Fiche de révision : Généralités de bactériologie

📋 Plan du Cours

1. Microbiologie et agents infectieux
2. Comparer virus, bactéries et champignons
3. Morphologie et classification bactériennes
4. Structures et multiplication bactériennes
5. Biofilms et spores bactériennes
6. Besoins et croissance bactérienne
7. Flores commensales et microbiote
8. Prélèvements et contamination
9. Pathogénicité et portage sain
10. Processus infectieux et transmission

📖 1. Microbiologie et agents infectieux

🔑 Notions clés & Définitions

• Microbiologie : Ensemble des disciplines biologiques qui étudient les microorganismes, notamment la bactériologie, la mycologie et la parasitologie.
• Agent infectieux : Agent biologique pathogène responsable d’une infection ou d’une maladie infectieuse.

★ À maîtriser

• Les quatre grandes catégories d’agents infectieux sont:
  • les bactéries
  • les virus
  • les parasites
  • les champignons

Compléments

• Au XVIIe siècle, Van Leeuwenhoek invente le microscope et découvre les « animalcules microscopiques ».

📖 2. Comparer virus, bactéries et champignons

🔑 Notions clés & Définitions

• Bactérie : Être unicellulaire procaryote dépourvu de noyau et d’organites, possédant un ADN double brin généralement circulaire et se reproduisant par scissiparité.
• Virus : Agent infectieux possédant un seul type d’acide nucléique, ADN ou ARN, qui ne peut se reproduire qu’en parasitant une cellule vivante.

★ À maîtriser

📌 Les virus sont protégés par une capside protéique avec ou sans enveloppe, les champignons sont des eucaryotes à ADN possédant plusieurs chromosomes, et les bactéries sont des procaryotes à ADN double brin protégés par une paroi.

Compléments

• Le diagnostic direct des bactéries repose notamment sur la mise en culture, la PCR et les tests antigéniques, tandis que le diagnostic indirect repose sur la sérologie.

💡 Astuce mémo

Virus intracellulaire obligatoire, bactérie facultativement intracellulaire, champignon extracellulaire

📖 3. Morphologie et classification bactériennes

📝 Points essentiels

• La taille habituelle des bactéries est de 1 à 10 μm et leur étude repose notamment sur la microscopie optique ou électronique.

• Les principales morphologies bactériennes sont:

  • les coques ou cocci en grappes
  • les coques ou cocci en chaînettes
  • les bâtonnets ou bacilles

📌 Les bactéries Gram positif restent violettes après la coloration de Gram, tandis que les bactéries Gram négatif sont décolorées puis apparaissent roses après contre-coloration à la fuchsine.

• La paroi bactérienne contient toujours du peptidoglycane, mais sa composition varie selon les bactéries et influence leur classification et l’action des antibiotiques.

📖 4. Structures et multiplication bactériennes

🔑 Notions clés & Définitions

• Glycocalix : Réseau lâche de polysaccharides et de protéines sécrété dans le milieu extérieur, favorisant l’adhésion bactérienne et la formation de biofilms.

★ À maîtriser

• 🔄 La division binaire bactérienne comprend: la formation d’un septum central, la coupure au niveau du septum, la production de deux cellules bactériennes, la multiplication exponentielle et la formation d’un clone

Compléments

• Escherichia coli peut se multiplier toutes les 20 minutes et la majorité des bactéries forme des colonies visibles en 18 à 24 heures sur un milieu de culture.

💡 Astuce mémo

Division binaire → multiplication exponentielle → clone → colonie

📖 5. Biofilms et spores bactériennes

🔑 Notions clés & Définitions

• Biofilm : Communauté de bactéries adhérant à une surface et incluses dans une matrice, notamment sur du matériel étranger, ce qui participe au pouvoir pathogène.
• Spore bactérienne : Forme de repos réversible produite en conditions défavorables et capable de germer lorsque les conditions redeviennent favorables.

📝 Points essentiels

📌 Lorsque le lavage d’un matériel colonisé par un biofilm est insuffisant, son retrait peut être nécessaire et le traitement antibiotique est généralement long.

📌 Les bactéries sporulées résistent à la dessiccation, à la chaleur, à certains agents chimiques, aux antibiotiques, aux antiseptiques et à l’alcool, si bien que les solutions hydro-alcooliques ne suffisent pas.

💡 Astuce mémo

Matériel contaminé → biofilm → traitement long ou retrait du matériel

📖 6. Besoins et croissance bactérienne

★ À maîtriser

📌 Les bactéries aérobies strictes nécessitent l’oxygène, les bactéries anaérobies strictes ne le tolèrent pas, les bactéries aéro-anaérobies facultatives s’adaptent à sa présence ou son absence, et les bactéries microaérophiles nécessitent une faible concentration d’oxygène.

