Fiche de révision : Microbiologie pour infirmiers

📋 Plan du Cours

1. Fondements et repères historiques
2. Classification du monde microbien
3. Bactéries et caractéristiques
4. Diagnostic microbiologique
5. Antibiotiques et résistances
6. BMR et BHRe
7. Champignons, parasites et virus
8. Prions et pathogénicité
9. Flores commensales et fonctions
10. Flores selon les localisations
11. Prévention des infections

📖 1. Fondements et repères historiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Microbiologie : Science qui étudie les micro-organismes invisibles à l’œil nu.

★ À maîtriser

• En France, environ 3000 à 4000 décès par an sont liés aux infections associées aux soins en établissement de santé.

• En 1847, Ignaz Semmelweis établit un lien entre l’hygiène des mains et la mortalité due à la fièvre puerpérale. — I. Semmelweis

• À la fin du XIXe siècle, Louis Pasteur développe la théorie des germes et réfute la génération spontanée.

Compléments

• Dans les années 1880, Robert Koch formule les postulats établissant un lien causal entre un microbe et une maladie. — Postulats de Koch

💡 Astuce mémo

Semmelweis → Pasteur → Koch : hygiène, germes, causalité

📖 2. Classification du monde microbien

🔑 Notions clés & Définitions

• Micro-organisme : Organisme vivant microscopique, unicellulaire ou pluricellulaire.

★ À maîtriser

📌 Les procaryotes comprennent notamment les bactéries et ne possèdent pas de vrai noyau, tandis que les eucaryotes comprennent notamment les champignons, algues et protozoaires et possèdent un noyau.

• Les principaux agents infectieux sont:
  • les bactéries
  • les champignons
  • les parasites
  • les virus
  • les prions

📌 La nomenclature binominale désigne chaque espèce par un genre commençant par une majuscule et une espèce en minuscule, l’ensemble étant écrit en italique, comme Homo sapiens ou Escherichia coli.

Compléments

• La multiplication dépend de:
  • nutriments
  • temps
  • température
  • eau
  • présence ou absence d’oxygène
  • pH souvent neutre

💡 Astuce mémo

Procaryotes sans vrai noyau, eucaryotes avec noyau

📖 3. Bactéries et caractéristiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Bactérie : Cellule procaryote mesurant environ 0,5 à 5 micromètres, visible au microscope optique et capable de vivre dans l’environnement ou sur les êtres vivants.

★ À maîtriser

• Une bactérie possède une paroi cellulaire, une membrane, un cytoplasme et du matériel génétique sans noyau vrai.

📌 Une bactérie aérobie se multiplie en présence d’oxygène, tandis qu’une bactérie anaérobie se multiplie en son absence.

• Les éléments particuliers ont les rôles suivants: la capsule contribue à la virulence, les flagelles permettent la mobilité, les spores confèrent une résistance extrême dans l’environnement

Compléments

• Les bactéries ont une morphologie sphérique appelée coque, allongée appelée bacille ou spirale appelée spirille.

• Après 10 heures, une bactérie peut donner naissance à 1 million de bactéries lorsque les conditions de chaleur, d’humidité et de nourriture sont favorables.

💡 Astuce mémo

Une bactérie : coque, bacille ou spirille, équipée d’une capsule, de flagelles ou de spores

📖 4. Diagnostic microbiologique

★ À maîtriser

📌 Une contamination du prélèvement microbiologique fausse l’ensemble du résultat.

• 🔄 Le diagnostic microbiologique suit les étapes suivantes: examen direct, coloration de Gram si une bactérie est observée, mise en culture, identification, antibiogramme

📌 Les bactéries Gram positif possèdent une paroi épaisse en peptidoglycane, tandis que les Gram négatif possèdent une paroi fine et une membrane externe.

• La mise en culture à 36 °C fournit un résultat en 24 heures, tandis que l’antibiogramme fournit un résultat en 48 heures.

Compléments

• Les principaux prélèvements sont:
  • l’hémoculture
  • l’ECBU
  • le prélèvement de plaie
  • le prélèvement respiratoire

💡 Astuce mémo

Prélèvement → examen direct → culture → identification → antibiogramme

📖 5. Antibiotiques et résistances

🔑 Notions clés & Définitions

• Antibiotique : Substance naturelle, semi-synthétique ou synthétique capable d’arrêter la multiplication des bactéries ou de les détruire.

★ À maîtriser

📌 Un antibiotique bactériostatique arrête la multiplication bactérienne, tandis qu’un antibiotique bactéricide détruit les bactéries.

• Les bêta-lactamines agissent sur la paroi bactérienne, les aminosides et macrolides sur la synthèse protéique, et les quinolones sur la réplication de l’ADN bactérien.

📌 La résistance naturelle concerne toutes les bactéries d’une même espèce, tandis que la résistance acquise ne concerne que certaines souches d’une espèce initialement sensible.

• Les mécanismes de résistance comprennent:
  • diminution de la perméabilité
  • efflux
  • modification de la cible
  • production de pénicillinases
  • production de BLSE
  • production de carbapénémases

Compléments

• Plus de 80 % des résistances bactériennes proviennent de l’acquisition d’informations génétiques portées par des structures mobiles, tandis que les mutations concernent 10 à 20 % des souches isolées en pathologie humaine.

💡 Astuce mémo

Pression antibiotique → sélection et diffusion des résistances → impasse thérapeutique

📖 6. BMR et BHRe

🔑 Notions clés & Définitions

• Bactérie multirésistante : Sensible à un petit nombre d’antibiotiques utilisables en thérapeutique en raison de l’accumulation de résistances acquises à plusieurs familles.
• Bactérie hautement résistante émergente : Bactérie commensale du tube digestif résistante à de nombreux antibiotiques et dont les mécanismes de résistance sont transférables.

