Qu'est-ce que la bioinformatique ?
Un champ multidisciplinaire analysant des données biologiques expérimentales.
Quels sont les quatre grands domaines de la bioinformatique ?
Bioinformatique des séquences, structurale, des réseaux, statistique et des populations.
Que désigne la Wet Biology en biologie ?
La biologie expérimentale de paillasse in vivo ou in vitro.
Que désigne la Dry Biology en bioinformatique ?
L’analyse de données in silico.
Qu'impose l'inférence par homologie en bioinformatique ?
Présumer une fonction d’une séquence inconnue proche d’une connue.
Qu'est-ce que le génome ?
L'ensemble des molécules d'acides nucléiques transmises de génération en génération.
Qu'impose la définition du génome concernant les gènes codants ?
Le génome ne se limite pas aux gènes codants.
Qu'est-ce que le séquençage ?
La détermination de l’enchaînement exact des bases nucléotidiques.
Combien d'étapes comprend le séquençage d’un génome ?
Cinq étapes.
Quelle est la première étape du séquençage d’un génome ?
La lecture de petits fragments d’ADN.
Quelle est la dernière étape du séquençage d’un génome ?
Le dépôt dans des banques de données publiques.
Quelles banques de données publiques sont citées pour déposer les génomes ?
NCBI, ENA et DDBJ.
Quelle est la première étape de la méthode shotgun en génomique ?
Fragmenter aléatoirement plusieurs copies d’un même génome.
Comment la méthode shotgun réassemble-t-elle les fragments séquencés ?
Grâce aux chevauchements entre les fragments.
Quel effet ont les erreurs de séquençage sur l’assemblage génomique ?
Elles ajoutent un bruit de lecture qui peut masquer les chevauchements.
Quelles séquences génomiques provoquent un effondrement des répétitions lors de l’assemblage ?
Les microsatellites et les transposons.
Quel est l’effet des répétitions génomiques sur l’assemblage ?
Elles fragmentent l’assemblage en plusieurs contigs.
Quelle est la précision des short reads comme les lectures Illumina ?
Elles sont très précises.
Quelle limite ont les short reads malgré leur précision ?
Elles restent limitées par les répétitions génomiques.
Quelle caractéristique des long reads comme PacBio ou Nanopore facilite l’assemblage ?
Ils traversent les régions répétées et s’ancrent sur les séquences flanquantes.
Qu'est-ce que la couverture moyenne en séquençage génomique ?
Le nombre moyen de fois qu'une base du génome est lue par un read.
De quoi dépend la couverture moyenne en séquençage ?
Du nombre total de reads, de leur longueur moyenne et de la taille du génome.
Quelle loi permet d'estimer la probabilité qu'une base ne soit pas couverte ?
La loi de Poisson.
Que permet d'estimer la loi de Poisson en séquençage ?
Le nombre de bases non couvertes dans le génome.
Qu'est-ce qui caractérise un génome draft ?
Une couverture et un taux d'erreur moins exigeants qu'un génome final.
Quelle différence principale existe entre euchromatine et hétérochromatine ?
L'euchromatine est pauvre en répétitions, l'hétérochromatine en est riche.
Pourquoi l'hétérochromatine contient-elle souvent des gaps ?
Parce qu'elle est riche en répétitions qui gênent l'assemblage.
Teste tes connaissances avec un QCM de 11 questions sur Introduction à la bioinformatique.
1. Quelle caractéristique définit le mieux la bioinformatique ?
2. Lequel des ensembles correspond aux quatre grands domaines de la bioinformatique ?
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