Fiche de révision : Intégrité scientifique en recherche

📋 Plan du Cours

1. Définition et construction du cadre
2. Principes, textes et interlocuteurs
3. Manquements et continuum des pratiques
4. Pratiques questionnables et préenregistrement
5. Spin et interprétation des essais
6. Cas historiques de manquements
7. Fraude Surgisphere et rétractation
8. Critères et dérives de l’autorat
9. Formation et science ouverte
10. Outils de transparence clinique
11. Usage responsable de l’intelligence artificielle
12. Conséquences et signalement des manquements

📅 Repères chronologiques

1. 1999L’Inserm crée la première délégation à l’intégrité scientifique en France.
2. 2010L’article de Wakefield est intégralement rétracté et Wakefield est radié par le General Medical Council.
3. 2016Le rapport Corvol conduit notamment à la formation obligatoire des doctorants à l’éthique et à l’intégrité scientifique, prévue par l’arrêté du 25 mai 2016. - Pr Pierre Corvol
4. 2017L’Office français de l’intégrité scientifique (OFIS) est créé au sein du Hcéres.
5. Fin mai 2020L’OMS suspend temporairement le bras hydroxychloroquine de l’essai Solidarity et d’autres essais sont interrompus.
6. Début juin 2020Des chercheurs relèvent des incohérences dans les données de l’affaire Surgisphere.
7. 4 juin 2020The Lancet a rétracté l’article Surgisphere sur l’hydroxychloroquine, ainsi qu’un article du NEJM issu de la même base de données. - Mehra M.R. et al., 2020
8. juin 2024L’article sur l’oligomère Aβ*56 a été rétracté après que des images suspectes eurent été signalées en 2022.

📖 1. Définition et construction du cadre

🔑 Notions clés & Définitions

• Intégrité scientifique : Ensemble des règles et des valeurs qui régissent les activités de recherche afin d’en garantir le caractère honnête et rigoureux.

★ À maîtriser

• L’article L. 211-2 du Code de la recherche indique que l’intégrité scientifique contribue à garantir l’impartialité des recherches et l’objectivité de leurs résultats.

Compléments

• L’objectif de l’intégrité scientifique est de préserver la confiance dans la recherche.

📖 2. Principes, textes et interlocuteurs

★ À maîtriser

• Le code européen de conduite énonce quatre principes : (ALLEA, 2023) :

  • fiabilité
  • honnêteté
  • respect
  • responsabilité

• Les textes de référence cités comprennent : la Déclaration de Singapour (2010), les recommandations de l’ICMJE, les lignes directrices du COPE, le code ALLEA (2011, révisé en 2017 et 2023), la Charte européenne du chercheur (2005), la Charte nationale de déontologie (2015), l’article L. 211-2 du Code de la recherche, le décret n° 2021-1572 du 3 décembre 2021, l’arrêté du 26 août 2022 sur le serment doctoral

Compléments

• La fiabilité vise la qualité de la recherche dans sa conception, sa méthodologie, son analyse et l’utilisation des ressources. - ALLEA, The European Code of Conduct for Research Integrity, 2023

• L’honnêteté exige de mener et diffuser la recherche de manière transparente, juste, complète et objective. - ALLEA, The European Code of Conduct for Research Integrity, 2023

• Le respect s’exerce envers les collègues, les participants à la recherche, la société, les écosystèmes, l’héritage culturel et l’environnement. - ALLEA, The European Code of Conduct for Research Integrity, 2023

• La responsabilité couvre la recherche de l’idée à la publication, sa gestion, la formation, la supervision et ses implications plus larges. - ALLEA, The European Code of Conduct for Research Integrity, 2023

• À l’UGA, le référent intégrité scientifique reçoit et instruit les signalements de façon confidentielle et peut être contacté à [email protected].

• À l’UGA, le CERGA traite les questions d’éthique de la recherche hors loi Jardé et règlement européen, tandis que le CPP Sud-Est V concerne les recherches impliquant la personne humaine.

