Flashcards : Acides aminés et protéines — 85 cartes

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1Question

Quelles fonctions porte un acide α-aminé sur le carbone α ?

Réponse

Une fonction amine et une fonction carboxyle.

2Question

Quelle est la forme ionique des acides aminés naturels dans l'eau ?

Réponse

Ils sont des ions dipolaires ou zwitterions.

3Question

Combien d'acides aminés naturels constituent les protéines ?

Réponse

Vingt acides aminés naturels.

4Question

Quelle différence existe entre acides aminés essentiels et non essentiels ?

Réponse

Les essentiels ne sont pas synthétisés par l'humain, les non essentiels le sont.

5Question

Que se passe-t-il pour un acide aminé à pH égal à son pHi ?

Réponse

Il est globalement neutre sous forme zwitterionique.

6Question

Que représente le pHi d'un acide aminé ?

Réponse

Le pH où sa charge globale est nulle.

7Question

Quel est le pHi approximatif des acides aminés Asp et Glu ?

Réponse

Un pHi proche de 3.

8Question

Quelle propriété ont les acides aminés aromatiques Phe, Trp et Tyr ?

Réponse

Ils absorbent la lumière entre 260 et 280 nm.

9Question

Qu'est-ce que la transamination dans le métabolisme des acides aminés ?

Réponse

C'est le transfert du groupe NH2 d'un acide aminé à un α-cétoacide.

10Question

Quel cofacteur est nécessaire à la transamination ?

Réponse

Le phosphate de pyridoxal est nécessaire.

11Question

Quel enzyme catalyse la transamination ?

Réponse

La transaminase catalyse la transamination.

12Question

Quel produit est libéré lors de la désamination des acides aminés ?

Réponse

L'ammoniac NH3 est libéré.

13Question

Quelles enzymes interviennent dans la désamination des acides aminés ?

Réponse

La glutaminase puis la glutamate déshydrogénase interviennent.

14Question

Entre quels groupes se forme la liaison peptidique ?

Réponse

Entre le groupe COOH α d'un acide aminé et le groupe NH2 α d'un autre.

15Question

Quel rôle a la liaison peptidique dans les protéines ?

Réponse

Elle constitue le squelette de la structure primaire des protéines.

16Question

Quels types de modifications post-traductionnelles sont permises par la réactivité des radicaux d'acides aminés ?

Réponse

N-glycosylation des Asn, O-glycosylation des Ser et Thr, phosphorylation des Ser, Thr et Tyr, et acétylation des Lys.

17Question

Qu'est-ce que la structure primaire d'une protéine ?

Réponse

L'enchaînement des acides aminés dans une chaîne polypeptidique.

18Question

Quelle différence existe-t-il entre holoprotéines et hétéroprotéines ?

Réponse

Les holoprotéines sont uniquement d'acides aminés, les hétéroprotéines ont un groupement prosthétique non protéique.

19Question

Quel est le rôle principal des protéines fibreuses ?

Réponse

Un rôle structural.

20Question

Comment sont les protéines globulaires ?

Réponse

Elles ont une structure compacte.

21Question

Quelle propriété caractérise les protéines membranaires ?

Réponse

Elles sont insolubles dans l'eau mais solubilisables par des détergents.

22Question

Quelles fonctions assurent les protéines ?

Réponse

Des fonctions catalytiques, de transport, structurelles, de contraction, reconnaissance, stockage et contrôle cellulaire.

23Question

Quelle est la masse moyenne d'un acide aminé dans une protéine ?

Réponse

Environ 110 g/mol.

24Question

À quoi équivaut 1 Dalton (Da) en g/mol ?

Réponse

À 1 g/mol.

25Question

Pourquoi la liaison peptidique est-elle plane ?

Réponse

Parce que C, O, N, H et les deux carbones α adjacents sont coplanaires.

26Question

Quelle configuration de la liaison peptidique est énergétiquement plus favorable ?

Réponse

La configuration trans est plus favorable énergétiquement.

27Question

Qu'est-ce qui rend la configuration trans plus stable que la cis ?

Réponse

Un encombrement stérique minimal entre les résidus adjacents.

28Question

Comment les liaisons hydrogène sont-elles formées dans une hélice α ?

Réponse

Elles relient le groupe CO du résidu i au groupe NH du résidu i+4.

29Question

Quelles sont les caractéristiques d'une hélice α droite ?

Réponse

Elle a un pas de 5,41 Å, 3,6 résidus par tour, et les chaînes latérales sont orientées vers l’extérieur.

