applique .strip() pour supprimer les retours à la ligne.

32Question

Que contient la valeur associée à chaque clé dans le dictionnaire du parsing FASTA ?

Réponse

La concaténation des lignes de séquence suivantes.

33Question

Que suit la ligne d'en-tête dans un fichier FASTA ?

Réponse

Une ou plusieurs lignes de séquence.

34Question

Quelle est la dernière étape après avoir parcouru un fichier FASTA ?

Réponse

Le fermer.

35Question

Qu'est-ce qu'une expression régulière en Python ?

Réponse

Un outil pour rechercher des motifs dans un texte avec le module re.

36Question

Que signifie [GC] dans une expression régulière ?

Réponse

Cela signifie la lettre G ou la lettre C.

37Question

Que signifie [^ATGC] dans une expression régulière ?

Réponse

Cela signifie tout caractère sauf A, T, G ou C.

38Question

Que signifie T{5,} dans une expression régulière ?

Réponse

Cela signifie au moins cinq T consécutifs.

39Question

Que signifie le symbole $ dans une expression régulière ?

Réponse

Il indique la fin de la chaîne.

40Question

Quels outils aléatoires fournit le module random en Python ?

Réponse

randint(), choice(), shuffle(), sample() et random().

41Question

Comment calcule-t-on le pourcentage de GC dans une séquence ?

Réponse

On calcule GC=nombre de G+nombre de Clongueur de la seˊquence×100\mathrm{GC} = \frac{\mathrm{nombre\ de\ G} + \mathrm{nombre\ de\ C}}{\mathrm{longueur\ de\ la\ séquence}} \times 100.

42Question

Comment réalise-t-on la transcription ADN vers ARN dans la fiche ?

Réponse

En remplaçant chaque T par U avec DNA.replace('T', 'U').

43Question

Comment extrait-on les exons indiqués dans la fiche ?

Réponse

En concaténant DNA[:64] et DNA[91:].

44Question

Comment génère-t-on une séquence aléatoire de 100 bases à 60 % de GC ?

Réponse

En créant un pool de 20 A, 20 T, 30 G, 30 C, puis en le mélangeant et prenant 100 bases.

45Question

Comment calcule-t-on le nombre de mutations dans mutate(protein, rate) ?

Réponse

Avec round(longueur × rate / 100).

46Question

Comment choisit-on les positions à muter dans mutate(protein, rate) ?

Réponse

Avec random.sample() pour éviter les doublons.

47Question

Comment remplace-t-on les acides aminés choisis dans mutate(protein, rate) ?

Réponse

Par des éléments aléatoires parmi les 20 acides aminés.

48Question

Qu'associe la complémentarité de l'ADN ?

Réponse

La complémentarité associe A à T et C à G.

49Question

Que signifie l'antiparallélisme de l'ADN ?

Réponse

Les deux brins sont orientés en sens opposés, 5'→3' et 3'→5'.

50Question

Quelle est la différence entre un exon et un intron ?

Réponse

Un exon est codant, un intron est non codant.

51Question

Quels acides aminés sont hydrophobes ?

Réponse

A, I, L, M, F, V, P et G sont hydrophobes.

52Question

Qu'est-ce qu'un poly-T ?

Réponse

Une suite d'au moins cinq T consécutifs.

53Question

Que peut provoquer un remplacement séquentiel de A par T puis T par A ?

Réponse

Il peut transformer toute la séquence en A.

54Question

Quelle méthode réalise correctement une complémentation simultanée ?

Réponse

Un dictionnaire ou une boucle lettre par lettre.

55Question

À quel indice Python commence-t-il ?

Réponse

À 0.

56Question

Que représente la position 1 dans une séquence Python ?

Réponse

Le deuxième caractère.

57Question

Que signifie le slicing `[1:3]` en Python ?

Réponse

Il exclut la position 3.

58Question

Quelles positions inclut le slicing `[1:4]` en Python ?

Réponse

Les positions 1, 2 et 3.

59Question

Quelles étapes faut-il suivre pour résoudre un exercice ?

Réponse

Identifier l’entrée, déterminer l’opération, choisir l’outil adapté.

60Question

Quels outils peut-on choisir pour effectuer une opération sur une séquence ?

Réponse

Une boucle, un dictionnaire, `.count()`, `re` ou `random`.

Teste-toi avec le QCM

Teste tes connaissances avec un QCM de 27 questions sur Python et biologie des séquences.

1. Quelle instruction compare la valeur de `x` à 10 sans modifier cette variable ?

2. Quelle valeur produit l’expression 1717 \\% 5 en Python ?

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