Génomique fonctionnelle — définition ?
Étude du lien entre génotype et phénotype à l’échelle du génome.
Problématique des omiques — but ?
Analyser à grande échelle biomolécules pour comprendre la biologie.
Technologies en génomique — exemples ?
PCR en temps réel, puces à ADN, séquençage NGS.
PCR en temps réel — principe ?
Amplification et détection simultanées avec signal en cours de cycle.
Puces à ADN — support ?
Support solide avec sondes pour hybridation d’acides nucléiques.
Séquençage NGS — plateforme ?
Illumina, Roche 454, Ion Torrent.
Séquençage ARN — méthode ?
RNA-seq, convertit ARN en ADNc pour séquençage.
Interprétation expression génique — outil ?
Cartes thermiques et clustering pour visualiser et regrouper.
Génotypage — ce qu’il détecte ?
Variations comme SNP, insertions, délétions, nombre de copies.
Épigénétique — définition ?
Modifications transmissibles de la chromatine influençant l’expression.
Méthylation ADN — cible principale ?
Cytosines en position C5 (m5c).
ChIP — utilisation principale ?
Identifier régions liées à des modifications ou protéines.
Bisulfite — rôle ?
Convertit C non méthylées en uraciles, détecte la méthylation.
RNA-seq — objectif ?
Étudier le transcriptome sans séquence préalable.
2e gen vs 3e gen — différence ?
2e gen : lectures rapides, 3e gen : longs fragments.
Carte thermique — couleurs ?
Rouge: ↑, Bleu: ↓, Noir: inchangé.
Variations couvertes par le génotypage ?
Copies, insertions, délétions, SNP.
Méthode d’analyse des données d’expression ?
Extraction, QC, normalisation, analyse différentielle, interprétation.
Matériel de base des omiques ?
Séquences nucléotidiques ou d’acides aminés.
Limite PCR temps réel ?
Besoin de connaître la séquence du gène.
Teste tes connaissances avec un QCM de 20 questions sur Introduction à la génomique fonctionnelle.
1. Comment se définit la génomique fonctionnelle ?
2. Quels niveaux d’information sont combinés pour reconstituer comment l’ADN produit des fonctions complexes en cellule ?
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