À quoi contribue la génétique microbienne en bioconversion ?
À optimiser les bioconversions.
Qu’optimise la génétique microbienne dans la production de métabolites ?
La production de métabolites.
Quelle est la taille typique des chromosomes bactériens ?
De 1 à 10 Mb.
Quel est le mode principal de transfert des chromosomes bactériens ?
Le transfert vertical.
Quelle taille ont les plasmides ?
De 5 à 200 kb.
Quelle taille ont les transposons ?
De 2 à 20 kpb.
Quelle conséquence distingue le cycle lytique du cycle lysogène des bactériophages ?
Le cycle lytique provoque la lyse cellulaire, tandis que le cycle lysogène intègre le génome viral à celui de l’hôte.
Quelle est la taille approximative du génome d’Escherichia coli ?
Environ 5 Mb.
Quelles séquences la phylogénie moléculaire classique compare-t-elle ?
Les séquences des gènes d’ARNr 16S ou 18S.
Pourquoi l’analyse des gènes d’ARNr est-elle utile pour comparer des espèces ?
Ils évoluent lentement et sont présents chez tous les organismes étudiés.
Qui a décrit le mélange des espèces phénotypiques dans les alignements de gènes du groupe Bacillus cereus sensu lato ?
Rasko et al., FEMS Microbiol. Rev., 29:303, 2005.
Quelles espèces du groupe Bacillus cereus sensu lato ne forment pas de groupe monophylétique ?
Bacillus cereus sensu stricto et Bacillus thuringiensis.
À quelles espèces les plasmides pXO1 et pXO2 sont-ils associés chez les bactéries du groupe Bacillus cereus ?
À Bacillus anthracis.
De quoi dépend en grande partie la spécificité d’hôte des pathogènes du groupe Bacillus cereus ?
De la présence ou de l’absence de plasmides.
Quels gènes choisit-on pour l’épidémiologie moléculaire intra-espèce ?
Des gènes plus variables que les ARNr, souvent des gènes d’enzymes du métabolisme central.
Combien de loci concatène-t-on typiquement pour l’épidémiologie moléculaire intra-espèce ?
Environ sept loci ou davantage.
Que désignent MLSA et MLST pour différencier les souches d’une espèce ?
L’analyse des séquences de plusieurs loci.
Quelle structure de population caractérise les bactéries typiquement asexuées à faible transfert horizontal chromosomique ?
Une structure clonale issue de la reproduction asexuée et de l’accumulation de mutations.
Pourquoi les transferts horizontaux compliquent-ils la définition des groupes phylogénétiques ?
Ils peuvent rompre l’association entre un marqueur et des gènes de phénotype, comme ceux de la pathogénie.
Quelle structure représente mieux la phylogénie des bactéries à transfert horizontal ?
Un réseau, où une bactérie peut avoir plusieurs parents.
Quelles séquences les approches fondées sur les génomes peuvent-elles comparer ?
Les séquences globales, les CDS communes entre souches sans éléments génétiques mobiles, ou d’autres ensembles de séquences.
Quels mécanismes permettent aux bactériophages de transférer de l’information génétique ?
La transduction ou la lysogénie.
Quelles étapes précèdent le transfert génétique par lysogénie chez les bactériophages ?
L’infection de la bactérie hôte, puis l’intégration dans son génome.
Que transmet le transfert vertical lors de la réplication et de la ségrégation des chromosomes ?
Tout ou partie du chromosome.
De quel processus peut résulter le transfert horizontal ?
De la transformation par l’ADN chromosomique.
Quelles espèces sont citées comme naturellement transformables ?
Helicobacter pylori, Acinetobacter calcoaceticus, Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, Bacillus subtilis, Streptococcus pneumoniae et Vibrio cholerae.
Quelles banques la transformation permet-elle de créer ?
Des banques d’ADN, d’ARNc et de mutants.
Quelles manipulations génétiques la transformation permet-elle de réaliser ?
Cloner et surexprimer des gènes, et créer des allèles variants, des mutants et des KO.
