Qu'est-ce que l'annotation structurale en génomique ?
C'est l'identification des gènes codant des ARN ou protéines et leur organisation.
Quelle est la première étape de l'analyse d'un génome séquencé ?
L'identification de tous les gènes.
Que détermine-t-on après avoir identifié les gènes dans un génome ?
La nature et la fonction de leurs produits.
Qu'est-ce qu'un cadre ouvert de lecture (ORF) ?
Une séquence comprise entre deux codons stop.
Qu'est-ce qu'une CDS chez les procaryotes ?
Une séquence comprise entre un codon start et un codon stop.
Quels éléments comprend un gène codant une protéine chez un procaryote ?
Un promoteur, un site de fixation du ribosome, une CDS et un site de terminaison de la transcription.
Quels modèles utilisent les programmes de prédiction pour différencier régions géniques et intergéniques ?
Des modèles de Markov cachés.
Sur quoi sont entraînés les modèles de Markov cachés dans la prédiction des gènes ?
Sur un organisme spécifique.
Quels programmes sont utilisés pour les eucaryotes riches en introns ?
Des programmes adaptés aux eucaryotes riches en introns.
Quels algorithmes accompagnent les programmes pour eucaryotes riches en introns ?
Des algorithmes neuronaux.
Que déterminent les algorithmes neuronaux dans la prédiction des gènes eucaryotes ?
Le départ de transcription et les sites d’épissage.
Quelle est l'efficacité de la prédiction automatique chez les procaryotes ?
Elle atteint 98 à 99 %.
Comment est l'efficacité de la prédiction automatique chez les eucaryotes complexes ?
Elle est très mauvaise.
Quelles caractéristiques ont souvent les gènes chez les eucaryotes complexes ?
Ils sont très grands, avec beaucoup d'introns et de petits exons.
En quoi consiste la méthode des tiling arrays ?
Extraire les ARN, les convertir en cDNA marqué, puis hybrider sur une puce.
Que montrent les tiling arrays sur la transcription des génomes ?
La partie transcrite est beaucoup plus importante que prévu.
Qu'ont révélé les tiling arrays sur les régions intergéniques ?
Elles contiennent plus de transcription qu'on ne pensait.
Quelles sont les étapes principales du RNA-seq ?
Produire des cDNA fragmentés, ajouter des adaptateurs, séquencer les extrémités, aligner sur le génome.
Qu'exclut la région intergénique par rapport à la séquence entre deux CDS ?
Elle exclut les régions transcrites comme les UTR, ARN antisens et ARN non codants.
Quelle part des gènes de drosophile a été modifiée par réannotation manuelle ?
85 % des gènes ont été modifiés.
Quel pourcentage des protéines de drosophile a été modifié par réannotation manuelle ?
45 % des protéines ont été modifiées.
Comment a évolué le nombre de gènes de drosophile après réannotation ?
Il est passé de 13 601 à 13 676 gènes.
Combien d'anciens gènes de drosophile ont été supprimés après réannotation ?
727 anciens gènes ont été supprimés.
Combien de nouveaux gènes de drosophile ont été ajoutés après réannotation ?
802 nouveaux gènes ont été ajoutés.
Comment l'expression alternative chez la drosophile a-t-elle évolué après réannotation ?
Elle est passée de 861 à 4 743 transcrits prédits.
Quelle est la cause principale de l'augmentation des transcrits prédits chez la drosophile ?
L'épissage alternatif est la cause principale.
Combien de gènes comportait le génome humain publié en janvier 2001 ?
Il comportait 27 462 gènes.
Qu'est-ce que l'homologie entre deux protéines ?
Elles dérivent d'un ancêtre commun.
Que reste l'homologie lorsqu'elle est déduite d'une comparaison de séquences ?
Une hypothèse.
Que comparent les recherches d'homologie ?
La séquence en acides aminés d'un cadre ouvert de lecture aux séquences d'une banque de protéines.
