Fiche de révision : Microbiologie et infections associées aux soins

📋 Plan du Cours

1. Histoire de la microbiologie
2. Microbiote et relation hôte-agent
3. Prévention de l’infection
4. Bactéries et infections
5. Résistance bactérienne
6. Virus et transmission
7. Parasites et champignons
8. Prions et identification microbiologique

📅 Repères chronologiques

1. 1860Pasteur a réfuté la génération spontanée grâce à ses travaux sur les ballons à col de cygne.
2. 1928Fleming a découvert la pénicilline.
3. 1996Le lien entre l’ESB et une nouvelle forme humaine, le variant de la maladie de Creutzfeldt-Jakob, a été reconnu.

📖 1. Histoire de la microbiologie

★ À maîtriser

• Pendant l’immense majorité de l’histoire de la Terre, la vie a été essentiellement microbienne et Homo sapiens n’occupe qu’une infime fraction de cette chronologie.

• Au XVIIe siècle, Leeuwenhoek a observé des micro-organismes, rendant visible le monde microbien.

• Dans l’expérience du ballon à col de cygne, Pasteur chauffe le bouillon, maintient le ballon droit pour piéger les poussières et les microbes dans la courbure du col, puis incline le ballon afin que le bouillon touche ces poussières et que des microbes se développent.

Compléments

• Le Big Bang remonte à ≈ 13,8 milliards d’années, la Terre s’est formée il y a 4,54 milliards d’années, les premières traces de vie microbienne datent d’environ 3,7 milliards d’années, la grande oxygénation d’environ 2,4 milliards d’années, les cellules eucaryotes d’environ 1,8 milliard d’années, la vie animale complexe d’environ 600 millions d’années, les dinosaures d’environ 230 millions d’années, leur extinction d’environ 66 millions d’années et Homo sapiens d’environ 300 000 ans.

💡 Astuce mémo

Leeuwenhoek observe → Pasteur démontre → l’hygiène prévient

📖 2. Microbiote et relation hôte-agent

🔑 Notions clés & Définitions

• Microbiote : Ensemble des micro-organismes vivant normalement avec l’hôte, de manière abondante, spécifique de chaque site et le plus souvent bénéfique.
• Dysbiose : Perte de l’équilibre du microbiote, pouvant favoriser des infections lorsque les défenses de l’organisme diminuent ou que des facteurs favorisants interviennent.

★ À maîtriser

• Le microbiote intestinal constitue un réservoir majeur et participe à la digestion, au métabolisme et à l’immunité.

Compléments

• Le corps humain héberge environ 30 000 milliards de cellules humaines et 40 000 milliards de bactéries, soit des ordres de grandeur comparables.

💡 Astuce mémo

Commensal protecteur ≠ agent infectieux pathogène

📖 3. Prévention de l’infection

🔑 Notions clés & Définitions

• Désinfection : Inactivation des micro-organismes présents sur un support inerte, avec un objectif d’environ ≥3 à ≥5 log₁₀ selon la cible et la norme.
• Stérilisation : La stérilisation vise à obtenir un dispositif stérile et atteint un niveau d’assurance de stérilité SAL ≤ 10⁻⁶.
• Asepsie : Ensemble des mesures visant à empêcher l’introduction de micro-organismes lors d’un geste ou dans une zone qui doit rester aseptique.

★ À maîtriser

• La friction hydroalcoolique réduit la flore transitoire et interrompt la transmission lors des soins, sur des mains non visiblement souillées, mais elle ne stérilise pas les mains.

Compléments

• Un autoclave à vapeur peut stériliser un dispositif à 134 °C pendant 18 minutes, à condition que le matériel soit compatible et emballé.

💡 Astuce mémo

Mains → supports → dispositifs : hygiène, désinfection, stérilisation

📖 4. Bactéries et infections

🔑 Notions clés & Définitions

• Bactérie : Micro-organisme unicellulaire vivant possédant un métabolisme propre et de l’ADN et de l’ARN.
• Virulence : Capacité d’une bactérie à provoquer une maladie, notamment grâce aux adhésines, à l’invasion et aux toxines.

★ À maîtriser

📌 Staphylococcus epidermidis est un commensal cutané de faible virulence pouvant former un biofilm sur les dispositifs invasifs, tandis que Staphylococcus aureus est plus virulent et peut provoquer des infections cutanées, des plaies et des bactériémies.

📌 Les antibiotiques sont actifs uniquement sur les bactéries et non sur les virus, les parasites, les champignons ou les prions.

Compléments

• Les bactéries peuvent être des coques sphériques, des bacilles en bâtonnets ou des formes spiralées ou incurvées, et elles se multiplient asexuellement par scissiparité.

