Fiche de révision : Microbiologie et prévention des infections

📋 Plan du Cours

1. Microbiologie et classification des microbes
2. Microbiote et relations avec l’hôte
3. Contamination et origine des infections
4. Cycle de transmission infectieuse
5. Modes de transmission des infections
6. Infections associées aux soins
7. Résistance aux antibiotiques
8. Diarrhées et infections alimentaires
9. Infections urinaires et génitales
10. Infections et grossesse
11. Syndromes respiratoires et autres infections

📖 1. Microbiologie et classification des microbes

🔑 Notions clés & Définitions

• Microbiologie : Science qui étudie les organismes microscopiques, notamment les bactéries, les mycètes, les parasites et les virus, ainsi que l’immunologie et la biologie moléculaire.
• Microbiologie médicale : Science qui étudie les microorganismes impliqués en pathologie humaine.

★ À maîtriser

📌 Le nom scientifique d’un organisme comporte un genre en italique avec une majuscule et une espèce en italique sans majuscule ; le genre peut être abrégé par son initiale majuscule suivie d’un point.

Compléments

• Les microorganismes sont des êtres vivants trop petits pour être vus à l’œil nu et sont présents dans l’air, l’eau, le sol, les végétaux et le corps humain.

• La taxonomie est la science du classement des organismes vivants, fondée par Carl von Linné en 1735.

• Escherichia coli peut s’écrire E. coli, avec le genre abrégé et l’épithète spécifique inchangée.

📖 2. Microbiote et relations avec l’hôte

🔑 Notions clés & Définitions

• Microbiote normal : Ensemble des microorganismes qui résident en permanence sur le corps humain ou dans les cavités en contact avec l’extérieur sans y causer de dommages.
• Agent opportuniste : Microorganisme qui ne provoque pas de maladie tant qu’il réside dans son habitat normal et que son hôte est sain, mais qui peut devenir pathogène chez un hôte affaibli, après une porte d’entrée, sous certaines conditions ou dans un nouveau site.

★ À maîtriser

• Le microbiote intestinal contribue à la digestion, à la détoxification et à la synthèse d’enzymes et de vitamines B et K.

• Le microbiote normal protège l’hôte par compétition pour les nutriments, influence du pH et de l’oxygène disponibles et production de bactériocines.

Compléments

• Le corps humain contient environ $10^{13}$ cellules somatiques et héberge environ $10^{14}$ cellules bactériennes.

• Le microbiote vaginal maintient une acidité qui s’oppose à la plupart des agents pathogènes.

• Escherichia coli réside normalement dans l’intestin, mais peut devenir opportuniste lorsqu’elle infecte les voies urinaires.

💡 Astuce mémo

Commensalisme : l’hôte n’est pas touché ; mutualisme : les deux partenaires en profitent.

📖 3. Contamination et origine des infections

★ À maîtriser

• La contamination est la transmission d’un microorganisme d’une source vers un objet ou une personne, la colonisation est sa survie ou sa prolifération sans signe clinique, et l’infection est sa multiplication avec des signes cliniques.

• Une contamination ne provoque pas nécessairement une infection ; l’infection apparaît lorsque l’hôte ne peut pas se défendre contre le nombre ou la virulence des microorganismes.

• Une infection endogène provient de microorganismes déjà présents chez l’hôte, tandis qu’une infection exogène provient de l’extérieur, notamment de l’environnement, de personnes malades ou de porteurs sains.

Compléments

📌 Une maladie transmissible peut passer d’un hôte à un autre directement ou indirectement, tandis qu’une maladie contagieuse se transmet facilement d’une personne à une autre.

💡 Astuce mémo

Endogène : le germe vient de l’hôte ; exogène : il vient de l’extérieur.

📖 4. Cycle de transmission infectieuse

🔑 Notions clés & Définitions

• Réservoir : Source continuelle de microorganismes responsables d’une infection, comme un humain, un animal ou un objet sur lequel l’agent pathogène survit.
• Porte de sortie : Point par lequel un microorganisme quitte son réservoir, notamment par les sécrétions, les excrétions, le pus ou les tissus infectés.
• Porte d’entrée : Voie par laquelle un microorganisme pénètre dans un nouvel hôte, notamment la peau, la conjonctive, les muqueuses ou la voie parentérale.
• Zoonose : Maladie dont l’agent pathogène peut être transmis de l’animal à l’être humain et inversement.

★ À maîtriser

• Les facteurs prédisposant à la réceptivité d’un hôte comprennent : la génétique, l’âge ou certaines conditions physiologiques, la malnutrition, les habitudes de vie et le stress, les médicaments, les traitements et les interventions, l’environnement

Compléments

• Les réservoirs humains lors des soins peuvent être :

  • le patient
  • les autres patients
  • le soignant
  • les visiteurs
  • l’environnement
  • le matériel

• Dans le monde, 6 maladies infectieuses émergentes sur 10 chez l’humain ont une origine animale et 75 % des nouveaux agents pathogènes proviennent d’animaux.