30Question

Quelle différence d'orientation existe entre feuillets β antiparallèles et parallèles ?

Réponse

Les brins sont en sens opposés dans les antiparallèles et dans le même sens dans les parallèles.

31Question

Quelle est la différence entre tours et boucles dans les structures secondaires ?

Réponse

Les tours connectent deux brins β antiparallèles et les boucles relient hélices et brins β.

32Question

Quel rôle jouent les boucles et coudes dans les protéines ?

Réponse

Ils participent souvent à la formation des sites de reconnaissance, de liaison et actifs.

33Question

Où se regroupent les résidus hydrophobes dans une protéine globulaire en milieu aqueux ?

Réponse

Au cœur de la protéine.

34Question

Quelles liaisons stabilisent la structure tertiaire des protéines ?

Réponse

Des liaisons ioniques, hydrogène, interactions hydrophobes et ponts disulfure.

35Question

Qu'est-ce qu'un domaine fonctionnel dans une protéine ?

Réponse

Une unité de repliement pouvant fixer un ligand ou substrat.

36Question

Comment se forme un pont disulfure entre deux cystéines ?

Réponse

Par oxydation des groupes sulfhydryle en liaison covalente.

37Question

Quels résidus dominent dans les protéines transmembranaires au sein de la bicouche lipidique ?

Réponse

Les résidus apolaires hydrophobes.

38Question

Combien d'acides aminés compte environ un segment transmembranaire en hélice α ?

Réponse

Environ 20 acides aminés.

39Question

Quelle caractéristique distingue les protéines intrinsèquement désordonnées ?

Réponse

Elles ne possèdent pas durablement de structure secondaire.

40Question

Que rompt la dénaturation par l’urée à 8 M dans les protéines ?

Réponse

Les liaisons hydrogène, forces de van der Waals et interactions hydrophobes.

41Question

Qu'est-ce que la myoglobine ?

Réponse

Une hétéroprotéine globulaire avec 153 acides aminés et un groupement hème.

42Question

Quel est le rôle principal de la myoglobine dans les muscles ?

Réponse

Stocker l'oxygène grâce au fer héminique qui fixe O2 réversiblement.

43Question

Quel état du fer permet la fixation de l'oxygène ?

Réponse

Le fer ferreux Fe2+.

44Question

Que fixe le fer ferrique Fe3+ et que ne peut-il plus fixer ?

Réponse

Il fixe une molécule d'eau et ne peut plus fixer O2.

45Question

Quelle est la structure de l'hémoglobine humaine adulte ?

Réponse

Un tétramère α2β2.

46Question

Combien de molécules d'O2 peut fixer l'hémoglobine et comment ?

Réponse

Quatre, une par chaîne globinique.

47Question

Qu'entraîne la fixation d'O2 sur une chaîne α de l'hémoglobine ?

Réponse

Le déplacement de l'hélice F, la transition T vers R et la coopérativité.

48Question

Quelle est la différence d'affinité entre myoglobine et hémoglobine pour O2 ?

Réponse

La myoglobine a une forte affinité (P50=3) et l'hémoglobine une plus faible (P50=26).

49Question

Que fait le SDS aux protéines en SDS-PAGE ?

Réponse

Le SDS dénature les protéines et les charge négativement.

50Question

Comment migrent les protéines dans un gel de polyacrylamide en SDS-PAGE ?

Réponse

Elles migrent selon leur taille, les plus grandes restant en haut.

51Question

Comment détecte-t-on une protéine en Western blot ?

Réponse

Grâce à un anticorps primaire spécifique puis un anticorps secondaire détectable.

52Question

Quelle interaction exploite la cristallographie aux rayons X ?

Réponse

L’interaction des rayons X avec le nuage électronique.

53Question

Quelle interaction exploite la cryo-microscopie électronique ?

Réponse

L’interaction des électrons avec le nuage électronique.

54Question

Où peut-on déposer les coordonnées tridimensionnelles des atomes obtenues ?

Réponse

Dans la Protein Data Bank.

55Question

Quelle est la composition de l'hémoglobine humaine ?

Réponse

Elle est tétramérique α2β2 avec deux chaînes α et deux chaînes β.

56Question

Quelle forme adopte principalement la désoxyhémoglobine ?

Réponse

La forme T.

57Question

Quelle forme adopte principalement l'oxyhémoglobine ?

Réponse

La forme R.

58Question

Qu'impose la fixation d'un O₂ sur l'hémoglobine ?