📌 Les conditions de vie bactériennes influencent la physiopathologie des infections, la réalisation des prélèvements, les conditions de culture au laboratoire et la survie dans l’environnement.

Compléments

• Mycobacterium tuberculosis est une bactérie aérobie stricte, Clostridium difficile une bactérie anaérobie stricte, Escherichia coli et Staphylococcus aureus des bactéries aéro-anaérobies facultatives, et Helicobacter pylori une bactérie microaérophile.

💡 Astuce mémo

Avec oxygène : aérobies ; sans oxygène : anaérobies

📖 7. Flores commensales et microbiote

🔑 Notions clés & Définitions

• Microbiote : Ensemble des microorganismes vivant dans un environnement spécifique, notamment les bactéries, les champignons et les virus.

★ À maîtriser

• Le microbiote s’implante rapidement dès la naissance, évolue progressivement et séquentiellement, puis sa colonisation et sa diversité se stabilisent vers 2 à 3 ans.

• Les flores commensales constituent une barrière contre l’implantation des bactéries pathogènes, ont un rôle métabolique comme la synthèse de vitamine K et participent à la maturation immunitaire.

Compléments

• La composition du microbiote dépend notamment de:

  • la durée de la grossesse
  • le mode de délivrance
  • l’alimentation
  • l’environnement
  • la fratrie
  • les traitements antibiotiques

• La flore cutanée comprend notamment:

  • les staphylocoques à coagulase négative
  • les corynébactéries commensales
  • les propionibactéries commensales
  • Streptococcus A
  • Staphylococcus aureus
  • Pseudomonas
  • Acinetobacter

💡 Astuce mémo

Naissance → implantation → évolution → stabilisation vers 2–3 ans

📖 8. Prélèvements et contamination

★ À maîtriser

📌 Dans les urines, le sang, le liquide cérébrospinal, les biopsies, le liquide articulaire et le liquide pleural, la présence d’une bactérie indique une infection, tandis que dans les selles, les écouvillons cutanés, les prélèvements de gorge, les crachats ou le prélèvement vaginal, elle peut indiquer une contamination, une colonisation ou une infection.

📌 L’objectif du prélèvement est de ne pas le contaminer avec les flores commensales du patient ou du soignant.

Compléments

• La recherche de bactéries anaérobies nécessite un contenant limitant leur exposition à l’oxygène, comme une seringue bouchée plutôt qu’un écouvillon exposé à l’air.

💡 Astuce mémo

Prélèvement stérile : bactérie = infection ; prélèvement colonisé : bactérie = infection, colonisation ou contamination

📖 9. Pathogénicité et portage sain

🔑 Notions clés & Définitions

• Microorganisme pathogène : Capable de provoquer une maladie infectieuse chez un individu dont les mécanismes de défense sont normaux.
• Pathogène opportuniste : Provoque une infection lorsque les défenses de l’hôte diminuent ou lorsqu’une porte d’entrée apparaît, comme une effraction cutanée ou un déséquilibre de la flore digestive.
• Portage sain : Hébergement de bactéries potentiellement pathogènes sans maladie infectieuse, et il peut être transitoire.

📝 Points essentiels

• Les bactéries pathogènes peuvent provenir de la flore commensale, de l’environnement ou des animaux, comme Clostridium difficile après une antibiothérapie, Aeromonas après une contamination par l’eau et Pasteurella après une morsure de chien ou de chat.

💡 Astuce mémo

Pathogène : défenses normales ; opportuniste : défenses diminuées ou porte d’entrée

📖 10. Processus infectieux et transmission

🔑 Notions clés & Définitions

• Maladie infectieuse : Résulte d’un conflit entre la capacité d’agression de la bactérie et les mécanismes de défense de l’hôte.

📝 Points essentiels

• Les défenses de l’hôte comprennent: la barrière cutanée, les cils des cellules pulmonaires ou digestives, le mucus, les anticorps, les polynucléaires

• Les facteurs de virulence bactériens comprennent:

  • les adhésines
  • le glycocalix
  • les biofilms
  • les invasines
  • les sidérophores
  • l’échappement à la phagocytose
  • les toxines
  • les enzymes

• 🔄 Le processus infectieux comprend successivement:

  1. la colonisation
  2. la pénétration ou invasion
  3. la multiplication intra- ou extracellulaire
  4. la destruction des cellules ou des tissus

📌 Une transmission indirecte peut se produire par les mains, les surfaces, le matériel ou les sécrétions, ce qui justifie l’hygiène des mains et la désinfection du matériel.

💡 Astuce mémo

Colonisation → invasion et multiplication → destruction tissulaire

📊 Tableaux de synthèse

Caractéristiques des principaux microorganismes

Types de flores et interprétation