💡 Astuce mémo

Agent → réservoir → sortie → transmission → entrée → hôte réceptif.

📖 5. Modes de transmission des infections

🔑 Notions clés & Définitions

• Contact direct : Transmission d’un agent pathogène entre une personne infectée ou colonisée et un hôte réceptif par contact physique de peau à peau ou de muqueuse à muqueuse.
• Contact indirect : Transmission d’un agent pathogène d’un réservoir à un hôte réceptif par l’intermédiaire d’un objet inanimé contaminé.
• Véhicule commun : Source contaminée qui transmet une infection à plusieurs hôtes, par exemple l’eau, les aliments, le sang ou des liquides organiques.
• Vecteur : Animal qui transporte des agents pathogènes d’un hôte à un autre.

★ À maîtriser

• Les principaux modes de transmission comprennent :
  • le contact direct
  • le contact indirect
  • les gouttelettes
  • la voie aérienne
  • le véhicule commun
  • le vecteur
  • la voie féco-orale
  • la transmission mère-enfant

📌 Les gouttelettes ont un diamètre d’au moins 5 μm et sont projetées généralement à moins de 1 m, tandis que les particules de transmission aérienne ont un diamètre inférieur à 5 μm et peuvent rester en suspension longtemps.

Compléments

• La transmission mère-enfant peut être :
  • prénatale par voie transplacentaire
  • périnatale lors de l’accouchement
  • postnatale par le lait maternel

💡 Astuce mémo

Gouttelettes : grosses particules à courte portée ; voie aérienne : petites particules qui restent en suspension.

📖 6. Infections associées aux soins

🔑 Notions clés & Définitions

• Infection associée aux soins : Acquise au cours d’une prise en charge diagnostique, thérapeutique, palliative, préventive ou éducative et qui n’était ni présente ni en incubation au début de cette prise en charge.

★ À maîtriser

📌 Une infection associée aux soins se manifeste pendant ou après le séjour dans un délai de 48 heures, de 30 jours pour une infection du site opératoire ou d’un an pour les prothèses et implants. - CTINILS, 2007

• En Belgique, 9,2 % des patients hospitalisés étaient touchés par une infection associée aux soins en 2022, contre 7,3 % en 2017 et 7,1 % en 2011. - ECDC - PPS 2011, 2017 et 2022 & WIV

📌 Une infection associée aux soins endogène provient des germes déjà présents chez le patient, tandis qu’une infection exogène provient de l’environnement de soins, du personnel ou d’autres patients.

• Les trois facteurs principaux des infections associées aux soins sont :
  • la présence de microorganismes et la sélection de bactéries résistantes dans le milieu hospitalier
  • l’affaiblissement de l’hôte
  • les actes médicaux invasifs

Compléments

• En Belgique, en 2022, les infections respiratoires étaient les infections associées aux soins les plus fréquentes, suivies des infections urinaires. - PPS ECDC 2022, WIV

• Les microorganismes associés aux infections liées aux soins comprennent : Escherichia coli, associée aux infections urinaires, Staphylococcus aureus, associé aux infections cutanées et aux pneumonies de surinfection, Staphylococcus epidermidis, associé aux infections sur cathéters et prothèses, Pseudomonas aeruginosa, associé aux infections cutanées, urinaires et respiratoires, les entérocoques, associés aux infections abdominales, de plaies, urinaires et aux endocardites, Clostridioides difficile, associé aux diarrhées post-antibiothérapie

📖 7. Résistance aux antibiotiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Résistance aux antibiotiques : Capacité d’un microorganisme à se développer en présence de l’antibiotique.

★ À maîtriser

📌 Les antibiotiques ne doivent être utilisés que s’ils sont prescrits par un médecin et ne doivent être ni partagés ni réutilisés à partir de médicaments restants.

Compléments

• Le MRSA désigne Staphylococcus aureus résistant à la méticilline.

• La prévention des infections et de la résistance aux antibiotiques comprend : l’hygiène des mains, l’hygiène de la préparation des aliments, l’évitement des contacts proches avec les malades, les rapports sexuels protégés, les vaccinations à jour

📖 8. Diarrhées et infections alimentaires

🔑 Notions clés & Définitions

• Diarrhée : Survenue d’au moins trois selles liquides ou prenant la forme du récipient par 24 heures.

★ À maîtriser

📌 Le mécanisme toxinique provoque une diarrhée aqueuse avec déshydratation, sans mucus ni sang et avec peu ou pas de fièvre, tandis que le mécanisme invasif provoque une diarrhée glairo-sanglante avec fièvre.