• Les principaux agents bactériens selon les sites sont:

  • Escherichia coli pour les infections urinaires
  • Staphylococcus aureus et Pseudomonas aeruginosa pour les infections cutanées et les plaies
  • Le pneumocoque, le bacille de Koch et Legionella pour les infections pulmonaires
  • Les salmonelles pour les infections digestives
  • Le gonocoque et le tréponème pour les IST
  • Staphylococcus aureus pour les infections ostéoarticulaires

💡 Astuce mémo

S. epidermidis commensal opportuniste ≠ S. aureus plus virulent

📖 5. Résistance bactérienne

🔑 Notions clés & Définitions

• Multirésistance : Résistance acquise à plus d’une classe d’antibiotiques, laissant la bactérie sensible à un petit nombre d’antibiotiques habituellement actifs.
• BMR : Une BMR est une bactérie multirésistante, notamment un SARM, une entérobactérie productrice de BLSE, Acinetobacter baumannii multirésistant ou Pseudomonas aeruginosa multirésistant.
• BHRe : Une BHRe est une bactérie commensale du tube digestif à fort potentiel de diffusion, porteuse de mécanismes de résistance transmissibles, comme une entérobactérie productrice de carbapénèmases ou un entérocoque résistant à la vancomycine.

📝 Points essentiels

• La prescription d’un antibiotique exerce une pression de sélection, favorise la colonisation ou l’infection par des bactéries résistantes, puis permet la diffusion des souches résistantes ou du matériel génétique de résistance.

💡 Astuce mémo

Antibiotique → pression de sélection → diffusion des résistances

📖 6. Virus et transmission

🔑 Notions clés & Définitions

• Virus : Structure biologique défective sans métabolisme propre, qui dépend obligatoirement du métabolisme d’une cellule humaine, animale, bactérienne, végétale ou d’un insecte.

★ À maîtriser

📌 Les virus nus ne possèdent pas d’enveloppe lipidique et sont généralement plus résistants dans l’environnement, tandis que les virus enveloppés possèdent une enveloppe lipidique et sont généralement plus fragiles.

• Les virus se transmettent notamment d’homme à homme, d’un insecte à l’humain, de l’animal à l’humain ou de la mère à l’enfant, par des portes d’entrée respiratoires, digestives, urogénitales, cutanées ou sanguines.

📌 L’incubation est le temps entre la contamination et l’apparition des symptômes, tandis que la contagiosité peut débuter avant les symptômes.

Compléments

• Les principaux groupes à risque sont:
  • Personnes âgées
  • Nourrissons et jeunes enfants
  • Personnes immunodéprimées
  • Personnes atteintes de maladies chroniques
  • Femmes enceintes

💡 Astuce mémo

Virus nu résistant ≠ virus enveloppé fragile

📖 7. Parasites et champignons

🔑 Notions clés & Définitions

• Champignon opportuniste : Champignon qui profite d’une situation favorable comme une antibiothérapie, un âge avancé, une immunodépression ou un diabète pour provoquer une infection.

★ À maîtriser

📌 Les protozoaires sont des parasites unicellulaires microscopiques, tandis que les helminthes sont des parasites pluricellulaires dont certains sont visibles à l’œil nu.

• Les principaux protozoaires et maladies associés sont:
  • Giardia : diarrhées
  • Trichomonas vaginalis : IST
  • Toxoplasma gondii : toxoplasmose
  • Plasmodium : paludisme transmis par un moustique vecteur

📌 Les levures sont des champignons unicellulaires qui se multiplient par bourgeonnement, tandis que les champignons filamenteux sont constitués d’hyphes et se reproduisent par spores.

• Candida auris est préoccupant en milieu de soins en raison de sa transmission facilitée entre patients, de sa persistance prolongée dans l’environnement, de son potentiel épidémique et de sa résistance fréquente aux antifongiques, parfois multiple. — ECDC, 2025

Compléments

• Les helminthes cités comprennent Tænia, responsable de la tæniase, les oxyures, responsables de l’oxyurose, Schistosoma, responsable de la bilharziose, et les anguillules, responsables de la strongyloïdose.

💡 Astuce mémo

Commensal → opportuniste → pathogène

📖 8. Prions et identification microbiologique

🔑 Notions clés & Définitions

• Prion : Protéine anormale mal repliée, sans ADN ni ARN, responsable d’encéphalopathies spongiformes transmissibles à évolution neurologique progressive et irréversible.

★ À maîtriser

• Les formes de maladie de Creutzfeldt-Jakob citées sont:
  • Sporadique
  • Génétique
  • Acquise
  • Variante liée à l’ESB
  • Iatrogène

📌 Les prions résistent aux procédés usuels d’inactivation, ce qui impose des procédures spécifiques de décontamination, de traçabilité et de maîtrise des produits d’origine humaine ou animale.

📌 La méthode directe recherche l’agent infectieux ou ses constituants dans un produit biologique par culture, microscopie, recherche d’antigènes ou PCR, tandis que la méthode indirecte recherche les anticorps produits par le patient dans son sérum par sérologie.

Compléments

• Le kuru a été associé chez le peuple Fore de Papouasie–Nouvelle-Guinée à l’endocannibalisme funéraire exposant aux tissus cérébraux, et son incubation pouvait dépasser 50 ans.

💡 Astuce mémo

Méthode directe : agent recherché ≠ méthode indirecte : anticorps recherchés

📊 Tableaux de synthèse

Prévention et niveau d’action