Fiche de révision : Microbiologie et hygiène hospitalière

📋 Plan du Cours

1. Fondements de la microbiologie
2. Structure et fonctionnement bactérien
3. Identification et culture bactériennes
4. Bactéries Gram positives
5. Bactéries Gram négatives
6. Bactéries sporulées et mycobactéries
7. Résistance aux antibiotiques
8. Flore humaine et microbiote
9. Transmission et prévention historique
10. Hygiène des mains en soins

📅 Repères chronologiques

1. 1546Girolamo Fracastoro propose la théorie des spores pour expliquer la transmission des maladies.
2. 1847Ignaz Semmelweis observe une mortalité par fièvre puerpérale de 13 à 30 % dans une maternité de médecins contre 2 % dans une maternité de sages-femmes.
3. 15 mai 1847Ignaz Semmelweis impose le lavage des mains avec de l’eau chlorée avant l’entrée en salle d’accouchement.
4. 1865Louis Pasteur développe la théorie des microbes, expliquant les maladies infectieuses par des microorganismes.

📖 1. Fondements de la microbiologie

🔑 Notions clés & Définitions

• Infection : Résultat de l’agression d’un organisme vivant chez l’homme par des bactéries, des virus, des champignons ou des parasites.

★ À maîtriser

📌 Le nom d’une bactérie associe un nom de genre commençant par une majuscule et un nom d’espèce écrit en minuscule, l’ensemble étant écrit en italique, comme Staphylococcus aureus.

Compléments

• Louis Pasteur et Robert Koch sont présentés comme les pères fondateurs de la microbiologie.

📖 2. Structure et fonctionnement bactérien

🔑 Notions clés & Définitions

• Paroi bactérienne : Enveloppe rigide qui assure la forme de la bactérie et contient du peptidoglycane formé de chaînes polysaccharidiques reliées par des peptides.

★ À maîtriser

• Les trois formes morphologiques fondamentales sont:
  • la forme sphérique ou coque
  • la forme cylindrique ou bacille
  • la forme spiralée

📌 La pénicilline rompt les peptides du peptidoglycane de la paroi bactérienne.

• La scissiparité divise une bactérie en deux bactéries filles recevant chacune une copie du matériel chromosomique de la bactérie mère.

Compléments

• Une bactérie possède généralement un seul chromosome et mesure de l’ordre du micron, avec 1 μm égal à 10⁻⁶ m, soit 0,001 mm.

• Dans de bonnes conditions, une bactérie peut se diviser en 20 minutes et atteindre un bouillon de culture en 20 heures.

💡 Astuce mémo

Forme → enveloppes → chromosome → métabolisme

📖 3. Identification et culture bactériennes

🔑 Notions clés & Définitions

• Biofilm : Organisation dans laquelle des bactéries adhèrent à une surface, s’associent et s’entourent d’un polymère organique.

★ À maîtriser

• La coloration de Gram colore d’abord le cytoplasme au violet de gentiane, fixe le colorant au lugol, décolore les bactéries Gram− avec l’alcool-acétone, puis recolore les bactéries décolorées à la fuchsine.

📌 Un milieu sélectif favorise artificiellement la croissance d’une espèce au détriment des autres, tandis qu’un milieu discriminant révèle une activité métabolique par un changement de couleur.

Compléments

• La microscopie optique permet d’observer les bactéries avec un grossissement d’environ 1000 à 1500 fois.

• La spectrométrie de masse identifie une espèce bactérienne à partir de son spectre et permet un gain de temps d’au moins 12 heures.

📖 4. Bactéries Gram positives

📝 Points essentiels

📌 Les bactéries Gram+ possèdent une paroi épaisse de peptidoglycane et restent violettes, tandis que les bactéries Gram− possèdent une paroi plus fine perméable à l’alcool et deviennent rouge pâle.

• Staphylococcus aureus peut provoquer:
  • des infections cutanées
  • des infections de plaies
  • des infections urinaires
  • des infections pulmonaires
  • des septicémies

📌 Le SARM ou MRSA est un Staphylococcus aureus résistant à la méticilline ou à l’oxacilline.

• Streptococcus pyogenes peut provoquer:

  • des angines
  • des infections cutanées
  • des érysipèles
  • des cellulites
  • des scarlatines

• Streptococcus agalactiae colonise les voies génitales de 10 à 30 % des femmes enceintes et peut provoquer chez le nouveau-né des septicémies, des pneumonies et des méningites.

• Streptococcus pneumoniae est responsable d’otites, de sinusites, de pneumonies, de septicémies, de méningites et d’arthrites, avec une mortalité des infections invasives de 10 à 30 %.

💡 Astuce mémo

Gram+ : violet et paroi épaisse ; Gram− : rouge et paroi fine

📖 5. Bactéries Gram négatives

★ À maîtriser

• Neisseria meningitidis est une bactérie strictement humaine qui colonise le rhinopharynx et se transmet par les sécrétions des voies aériennes supérieures.

📌 Un sujet contact de méningocoque a été exposé directement aux sécrétions rhinopharyngées d’un cas dans les dix jours précédant son hospitalisation, principalement lors d’un contact en face à face à moins d’un mètre.

• Escherichia coli est un hôte normal de l’intestin et représente 80 % de la flore aérobie intestinale.