📖 3. Manquements et continuum des pratiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Fabrication : Consiste à inventer des données ou des résultats.
• Falsification : Consiste à omettre, sélectionner ou modifier volontairement des données ou des images.
• Plagiat : Consiste à s’approprier le travail d’autrui sans le citer.

★ À maîtriser

📌 Toute pratique qui nuit à la fiabilité des résultats et au bon fonctionnement des communautés de recherche est susceptible de constituer un manquement à l’intégrité scientifique. - OFIS

📌 Les pratiques questionnables de recherche constituent une zone grise fréquente et souvent banalisée, tandis que les fraudes FFP sont graves et intentionnelles.

• Les bonnes pratiques comprennent : la définition et l’enregistrement préalables du protocole et du plan d’analyse, l’archivage traçable des données, le rapport de tous les résultats, y compris négatifs, la justification des auteurs et contributions

Compléments

• Les manquements liés au projet de recherche comprennent : (OFIS) : l’absence d’autorisations ou de consentements requis, le non-respect du protocole, le détournement de fonds

• Les manquements relatifs aux données comprennent : (OFIS) :

  • la fabrication
  • la falsification
  • la sélection ou l’omission injustifiée
  • l’archivage déficient
  • les statistiques problématiques
  • l’embellissement non signalé

• Ces manquements incluent : (OFIS) :

  • le plagiat
  • l’auto-plagiat
  • les signatures abusives
  • les contributions non reconnues
  • les citations biaisées
  • l’usage non conforme de l’IA
  • l’évaluation biaisée
  • l’appropriation d’idées
  • l’encadrement défaillant
  • les accusations infondées

💡 Astuce mémo

Les pratiques questionnables forment une zone grise ; les fraudes FFP sont graves et intentionnelles.

📖 4. Pratiques questionnables et préenregistrement

🔑 Notions clés & Définitions

• HARKing : Consiste à présenter comme formulée a priori une hypothèse élaborée après avoir vu les résultats.

★ À maîtriser

• Le p-hacking consiste à multiplier les analyses, par exemple en variant les sous-groupes, exclusions, covariables ou critères de jugement, jusqu’à obtenir p < 0,05, puis à ne rapporter que l’analyse significative.

Compléments

• Avec 20 tests au seuil de 5 %, on s’attend en moyenne à obtenir un résultat significatif dû au seul hasard.

📌 Le SHARKing, où l’hypothèse post hoc est présentée secrètement dans l’introduction, est questionnable, tandis que le THARKing, transparent et présenté dans la discussion, est acceptable.

• Le préenregistrement du protocole et du plan d’analyse statistique, notamment sur ClinicalTrials.gov ou OSF ou dans des Registered Reports, permet de distinguer les analyses prévues des analyses exploratoires.

📖 5. Spin et interprétation des essais

🔑 Notions clés & Définitions

• Spin : Consiste à conclure positivement à partir d’un résultat négatif.

★ À maîtriser

• Dans l’essai HOT, les événements cardiovasculaires majeurs pour 1 000 patients-années étaient respectivement de 9,9, 10,0 et 9,3 pour les cibles ≤ 90, ≤ 85 et ≤ 80 mm Hg, avec p = 0,5. - Hansson L. et al., Lancet, 1998

📌 Dans l’essai HOT, la conclusion publiée d’une PAD optimale à 82,6 mm Hg provenait d’une régression sur la PAD atteinte, tous bras confondus, soit une analyse observationnelle et non le résultat probant de l’essai randomisé, qui ne montrait aucune différence. - Hansson L. et al., Lancet, 1998

Compléments

• Dans l’essai HOT (Hypertension Optimal Treatment), 18 790 patients hypertendus ont été randomisés entre trois cibles de pression artérielle diastolique : ≤ 90, ≤ 85 et ≤ 80 mm Hg. - Hansson L. et al., Lancet, 1998

💡 Astuce mémo

Résultat randomisé négatif ≠ association observationnelle présentée comme positive.