• La TIAC est l’apparition d’au moins deux cas de symptômes, généralement digestifs, pouvant être rapportés à une même origine alimentaire.

Compléments

• Le mécanisme toxinique peut résulter d’une colonisation sans lésion suivie d’une sécrétion d’entérotoxine par Vibrio cholerae ou ETEC, ou de l’ingestion d’une toxine préformée produite notamment par Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens ou Bacillus cereus.

• Les agents cités du mécanisme invasif comprennent :

  • Campylobacter
  • Shigella
  • E. coli entéroinvasif
  • E. coli entéropathogène

• Les principaux agents des TIAC comprennent :

  • Salmonella enterica
  • Staphylococcus aureus
  • Clostridium perfringens
  • Bacillus cereus

• Salmonella enterica est indiquée comme une cause fréquente de TIAC, tandis que Clostridioides difficile est associée à une diarrhée post-antibiothérapie.

📖 9. Infections urinaires et génitales

★ À maîtriser

• L’urine contenue dans la vessie est stérile, tandis que l’urètre est colonisé par un microbiote commensal.

• Pour réaliser un ECBU, le patient recueille le milieu de jet dans un pot stérile, puis l’échantillon est acheminé rapidement au laboratoire ou conservé provisoirement à 4 °C.

• Escherichia coli, qui appartient aux entérobactéries, est le principal agent des infections urinaires.

📌 L’appareil génital féminin comporte un compartiment non stérile comprenant la vulve, le vagin et l’exocol, et un compartiment stérile comprenant l’endocol, la cavité utérine, les cavités tubaires et la cavité péritonéale.

Compléments

• L’endocol utérin agit comme un verrou microbiologique en empêchant l’ascension des bactéries vaginales lorsqu’il reste fermé.

• Les IST bactériennes comprennent notamment les infections à gonocoque, à Chlamydia et à Treponema, tandis que les IST virales comprennent notamment celles à HPV et HSV-2.

💡 Astuce mémo

Vulve et vagin sont non stériles ; endocol, cavité utérine, trompes et péritoine sont stériles.

📖 10. Infections et grossesse

★ À maîtriser

📌 Une infection prénatale est transmise par voie transplacentaire, une infection périnatale est acquise lors de l’accouchement et une infection postnatale peut être transmise par le lait maternel.

• La transmission bactérienne materno-fœtale peut emprunter : la voie sanguine ou hématogène, transplacentaire après une bactériémie maternelle, la voie ascendante depuis la flore vaginale vers la cavité amniotique, la filière génitale lors du passage du fœtus

Compléments

• Le Streptocoque du groupe B et certaines entérobactéries peuvent être portés dans le vagin sans provoquer de symptômes chez la mère, tout en causant une infection néonatale.

• Les infections à gonocoques ou à Chlamydiae chez la mère ne sont pas nécessairement associées à une infection périnatale.

• Les agents cités comme susceptibles de causer des malformations fœtales sont :

  • le virus de l’herpès
  • le virus de la rubéole
  • le CMV
  • le VZV
  • Toxoplasma gondii
  • le virus Zika

💡 Astuce mémo

Prénatale : placenta ; périnatale : accouchement ; postnatale : allaitement.

📖 11. Syndromes respiratoires et autres infections

★ À maîtriser

• Les six agents cités parmi les causes de méningite infectieuse comprennent :
  • les entérovirus
  • Neisseria meningitidis
  • Streptococcus pneumoniae
  • Haemophilus influenzae
  • Streptococcus agalactiae
  • Escherichia coli

Compléments

• Les méningites infectieuses associent un syndrome infectieux, avec notamment fièvre élevée et frissons, à un syndrome méningé, avec notamment céphalées, vomissements, photophobie et raideur de nuque.

• Les agents cités pour les infections respiratoires supérieures comprennent :

  • Corynebacterium
  • Streptococcus pyogenes
  • Bordetella pertussis
  • Haemophilus influenzae
  • Corynebacterium diphtheriae
  • Streptococcus mutans
  • des virus

• Les agents cités pour les infections respiratoires inférieures comprennent :

  • Mycoplasma pneumoniae
  • Streptococcus pneumoniae
  • Legionella pneumophila
  • des mycobactéries
  • Haemophilus influenzae
  • le virus respiratoire syncytial

• Staphylococcus aureus est associé aux abcès cutanés, folliculites, furoncles et panaris ; Streptococcus pyogenes est associé à l’érysipèle et à l’impétigo ; Clostridium perfringens est associé à la gangrène gazeuse.

• Les agents infectieux cités et les cancers associés sont : le virus de l’hépatite B et le cancer du foie, le HPV et le cancer du col de l’utérus, l’EBV et le lymphome de Burkitt, le carcinome du nasopharynx et la maladie de Hodgkin, l’herpès humain de type 8 et le sarcome de Kaposi, Helicobacter pylori et le cancer gastrique