★ À maîtriser

• Les entérobactéries résistantes aux céphalosporines de troisième génération ont pour réservoir le tube digestif, tandis que le SARM a principalement pour réservoir le nez.

📌 Un patient colonisé par une BMR ne présente aucun signe d’infection et ne reçoit pas de traitement curatif, tandis qu’un patient infecté présente des signes cliniques nécessitant des prélèvements et une antibiothérapie.

Compléments

• Les principales BHRe sont les entérobactéries productrices de carbapénémases et les entérocoques résistants aux glycopeptides.

• 🔄 Le dépistage d’une BHRe repose sur:

  1. un écouvillon rectal profond
  2. une culture classique
  3. une culture sur milieu chromogénique
  4. un test rapide de biologie moléculaire

💡 Astuce mémo

BMR : plusieurs familles résistantes ; BHRe : résistance émergente transférable

📖 7. Champignons, parasites et virus

🔑 Notions clés & Définitions

• Parasite : Vit aux dépens d’un être vivant qui l’accueille, tout en étant capable de se reproduire indépendamment.
• Virus : Agent de l’ordre du nanomètre qui ne se reproduit pas indépendamment et doit se multiplier obligatoirement à l’intérieur d’une cellule vivante.

★ À maîtriser

📌 Les moisissures sont des champignons filamenteux environnementaux et opportunistes, tandis que les levures sont rondes, présentes dans la flore humaine et occasionnellement pathogènes.

📌 Un virus enveloppé est fragile dans l’environnement et sensible aux désinfectants, tandis qu’un virus nu est plus résistant dans l’environnement.

Compléments

• Les modes de reproduction ou de transmission comprennent: bourgeonnement des levures, sporulation des autres champignons, migration des dermatophytes lors d’un contact humain ou animal

💡 Astuce mémo

Virus dépendants d’une cellule, parasites dépendants d’un hôte, champignons autonomes

📖 8. Prions et pathogénicité

🔑 Notions clés & Définitions

• Prion : Protéine modifiée et agent transmissible non conventionnel, mais ce n’est pas un micro-organisme.
• Pathogénicité : Capacité d’un micro-organisme à provoquer une maladie.

★ À maîtriser

• Les facteurs de virulence comprennent:
  • les toxines
  • les enzymes
  • la capsule
  • les adhésines

📌 Un agent pathogène strict provoque une infection chez les sujets non immunisés et ne fait pas partie de la flore normale, tandis qu’un agent occasionnel appartient à la flore normale et devient pathogène dans certaines circonstances.

• Lors d’une primo-infection tuberculeuse, 90 % des cas guérissent spontanément, puis la tuberculose maladie est pulmonaire dans 75 % des cas et extrapulmonaire dans 25 % des cas.

Compléments

📌 La prévention de la tuberculose repose notamment sur le BCG, dont l’efficacité est de 50 à 80 %, et sur les précautions complémentaires de type Air.

💡 Astuce mémo

Pathogénicité = capacité ; virulence = degré

📖 9. Flores commensales et fonctions

🔑 Notions clés & Définitions

• Flore commensale : Ensemble des micro-organismes présents sur ou dans l’organisme et participant à son bon fonctionnement.

📝 Points essentiels

• L’être humain possède environ 10^13 cellules et 10^14 micro-organismes.

• La flore commensale exerce une barrière biologique en inhibant l’implantation des bactéries exogènes.

• La flore digestive contribue à la digestion en: détruisant l’urée, hydrolysant certaines substances résistantes aux sucs intestinaux, synthétisant la vitamine K, synthétisant la vitamine B12, synthétisant l’acide folique, synthétisant la pyridoxine, synthétisant la biotine, synthétisant la riboflavine et le pantothénate

💡 Astuce mémo

Flore commensale équilibrée → barrière biologique et contribution nutritionnelle

📖 10. Flores selon les localisations

★ À maîtriser

📌 La flore résidente est profondément adhérente à la peau, tandis que la flore transitoire est acquise au contact des personnes, surfaces ou objets et peut être pathogène.

• Le nombre de bactéries digestives augmente du duodénum et du jéjunum, qui contiennent 10^2 à 10^4 bactéries par millilitre, jusqu’au côlon, qui en contient 10^11 par gramme.

• La flore digestive comprend notamment:

  • Bacteroides
  • Clostridium
  • Escherichia coli
  • Proteus
  • Klebsiella
  • Enterobacter
  • Citrobacter
  • Serratia
  • les streptocoques du groupe D
  • Lactobacillus et les entérocoques

• La flore vaginale est principalement constituée de lactobacilles, aussi appelés bacilles de Döderlein.

Compléments

• La densité de la flore cutanée varie de 10^2 bactéries par cm² sur peau sèche à 10^6 bactéries par cm² dans une zone humide et chaude.

• La flore buccale contient environ 10^5 à 10^6 micro-organismes par millilitre avec une nette prédominance de Streptococcus salivarius.

💡 Astuce mémo

Flore résidente adhérente, flore transitoire acquise

📖 11. Prévention des infections

🔑 Notions clés & Définitions

• Patient contact : Patient hospitalisé pris en charge par la même équipe soignante qu’un patient porteur de BHRe.

★ À maîtriser

• 🔄 La conduite à tenir en cas de BHRe comprend:
  1. gestion par l’équipe d’hygiène
  2. précautions complémentaires Contact renforcé
  3. enquête autour du cas
  4. dépistage des cas contacts

Compléments

📌 Les précautions complémentaires peuvent être levées après trois prélèvements négatifs réalisés à une semaine d’intervalle.

💡 Astuce mémo

Colonisation → dépistage ou surveillance → précautions adaptées

📊 Tableaux de synthèse

Types de résistance bactérienne