QCM : Introduction à la génomique fonctionnelle — 20 questions

Explication

La génomique fonctionnelle relie le génotype au phénotype à l’échelle du génome en intégrant plusieurs données moléculaires. Les autres propositions décrivent des approches trop limitées ou sans intégration multi-niveaux.

Explication

Le cours indique que les gènes, les transcrits et les protéines sont combinés pour relier l’ADN aux fonctions cellulaires. Les autres choix ne correspondent pas aux niveaux d’information mentionnés.

Explication

Les acides nucléiques reposent sur une séquence ordonnée de nucléotides, utilisée comme base de la génomique et de la transcriptomique. La séquence d’acides aminés concerne plutôt les protéines.

Explication

Le support de l’information biologique en protéomique est la séquence d’acides aminés des protéines. Les autres propositions ne correspondent pas au matériau de base décrit pour cette approche.

Explication

La PCR en temps réel amplifie une cible et suit le signal pendant les cycles d’amplification. Les autres techniques n’ont pas ce principe de détection cyclique.

Explication

Les puces à ADN reposent sur des sondes fixées sur une surface solide qui hybridisent des acides nucléiques marqués. Les autres propositions décrivent d’autres types de techniques ou de molécules.

Explication

La transcription inverse transforme l’ARN en ADNc, qui sert de matrice à la PCR en temps réel lorsqu’on veut mesurer l’expression. Sans cette étape, l’ARN ne peut pas être amplifié directement par cette méthode.

Explication

Le cours précise que la PCR en temps réel est plus sensible que les puces à ADN pour de faibles variations d’expression. Elle nécessite au contraire de connaître le gène cible pour concevoir les amorces.

Explication

Affymetrix est cité comme fabricant utilisant la synthèse in situ des sondes. Agilent est, lui, associé à l’impression par jet d’encre.

Explication

Le signal de fluorescence d’une sonde est proportionnel au nombre de fragments d’acide nucléique correspondants dans l’échantillon. Les autres propositions ne décrivent pas le principe de lecture des puces à ADN.

Explication

Le séquençage de nouvelle génération est défini comme un ensemble de technologies générant massivement des lectures en parallèle. La PCR en temps réel mesure une amplification, mais ne produit pas ce type de lectures massives.

Explication

Illumina (Solexa) est explicitement cité comme plateforme de séquençage de nouvelle génération. Affymetrix et Agilent concernent des puces à ADN, pas le séquençage.

Explication

Le RNA-seq repose sur la conversion des transcrits en ADNc par rétro-transcription. L’hybridation et la réticulation appartiennent à d’autres méthodes d’analyse moléculaire.

Explication

PacBio et Nanopore sont décrites comme des technologies capables de lire des fragments plus longs, utiles pour l’épissage alternatif. La comparaison sur une puce correspond plutôt aux puces à ADN.

Explication

Une carte thermique visualise l’expression relative grâce à des couleurs indiquant les variations. Elle ne montre pas des séquences ni des variations de nombre de copies.

Explication

Le regroupement sert à rassembler gènes ou échantillons selon la similarité de leur profil d’expression afin de faire apparaître des signatures. Les autres propositions correspondent à d’autres techniques.

Explication

Le génotypage détecte notamment les SNP, ainsi que des insertions, délétions et variations du nombre de copies. Les modifications d’histones relèvent de l’épigénétique.

Explication

L’hybridation comparative du génome utilise le rapport d’intensité pour déduire une variation du nombre de copies. Elle ne sert pas à lire la séquence protéique ni la méthylation de l’ARN.

Explication

Le bisulfite est le traitement utilisé pour distinguer cytosines méthylées et non méthylées. Les autres éléments sont associés à la PCR en temps réel ou au séquençage, pas à cette conversion chimique.

Explication

Le ChIP-seq associe immunoprécipitation de chromatine et séquençage pour cartographier des régions associées à des modifications d’histones. RNA-seq étudie l’ARN, tandis que la puce à ADN et la PCR ont d’autres usages.