Quelles fonctions un plasmide conjugatif code-t-il ?
Les fonctions de réplication conjugative et de transfert.
Que transfère la conjugaison entre une cellule donneuse et une cellule réceptrice ?
Un plasmide.
Que devient une souche lorsqu’un plasmide s’intègre à son chromosome ?
Elle devient Hfr (High frequency of recombination).
À quoi sert couramment la transduction bactérienne ?
À transférer du matériel génétique entre bactéries.
Quel bactériophage peut servir à transférer du matériel génétique chez E. coli ?
Le bactériophage P1.
Quel devenir distingue le génome du phage lambda de celui du phage T7 ?
Le génome de lambda peut s’intégrer à celui de la bactérie.
Selon Freeman, quelles souches de Corynebacterium diphtheriae sont lysogénisées par le bactériophage B ?
Les souches virulentes.
Selon Freeman, quelle est la propriété des souches de Corynebacterium diphtheriae dépourvues du phage B ?
Elles sont inoffensives.
Quel auteur a établi le lien entre le phage B et la virulence de Corynebacterium diphtheriae ?
Freeman, J. Bacteriol., 1951.
Quel transfert la lysogénie peut-elle provoquer entre souches virulentes et non pathogènes ?
Le transfert de facteurs de pathogénie.
À quels phénomènes la lysogénie peut-elle contribuer en matière de virulence ?
À l’évolution de la virulence et à l’émergence de pathogènes.
Après une attaque manquée, quelle longueur de séquence parasitaire le système CRISPR conserve-t-il ?
Environ 20 paires de bases.
Pourquoi la plupart des bactériophages ne sont-ils pas isolables en laboratoire ?
Parce que la plupart des bactéries et des archées ne sont pas cultivables en laboratoire.
Quel article décrit le clonage shotgun des métagénomes pour étudier les phages environnementaux ?
Edwards, Nature Rev. Microbiol., 2005.
Que permet la génétique microbienne en médecine concernant les pathogènes ?
De les détecter et de les identifier.
Qu’étudie la génétique microbienne en environnement ?
Les interactions dans un écosystème.
Que permet la génétique microbienne en environnement pour dépolluer ?
La bioremédiation.
Que contribue à développer la génétique microbienne en recherche fondamentale ?
Des systèmes de génie génétique.
Quels outils de génie génétique sont étudiés en recherche fondamentale microbienne ?
Les transposases, CRISPR/Cas et les circuits logiques.
Quels avantages les plasmides peuvent-ils apporter aux bactéries hôtes ?
Des résistances, des capacités métaboliques spécialisées ou des facteurs d’adaptation et de pathogénie.
Quelle taille peuvent atteindre les bactériophages ?
De 5 à 200 kb.
Quelle taille de génome possède Carsonella ruddii ?
0,16 Mb.
Quelle taille de génome possède Sorangium cellulosum ?
13 Mb.
Pourquoi les arbres phylogénétiques bactériens des années 2000 étaient-ils biaisés ?
Ils reposaient surtout sur des séquences de pathogènes.
Qu’est-il arrivé aux relations phylogénétiques bactériennes après la découverte de nouveaux groupes ?
Elles ont évolué.
Quel nouveau nom remplace Proteobacteria, selon Oren et al., Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 73:006123, 2023 ?
Pseudomonadota.
Selon Oren et al., Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 73:006123, 2023, de quoi les noms de phylums peuvent-ils dériver ?
D’un genre type.
Qu’est-ce qu’un clade ?
Un groupe monophylétique d’organismes.
Quelle caractéristique distingue le clade de Bacillus anthracis au sein du groupe Bacillus cereus sensu lato ?
Il est très peu variable.
Qui a décrit le clade très peu variable de Bacillus anthracis, et où ?
White et al., Mol.Ecol. 31:3584, 2022.
Comment les espèces de Brucella se distinguent-elles ?
Par la possession différentielle de certaines régions génomiques.
