Qu'est-ce que l'écologie microbienne étudie dans les écosystèmes ?
La biodiversité, la structure, le fonctionnement et les interactions des microorganismes.
Quelle est la biomasse approximative des bactéries sur Terre ?
Environ 1,5 gigatonne de carbone.
Quels cycles biogéochimiques impliquent les microorganismes ?
Les cycles du carbone, de l’azote, du soufre et du phosphore.
Quels processus microbiens sont associés aux cycles biogéochimiques ?
La microbial loop, la biological pump et le viral shunt.
Qu'a découvert Sergei Winogradsky à la fin du XIXe siècle ?
La chimiosynthèse et les bactéries nitrifiantes et sulfureuses.
Quelle découverte Martinus Beijerinck a-t-il mise en évidence ?
La fixation symbiotique de l’azote.
Quelles techniques ont transformé l’écologie microbienne au XXe et XXIe siècles ?
La biologie moléculaire, le séquençage haut débit et la métagénomique.
Quels chercheurs ont contribué à la transformation de l’écologie microbienne récemment ?
Carl Woese, Norman Pace et Edward DeLong.
Quels organismes composent les communautés microbiennes ?
Des bactéries, des archées, des protistes et des virus.
Comment se distinguent les bactéries dans les communautés microbiennes ?
Par leur organisation et leurs fonctions écologiques.
Quels types de métabolismes peuvent avoir les bactéries ?
Elles peuvent être aérobies ou anaérobies, chimio- ou phototrophes.
Quelles capacités écologiques ont les bactéries ?
Elles dégradent des composés organiques complexes et fixent l’azote.
Quelles sont les principales catégories d’archées ?
Les archées méthanogènes, halophiles et thermophiles.
Dans quels milieux vivent les archées ?
Dans des milieux extrêmes et courants comme océans et intestins humains.
Qu’est-ce que la diversité fonctionnelle en microbiologie ?
La variété des métabolismes et rôles écologiques dans une communauté microbienne.
Quelles dimensions comprend la diversité microbienne ?
Taxonomique, fonctionnelle, génétique et phylogénétique.
Qu'est-ce que la niche écologique selon Eugène Odum ?
La position d’un organisme et les conditions nécessaires à sa survie dans un écosystème.
Quelle différence existe entre niche fondamentale et niche réalisée ?
La niche fondamentale est le potentiel maximal, la niche réalisée est limitée par les interactions.
Quels types d'interactions microbiennes bénéficient aux deux partenaires ?
Le mutualisme bénéficie aux deux partenaires (+/+).
Quelle interaction microbienne bénéficie à un partenaire sans effet sur l’autre ?
Le commensalisme bénéficie à un partenaire sans effet sur l’autre (+/0).
Quelles interactions microbiennes sont nuisibles à un organisme au profit de l’autre ?
Le parasitisme et la prédation bénéficient à un organisme au détriment de l’autre (+/−).
Quelle interaction microbienne inhibe un organisme sans effet sur l’autre ?
L’amensalisme inhibe un organisme sans effet sur l’autre (0/−).
Quelle interaction microbienne n’a pas d’effet significatif sur les deux organismes ?
Le neutralisme n’a pas d’effet significatif (0/0).
Quel exemple illustre le mutualisme microbien ?
La syntrophie entre bactéries fermentaires et archées méthanogènes.
Que représente chaque espèce dans un réseau trophique microbien ?
Un nœud.
Que représente chaque interaction dans un réseau trophique microbien ?
Un lien.
Comment les interactions microbiennes contribuent-elles à la stabilité ?
Par la coopération.
Comment les interactions microbiennes maintiennent-elles la diversité ?
Par la compétition.
Quel rôle jouent les interactions en chaîne dans les réseaux microbiens ?
Elles contribuent aux cycles biogéochimiques.
Qu'est-ce que la microbial loop ?
Le recyclage de la matière organique dissoute.
Quelle fonction a la biological pump ?
Transférer le carbone vers les profondeurs.
Que fait le viral shunt dans les réseaux trophiques microbiens ?
Il libère de la matière organique dissoute par lyse virale.
Que permettent les approches culturales des microorganismes ?
Isoler des souches pures et étudier leur morphologie, physiologie, métabolisme et interactions.
Quelle est la cultivabilité moyenne des microorganismes en conditions étudiées ?
Seulement 1 à 10 % des microbes sont cultivables.
Quelle méthode utilise un gène marqueur pour identifier les taxons microbiens ?
Le métabarcoding.
Quel gène marqueur est utilisé pour les bactéries et archées ?
Le 16S rDNA.
Quel gène marqueur est utilisé pour les eucaryotes ?
Le 18S rDNA.
Quel gène marqueur est utilisé pour les champignons ?
L'ITS.
Quels sont quelques gènes marqueurs pour des fonctions particulières ?
COI, dsr, gyrB et rpoB.
Quelles étapes comprend un pipeline bioinformatique typique en métabarcoding ?
Extraction d'ADN, amplification, séquençage, dénombrement des ASVs, analyses statistiques.
Qu'est-ce que la diversité alpha décrit dans une communauté ?
La diversité des organismes au sein d’une même communauté ou habitat.
Que représente la richesse dans un échantillon microbien ?
Le nombre d’ASVs dans un échantillon.
Que prend en compte l’indice de Shannon dans une communauté microbienne ?
Le nombre d’ASVs, leur abondance relative et leur répartition.
Que mesure l’indice de Pielou dans la répartition des ASVs ?
L’équitabilité de leur répartition.
Que désigne la diversité bêta en microbiologie ?
La diversité entre les communautés pour comparer des échantillons.
Quelle matrice de distance utilise la présence ou l’absence d’ASVs ?
La matrice de Jaccard.
Pourquoi la normalisation est-elle indispensable avant le calcul des distances ?
Pour rendre les données comparables entre échantillons.
Quelle méthode conserve l’ordre des distances et est bonne si le stress < 0,1 ?
La nMDS (non-metric multidimensional scaling).
Teste tes connaissances avec un QCM de 23 questions sur Écologie microbienne.
1. Quelle proportion approximative des microorganismes est cultivable dans les conditions étudiées ?
2. Quel type d’interaction décrit la syntrophie entre bactéries fermentaires et archées méthanogènes ?
Révisez le cours complet dans la fiche de révision de Écologie microbienne.
Voir la fiche →Importe ton cours et l'IA génère des flashcards en 30 secondes.
Générateur de flashcards