Assemblage de novo — définition ?
Reconstruction d’une séquence sans référence.
Couverture du génome — rôle ?
Évaluer la densité de lectures sur le génome.
Redondance dans lectures — rôle ?
Permet d’identifier des chevauchements pour assembler.
Problème des répétitions — défi ?
Répétitions longues difficiles à différencier.
Graphes de chevauchement — représentation ?
Lectures comme nœuds, chevauchements comme arêtes.
Graphes de De Bruijn — principe ?
K-mers comme sommets, chemins pour assembler.
Unitigs — définition ?
Segments linéaires maximaux sans branches.
Correction erreurs de séquençage — objectif ?
Améliorer la précision des graphes d’assemblage.
Sortie de l’assembleur — principaux éléments ?
Contigs et graphes simplifiés.
Scaffolding — but ?
Relier et orienter contigs pour séquences longues.
Qualité de l’assemblage — métrique N50 ?
Taille séparant la moitié du génome dans des contigs plus grands.
Évaluation de l’exactitude — méthode clé ?
Vérifier la présence de gènes conservés.
Assemblage de novo — objectif ?
Reconstituer la séquence à partir de fragments.
Couverture — formule ?
C = (n × l) / L.
Redondance — comment ?
Chevauchements répétés entre lectures.
Problème des répétitions — cause ?
Séquences longues plus grandes que les lectures.
Graphes de chevauchement — complexité naïve ?
O(d²n), avec d = lectures, n = taille.
Graphes de De Bruijn — avantage ?
Plus rapides, moins gourmands en mémoire.
Unitigs — rôle ?
Segments linéaires maximaux, simplifient le graphe.
Correction erreurs — méthode ?
Alignements avec gaps et mismatches.
Contig — définition ?
Fragment contigu du génome assemblé.
Scaffolding — étape ?
Relier et orienter contigs avec infos complémentaires.
Qualité — métrique N50 ?
Taille où la moitié du génome est dans des contigs plus grands.
Exactitude — validation ?
Présence de gènes conservés.
Teste tes connaissances avec un QCM de 12 questions sur Introduction aux méthodes d'assemblage génomique.
1. Qu'est-ce que l'assemblage de novo ?
2. Quelle est la formule utilisée pour calculer la couverture moyenne du génome lors du séquençage ?
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