Quel locus ne distingue pas les deux premiers isolats dans l’exemple de Reid et al. ?
Le deuxième locus.
Quelle référence présente l’exemple où le quatrième locus apporte une information supplémentaire ?
Reid et al., Nature 406:64, 2000.
Quel transfert les bactéries naturellement transformables peuvent-elles effectuer entre individus ?
Elles peuvent transférer des portions de leur chromosome.
Quel type de gène est généralement utilisé comme marqueur dans l’exemple présenté ?
Un gène de ménage.
Que code généralement le gène marqueur de l’exemple présenté ?
Il ne code pas, a priori, un facteur de pathogénie.
À quoi servent les algorithmes dédiés appliqués aux résultats MLST ?
À représenter les transferts horizontaux.
Quels types de clades les algorithmes dédiés aux résultats MLST permettent-ils de définir ?
Des clades associés, par exemple, à une pathogénie accrue ou au commensalisme.
Combien de séquences de génomes le séquençage à haut débit a-t-il fournies pour les analyses phylogénétiques ?
Des dizaines de milliers.
Que signifie ANI en phylogénie génomique ?
Identité nucléotidique moyenne.
Sur quoi repose l’ANI ?
Sur la comparaison des séquences globales.
Comment les distances génomiques peuvent-elles être calculées simplement ?
Par le pourcentage de sites différents.
Quelle autre méthode permet de calculer les distances génomiques ?
Des modèles de mécanisme d’évolution moléculaire.
Quels types d’approches et d’algorithmes servent à construire des arbres phylogénétiques à partir de données génomiques ?
Des approches déterministes ou probabilistes et plusieurs algorithmes.
Quel est le mode typique de transmission des plasmides ?
Par conjugaison.
Quel autre mécanisme peut transférer des plasmides, notamment en laboratoire ?
La transformation.
Comment les transposons peuvent-ils se transmettre directement ?
Par conjugaison.
Que suivent la réplication des transposons pour leur transfert ?
Leur intégration dans un plasmide conjugatif.
Combien de protéines sont dédiées à la compétence chez Bacillus subtilis ?
Une vingtaine.
Quelles méthodes permettent d’obtenir une transformation en laboratoire ?
La compétence induite chimiquement, par exemple avec CaCl2, ou l’électroporation.
Quelle proportion des plasmides naturels connus est mobile ?
Environ la moitié.
Quelle proportion des grands plasmides est mobile ?
La majorité.
Quelle est la fréquence naturelle du transfert de gènes chromosomiques chez E. coli après intégration d’un plasmide ?
Ce transfert est très rare.
Quelle proportion des particules observées avec le phage P22 contenait de l’ADN de l’hôte ?
2 % des particules.
Quelle est la première étape de la transduction expérimentale ?
Infecter la souche donneuse avec des bactériophages.
Sur quel milieu sélectionne-t-on les bactéries ayant incorporé le gène sauvage ?
Un milieu où le galactose est la seule source d’énergie.
À quels bactériophages la toxine Shiga est-elle associée chez Escherichia coli entérohémorragique ?
Aux bactériophages Stx.
Grâce à quelles deux propriétés CRISPR a-t-il révolutionné l’ingénierie des grands génomes ?
Au ciblage du point de coupure et à sa haute spécificité.
Quelle longueur ont les ARN guides CRISPR ?
Environ 20 bases.
Quelle est une cause majeure de mortalité chez les bactéries et les archées ?
Les bactériophages.
Qui a découvert la transformation naturelle chez *Streptococcus pneumoniae*, et en quelle année ?
Griffith, en 1928.
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1. Une équipe veut améliorer une souche industrielle afin qu’elle produise davantage un métabolite et exprime une protéine provenant d’un autre organisme. Quel rôle de la génétique microbienne correspond à cet objectif ?
2. Une équipe de santé publique cherche à identifier un agent infectieux, à retracer sa transmission et à repérer des cibles pour prévenir ou traiter la maladie. Quel domaine d’application de la génétique microbienne répond à ces objectifs ?
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