Réponse

Elle favorise la transition de la forme T vers R dans les autres sous-unités.

59Question

Quel effet a la fixation de l'O₂ sur une chaîne α de l'hémoglobine ?

Réponse

Elle déplace l'hélice F.

60Question

Quelle transition conformationnelle provoque la fixation de l'O₂ sur une chaîne α ?

Réponse

La transition de la forme T vers R.

61Question

Comment la fixation d'O₂ sur une chaîne α influence-t-elle les autres chaînes ?

Réponse

Elle modifie leur conformation pour permettre la fixation successive d'O₂.

62Question

Quel type de coopérativité caractérise la fixation successive d'O₂ sur l'hémoglobine ?

Réponse

Une coopérativité positive.

63Question

Quelle est la réaction d'oxygénation de l'hémoglobine ?

Réponse

Hb+4O2⇌Hb[O2]4Hb + 4O_2 \rightleftharpoons Hb[O_2]_4

64Question

Pourquoi l'oxygénation de l'hémoglobine n'est-elle pas une oxydation ?

Réponse

Parce que le fer reste à l'état ferreux Fe2+.

65Question

Quelle affinité l'hémoglobine a-t-elle pour le monoxyde de carbone comparée à l'oxygène ?

Réponse

Elle est 20 fois supérieure.

66Question

Quels risques provoque la formation de carboxyhémoglobine ?

Réponse

Elle peut provoquer malaises, céphalées et mort par asphyxie.

67Question

Qu'est-ce que la P50 en physiologie de l'hémoglobine ?

Réponse

La pression partielle d'oxygène où 50 % des sites de fixation sont occupés.

68Question

Que signifie une P50 faible pour l'affinité de l'hémoglobine ?

Réponse

Elle indique une forte affinité pour l'oxygène.

69Question

Que signifie une P50 élevée pour l'affinité de l'hémoglobine ?

Réponse

Elle indique une faible affinité pour l'oxygène.

70Question

Quelle forme de courbe de saturation présente la myoglobine ?

Réponse

La myoglobine présente une courbe de saturation hyperbolique.

71Question

Quelle est la P50 de l'hémoglobine ?

Réponse

La P50 de l'hémoglobine est de 26.

72Question

Quelle forme de courbe de saturation présente l'hémoglobine ?

Réponse

L'hémoglobine présente une courbe de saturation sigmoïde.

73Question

Quelle est la P50 de la myoglobine ?

Réponse

La P50 de la myoglobine est de 3.

74Question

Quelle hémoglobine a une affinité pour l'O₂ supérieure au placenta ?

Réponse

L'hémoglobine fœtale α2γ2 a une affinité pour l'O₂ supérieure.

75Question

Quelle hémoglobine libère l'O₂ au profit du fœtus ?

Réponse

L'hémoglobine maternelle α2β2 libère l'O₂ au profit du fœtus.

76Question

Quels effecteurs diminuent l'affinité de l'hémoglobine pour l'O₂ ?

Réponse

Les ions H+, le CO₂ et le 2,3-bisphosphoglycérate diminuent cette affinité.

77Question

Quelle mutation ponctuelle cause la drépanocytose au sixième codon de la chaîne β ?

Réponse

GTG remplace GAG.

78Question

Quel acide aminé remplace le glutamate dans la drépanocytose ?

Réponse

La valine remplace le glutamate.

79Question

Qu'impose la mutation du sixième codon de la chaîne β dans la drépanocytose ?

Réponse

La drépanocytose résulte de cette mutation.

80Question

Quelles interactions favorisent la polymérisation dans la désoxyhémoglobine S ?

Réponse

Les interactions hydrophobes impliquant la valine.

81Question

Quelle conséquence entraîne la polymérisation des tétramères dans la désoxyhémoglobine S ?

Réponse

La formation de fibres.

82Question

Quelles complications résultent de la formation de fibres dans la désoxyhémoglobine S ?

Réponse

L’obstruction capillaire et les thromboses.

83Question

Qu'est-ce qu'une enzyme ?

Réponse

Une protéine enzymatique synthétisée par un être vivant qui accélère une réaction chimique spécifique.

84Question

Que modifient les enzymes dans une réaction chimique ?

Réponse

Elles abaissent l'énergie d'activation sans modifier l'énergie libre globale ni l'équilibre.

85Question

Quelles sont les six classes d'enzymes ?

Réponse

Oxydoréductases, transférases, hydrolases, lyases, isomérases, ligases ou synthétases.

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