📖 6. Cas historiques de manquements

★ À maîtriser

• Les accusations de fraude visant Ptolémée, Galilée et Mendel restent débattues par les historiens et doivent être jugées sur des preuves. - CNRS Le Journal, Sept cas célèbres de scientifiques accusés de fraude

• L’enquête de Brian Deer (2004-2011) sur l’affaire Wakefield a relevé des données modifiées, un recrutement orienté et des liens d’intérêts non déclarés, notamment un financement par des avocats de familles en procès contre les fabricants. - Deer B., BMJ

Compléments

• Mendel (XIXe siècle) est parfois accusé de falsification en raison de résultats jugés « trop beaux pour être vrais » par le statisticien Fisher en 1936. - CNRS Le Journal, Sept cas célèbres de scientifiques accusés de fraude

• En 1998, un article du Lancet rapportant une série de 12 enfants a suggéré un lien entre le vaccin ROR et l’autisme. - Wakefield A.J. et al.

• Douze ans séparent la publication de l’article de Wakefield de sa rétractation.

• Dans l’affaire Surgisphere, un article du Lancet publié le 22 mai 2020 a affirmé qu’un registre de près de 100 000 patients associait l’hydroxychloroquine à une surmortalité. - Mehra M.R. et al.

📖 7. Fraude Surgisphere et rétractation

★ À maîtriser

📌 Le prestige d’une revue ne garantit pas la fiabilité de ses données ; l’accès aux données brutes est essentiel pour les vérifier.

Compléments

• La rétractation des articles Surgisphere est survenue 13 jours après leur publication.

• Surgisphere a refusé l’audit indépendant de ses données, après que des chercheurs eurent relevé des incohérences.

• Un article de Nature publié en 2006 sur l’oligomère Aβ*56 a été cité plus de 2 000 fois.

💡 Astuce mémo

Refus d’audit → rétractation en 13 jours

📖 8. Critères et dérives de l’autorat

★ À maîtriser

• Les critères ICMJE d’autorat sont cumulatifs : contribution substantielle à la conception, au recueil, à l’analyse ou à l’interprétation des données, rédaction du manuscrit ou révision critique de son contenu intellectuel, approbation de la version finale à publier, engagement à répondre de l’exactitude et de l’intégrité de l’ensemble du travail

📌 L’auteur honorifique signe sans avoir contribué, tandis que l’auteur fantôme contribue sans être mentionné comme auteur.

Compléments

📌 Les contributeurs qui ne remplissent pas les quatre critères ICMJE sont mentionnés dans les remerciements plutôt que comme auteurs.

• Il est recommandé de discuter de la liste et de l’ordre des auteurs dès le début du projet.

• Le premier, le dernier et l’auteur correspondant occupent des positions susceptibles d’avoir des enjeux de carrière.

• La taxonomie CRediT décrit les contributions à la recherche au moyen de 14 rôles normalisés.

💡 Astuce mémo

Auteur honorifique : signe sans contribuer ; auteur fantôme : contribue sans signer

📖 9. Formation et science ouverte

★ À maîtriser

• La science ouverte comprend la publication en accès ouvert, notamment dans des revues en libre accès, dans HAL ou sous forme de prépublications sur medRxiv.

📌 Le partage des données de recherche doit suivre les principes FAIR et s’accompagner d’un plan de gestion des données (PGD).

Compléments

• Le livre blanc de méthodologie de la SFPT aborde :

  • statistiques et biais de publication
  • spin de conclusion
  • infodémie et publish or perish
  • prépublications (preprints)
  • essais « zombies » entièrement inventés

• Le site de l’OFIS fournit des textes de référence, des guides et des actualités.

• Les Registered Reports acceptent un article sur la base de son protocole avant la production des résultats.

