QCM : Python et biologie des séquences — 27 questions

Explication

L’opérateur `==` teste si deux valeurs sont égales, tandis que `=` affecte une valeur à une variable. L’expression `x = 10` modifierait donc le contenu de `x` au lieu de réaliser une comparaison.

Explication

L’opérateur `%` renvoie le reste de la division entière : 17 divisé par 5 laisse un reste de 2. L’opérateur `//` aurait produit le quotient entier, soit 3.

Explication

L’indice `-1` désigne le dernier caractère d’une chaîne, ici `T`. L’indice 0 désigne le premier caractère, tandis que l’indice 4 dépasse les positions valides de cette chaîne.

Explication

Le slicing inclut la borne de début et exclut la borne de fin : les indices 1, 2 et 3 correspondent donc à `C`, `G` et `T`. La borne 4 n’est pas comprise dans le résultat.

Explication

Le pas négatif de `seq[::-1]` parcourt les caractères de la fin vers le début et produit `CTGA`. L’expression `seq[:]` conserve la séquence entière dans son ordre initial.

Explication

Une boucle `for base in DNA` parcourt directement les éléments de la séquence, donc `base` contient successivement chaque caractère. Pour parcourir les indices, il faudrait utiliser une construction comme `range(len(DNA))`.

Explication

La variable de contrôle doit évoluer afin que la condition `i < 5` puisse finalement devenir fausse. Afficher `i` ne change pas sa valeur et ne permet donc pas, à lui seul, de terminer la boucle.

Explication

Le bloc `else` s’exécute lorsqu'aucune des conditions précédentes n’est vraie, sans tester une nouvelle condition. Un bloc `elif`, en revanche, introduit une condition alternative à évaluer.

Explication

Une liste Python est modifiable, alors qu’un tuple ne peut pas être modifié après sa création. Confondre leurs propriétés conduirait à attribuer au tuple la possibilité de changer ses éléments.

Explication

Le dictionnaire de complémentarité associe A à T, T à A, C à G et G à C. L’association de A avec C inverse la correspondance correcte entre les bases azotées.

Explication

Une fonction est un bloc de code réutilisable introduit par def, pouvant recevoir des arguments et renvoyer un résultat avec return. Une boucle sert plutôt à répéter une série d’instructions et ne constitue pas par elle-même une fonction.

Explication

print affiche une valeur, mais sa valeur de retour est None, tandis que return transmet une valeur réutilisable au programme. Remplacer return par print empêche donc l’appelant de récupérer cette valeur comme résultat.

Explication

La fonction consulte le dictionnaire A:T, T:A, C:G, G:C pour chaque base, ajoute le complément obtenu et renvoie la nouvelle séquence. Le tri ou la suppression des répétitions ne font pas partie de ce traitement.

Explication

Le format FASTA commence chaque séquence par une ligne d’en-tête dont le premier caractère est >, puis fournit une ou plusieurs lignes de séquence. Les autres structures proposées ne correspondent pas à l’organisation caractéristique du format FASTA.

Explication

La méthode .strip() nettoie chaque ligne, notamment en retirant les retours à la ligne. La méthode close() sert à fermer le fichier après sa lecture et n’effectue pas ce nettoyage.

Explication

Le parsing utilise le nom d’en-tête comme clé et rassemble les lignes de séquence suivantes en une seule valeur. Inverser ces rôles ferait perdre la fonction d’identification portée par l’en-tête.

Explication

La fonction `re.findall()` renvoie la liste de toutes les occurrences correspondant au motif recherché. À l’inverse, `re.search()` sert à rechercher une occurrence, sans fournir la collection complète des correspondances.

Explication

Le pourcentage de GC vaut $\mathrm{GC} = \frac{30 + 50}{200} \times 100 = 40\ \%$. Le dénominateur correspond à la longueur totale de la séquence, tandis que le numérateur compte seulement les G et les C.

Explication

La recette réalise la transcription simplifiée en remplaçant chaque thymine T par une uracile U avec `DNA.replace('T', 'U')`. L’association de bases deux à deux décrit plutôt une relation de complémentarité.

Explication

En Python, `DNA[:64]` inclut les positions 0 à 63, et `DNA[91:]` commence à la position 91. La combinaison de ces deux tranches extrait donc les portions demandées.

Explication

Le pool contient 30 G et 30 C, soit 60 bases GC sur 100, ainsi que 20 A et 20 T. Le pool équilibré à 25 bases par type donnerait une proportion de GC de 50 %, et non de 60 %.

Explication

La complémentarité associe A à T et C à G, tandis que l’antiparallélisme indique que les deux brins sont orientés en sens opposés. Confondre ces notions revient à attribuer l’orientation des brins aux règles d’appariement des bases.

Explication

Dans la distinction donnée, l’exon correspond à une région codante et l’intron à une région non codante. L’inversion de ces rôles constitue la confusion principale entre les deux types de régions.

Explication

Un poly-T est une suite d’au moins cinq thym es T consécutifs, comme `TTTTT`. Une suite de quatre T ne satisfait pas le seuil minimal, même si elle ne contient aucune autre base entre eux.

Explication

Le second remplacement agit également sur les « T » produits par le premier, d’où la transformation possible de toute la séquence en « A ». Un changement de longueur ou de position n’explique pas ce piège, puisque les remplacements de lettres conservent ici la longueur de la séquence.

Explication

Python utilise une indexation commençant à zéro : `seq[0]` désigne le premier caractère et `seq[1]` le deuxième. Confondre l’indice avec une position commençant à un conduit à sélectionner le premier caractère au lieu du deuxième.

Explication

La résolution commence par l’identification de l’entrée et de l’opération, avant le choix d’un outil comme une boucle, un dictionnaire, `.count()`, `re` ou `random`. Commencer par un outil prédéterminé inverse cette démarche et risque de l’adapter à un problème mal compris.