Quels outils heuristiques sont utilisés pour rechercher l'homologie ?
BLAST ou FASTA.
Quelle identité en pourcentage indique une homologie évidente ?
Une identité supérieure à 27 %.
Que signifie une identité entre 20 et 27 % ?
Une homologie douteuse.
Que signifie une identité inférieure à 20 % ?
L'absence d'homologie.
Quand une protéine inconnue est-elle annotée par déduction fonctionnelle ?
Lorsqu'elle présente une identité suffisamment élevée avec une protéine connue.
Quel pourcentage des gènes dans les génomes séquencés est généralement inconnu ?
Entre 20 et 30 % des gènes sont inconnus.
Comment appelle-t-on les gènes sans ressemblance à aucune séquence connue ?
Les gènes orphelins.
Quelle méthode utilise la génomique fonctionnelle pour étudier les gènes inconnus ?
L'inactivation systématique des gènes.
Quelle autre approche utilise la génomique fonctionnelle pour analyser les gènes inconnus ?
L'analyse globale de l'expression des gènes ou des protéines.
Comment une puce transcriptomique compare-t-elle les ARN de deux cultures ?
Par marquage réciproque avec Cy3 et Cy5, hybridation et révélation des fluorophores.
Que signifie la couleur verte sur une puce transcriptomique ?
Une sous-expression dans la condition testée.
Que signifie la couleur rouge sur une puce transcriptomique ?
Une surexpression dans la condition testée.
Que signifie la couleur jaune sur une puce transcriptomique ?
Une absence de variation d'expression entre les conditions.
Que signifie l'absence de couleur sur une puce transcriptomique ?
L'absence d'expression dans les deux conditions.
Combien de transcrits de Saccharomyces cerevisiae augmentent après exposition à un agent alkylant ?
Environ 325 transcrits augmentent.
Combien de transcrits de Saccharomyces cerevisiae diminuent après exposition à un agent alkylant ?
Environ 76 transcrits diminuent.
Qui a publié en 1999 l'étude sur la réponse globale de Saccharomyces cerevisiae à un agent alkylant ?
Scott A. Jelinsky et Leona D. Samson.
Que compare le RNA-seq différentiel entre deux conditions ?
Le nombre de séquences correspondant à chaque gène.
Quelle technique utilise le RNA-seq différentiel pour analyser les cDNA ?
Le séquençage haut débit.
Chez l’homme, quel pourcentage d’ARNm est concerné par l’épissage alternatif ?
Plus de la moitié des ARNm.
Combien d’ARNm matures produit le pré-ARNm du gène CD45 par épissage alternatif ?
Cinq ARNm matures.
Combien de protéines différentes produit le gène CD45 par épissage alternatif ?
Cinq protéines différentes.
Comment la purification TAP isole-t-elle un complexe protéique ?
Elle utilise deux tags en tandem pour une purification sur deux colonnes d’affinité.
Que fait le clivage du premier tag dans la purification TAP ?
Il sépare les deux étapes de purification sur colonnes d’affinité.
Quelle méthode analyse le complexe purifié par TAP ?
La spectrométrie de masse.
Combien d’assemblages protéiques ont été caractérisés chez Saccharomyces cerevisiae par TAP ?
589 assemblages protéiques.
Combien de complexes multiprotéiques distincts ont été définis chez Saccharomyces cerevisiae ?
232 complexes multiprotéiques distincts.
Qu’est-ce qu’un ARN non codant ?
Un ARN qui ne sert pas directement de matrice pour produire une protéine.
Quelle fonction peut exercer un ARN non codant ?
Une fonction régulatrice.
Quelle est la taille et localisation des TSSa-RNA ?
Ce sont de petits ARN de moins de 50 nucléotides proches des sites de démarrage de la transcription.
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1. Que vise principalement l’annotation structurale d’un génome ?
2. Dans quelle séquence l’analyse d’un génome nouvellement séquencé est-elle généralement organisée ?
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