📖 10. Outils de transparence clinique

★ À maîtriser

📌 Un essai clinique doit être enregistré avant l’inclusion du premier patient dans ClinicalTrials.gov ou dans le registre européen CTIS, et l’ICMJE exige cet enregistrement pour publier.

• Le réseau EQUATOR associe les guides suivants aux types d’études :
  • CONSORT pour les essais
  • STROBE pour les études observationnelles
  • PRISMA pour les revues systématiques

📌 Les liens d’intérêts doivent être déclarés dans chaque article au moyen du formulaire ICMJE, et les liens avec l’industrie sont consultables dans la base Transparence Santé.

Compléments

📌 Les recherches impliquant la personne humaine relèvent du règlement européen et de la loi Jardé et nécessitent l’avis d’un comité de protection des personnes (CPP).

📌 Le traitement des données de santé relève du RGPD et de la CNIL.

📖 11. Usage responsable de l’intelligence artificielle

★ À maîtriser

• Le code européen ALLEA (2023) demande de rendre compte de l’usage de l’IA dans les méthodes pour permettre la vérification et de divulguer son usage lors de l’évaluation d’articles, de financements ou de carrières.

• Selon ALLEA, cacher l’usage de l’IA dans la création de contenu ou la rédaction de publications constitue un manquement. - Code européen, 2023

• L’ICMJE et les revues médicales précisent en 2023 qu’une IA ne peut pas être auteur, que son usage doit être déclaré selon les consignes de la revue et que les auteurs restent responsables de tout le contenu, références comprises.

Compléments

• L’usage de l’IA n’est pas en soi un problème éthique ; c’est le fait de le cacher qui constitue un manquement.

• Pour un mémoire, l’IA peut aider à corriger ou reformuler un texte écrit par l’étudiant, à produire du code que l’étudiant comprend et vérifie, ou à explorer des lectures et structurer des idées, à condition de déclarer son usage.

• Les références, résumés d’articles et calculs ou résultats statistiques produits par l’IA doivent être vérifiés à partir des sources et des résultats pertinents.

• Sont à proscrire : saisir des données de patients ou des informations confidentielles dans un outil en ligne, rendre un texte généré sans déclarer l’usage de l’IA, présenter des données ou images générées comme réelles

📌 Avant d’utiliser l’IA dans un mémoire, il faut vérifier les règles de sa formation et de la revue visée.

💡 Astuce mémo

Déclarer l’usage de l’IA, ne pas le cacher

📖 12. Conséquences et signalement des manquements

★ À maîtriser

• Les manquements à l’intégrité scientifique peuvent exposer les patients à des traitements inefficaces ou dangereux et à des essais inutiles.

• Le signalement d’un manquement suit cinq étapes : signalement écrit au référent intégrité scientifique, vérification de la recevabilité, instruction contradictoire, remise d’un rapport au chef d’établissement, puis décision.

📌 Le lanceur d’alerte de bonne foi est protégé, tandis qu’une accusation infondée ou malveillante constitue elle-même un manquement.

Compléments

• Pour la science, les manquements entraînent des rétractations, des équipes qui bâtissent sur des résultats faux et des financements gaspillés ; les articles rétractés continuent souvent d’être cités.

• Les manquements peuvent diminuer la confiance de la société dans la science et la médecine, comme l’illustre la défiance vaccinale après l’affaire Wakefield.

• Un chercheur peut subir une rétractation, des sanctions disciplinaires, une carrière compromise ou des poursuites, notamment pour contrefaçon en cas de plagiat, tandis que des mesures d’accompagnement comme une formation ou une correction peuvent aussi être prises.

• À l’UGA, le référent intégrité scientifique est joignable à [email protected], et les référents travaillent en réseau avec RESINT et en lien avec l’OFIS.

💡 Astuce mémo

Signaler → recevabilité → instruction → rapport → décision