• Pseudomonas aeruginosa est une bactérie hydrophile présente dans les réseaux d’eau, les robinets, les éviers, les douches, les siphons et les tuyauteries, et elle peut provoquer des infections nosocomiales graves.

• Legionella prolifère dans l’eau chaude à une température inférieure à 55 °C et se transmet par inhalation de gouttelettes contaminées sans transmission interhumaine.

Compléments

• Haemophilus influenzae de type b colonise les muqueuses respiratoires hautes et la bouche, avec un portage pouvant atteindre 75 % chez le jeune enfant.

📖 6. Bactéries sporulées et mycobactéries

🔑 Notions clés & Définitions

• Spore bactérienne : Forme de résistance acquise par certaines bactéries, notamment des anaérobies strictes, qui résiste à la chaleur, à la pression et à la déshydratation.

★ À maîtriser

• Clostridium difficile est un bacille Gram positif anaérobie sporulé responsable de 15 à 25 % des diarrhées survenant après une antibiothérapie et de plus de 95 % des colites pseudomembraneuses.

📌 La spore de Clostridium difficile résiste à l’alcool et aux désinfectants de surface, mais elle est détruite par l’eau de Javel diluée.

• Mycobacterium tuberculosis est transmis par l’exposition à des microgouttelettes produites par l’expectoration de patients atteints de tuberculose pulmonaire.

📌 En cas de tuberculose pulmonaire confirmée ou suspectée, le port du masque FFP2 est obligatoire avant l’entrée dans la chambre du patient.

Compléments

• En 2023, l’OMS a rapporté 10,8 millions de nouveaux cas de tuberculose maladie et 1,2 million de décès, dont 160 000 chez des patients séropositifs au VIH.

💡 Astuce mémo

Spore résistante → persistance dans l’environnement → transmission difficile à maîtriser

📖 7. Résistance aux antibiotiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Résistance bactérienne : Diminution ou perte d’activité d’un antibiotique vis-à-vis d’une population bactérienne résistante, favorisée par l’utilisation des antibiotiques.

📝 Points essentiels

• L’utilisation massive des antibiotiques en médecine humaine et animale favorise la résistance bactérienne, avec 10 000 tonnes d’antibiotiques utilisées chaque année en Europe.

• Le SARM et les entérobactéries productrices de BLSE sont des bactéries multirésistantes, tandis que les EPC et les entérocoques résistants à la vancomycine sont des bactéries hautement résistantes émergentes.

📌 Pour un patient rapatrié après une hospitalisation à l’étranger, il faut éviter le passage par les urgences, organiser un isolement contact en chambre seule et prescrire un dépistage rectal des EPC.

• La prévention repose notamment sur:
  • l’hygiène des mains
  • l’isolement contact
  • le dépistage
  • le cohorting
  • l’information lors des transferts
  • la gestion correcte des excreta

💡 Astuce mémo

Usage massif des antibiotiques → sélection de résistances → diffusion croisée

📖 8. Flore humaine et microbiote

🔑 Notions clés & Définitions

• Flore résidente : Ensemble des bactéries naturellement présentes chez l’homme qui empêchent la prolifération de bactéries étrangères et stimulent le système immunitaire.
• Transplantation fécale : Administration d’une suspension bactérienne préparée à partir des selles d’un individu sain afin d’implanter un microbiote normal chez un patient malade.

★ À maîtriser

• Le corps humain contient environ 10¹⁴ cellules et 10¹⁵ bactéries, dont la grande majorité se trouve au niveau digestif sous forme de bactéries anaérobies.

• La flore du côlon comprend environ 95 % de bactéries anaérobies, 5 % d’entérobactéries et 1 % de levures, de streptocoques D et de salmonelles.

• Le microbiote intestinal participe notamment:

  • à la fermentation des résidus non digestibles
  • à l’assimilation des nutriments
  • à l’hydrolyse de l’amidon et de la cellulose
  • à la synthèse des vitamines K, B12 et B8

Compléments

• Dans le côlon, les bactéries sont présentes à raison d’environ 10⁹ à 10¹¹ germes par millilitre, tandis que l’estomac en contient environ 10³ par millilitre.

💡 Astuce mémo

Flore résidente protectrice ; flore transitoire acquise et éliminable

📖 9. Transmission et prévention historique

📝 Points essentiels

• John Snow défendait l’idée que le choléra se répandait par l’eau contaminée, alors que la théorie des miasmes l’attribuait à l’air vicié.

💡 Astuce mémo

Miasmes → spores → microbes → hygiène des mains

📖 10. Hygiène des mains en soins

★ À maîtriser

• Les zones particulièrement colonisées sont:
  • la bouche
  • le nez
  • les oreilles
  • l’anus
  • le vagin
  • les plis cutanés comme l’aisselle et l’aine

📌 Les alvéoles pulmonaires, la vessie et la vésicule biliaire sont considérées comme stériles dans les conditions normales.

📌 La prévention de la transmission bactérienne en milieu de soins repose notamment sur l’hygiène des mains, la maîtrise de l’environnement et les précautions adaptées au mode de transmission.

• La campagne de l’OMS sur l’hygiène des mains repose sur cinq moments de l’hygiène des mains.

Compléments

• Joseph Lister utilise les antiseptiques et réduit la mortalité opératoire de 60 % à 15 %.

📊 Tableaux de synthèse

Principaux groupes bactériens