Fiche de révision : Diagnostic et suivi des infections virales

📋 Plan du Cours

1. Fondamentaux et classification virale
2. Structure et carte d’identité virale
3. Cycle de réplication virale
4. Indications et rôle du laboratoire
5. Objectifs médicaux du diagnostic
6. Prélèvement transport et conservation
7. Performances analytiques des tests
8. Stratégies du diagnostic virologique
9. Techniques du diagnostic direct
10. Sérologie et diagnostic indirect

📖 1. Fondamentaux et classification virale

🔑 Notions clés & Définitions

• Virus : Possède un génome d’ARN ou d’ADN, se reproduit par réplication en détournant la machinerie cellulaire et constitue un parasite intracellulaire absolu.

★ À maîtriser

• La taille des virus est inférieure à 0,3 μm, soit 300 nm, et les plus petits appartiennent à la famille des picoRNAviridae.

Compléments

• La hiérarchie de taille décroissante est:
  • parasite
  • colonie bactérienne
  • bactérie
  • virus

💡 Astuce mémo

G-R-P : Génome, Réplication, Parasitisme

📖 2. Structure et carte d’identité virale

★ À maîtriser

• La classification virale suit les niveaux ordre en -virales, famille en -viridae, sous-famille en -virinae, genre en -virus et espèce correspondant au nom courant.

• La structure virale comprend: un génome d’ARN ou d’ADN, une capside à symétrie icosaédrique ou hélicoïdale, une enveloppe éventuellement présente, une morphologie sphérique, ovoïde, allongée ou filamenteuse

Compléments

• La rougeole est classée dans l’ordre Mononegavirales, la famille Paramyxoviridae, la sous-famille Paramyxovirinae et le genre Morbivillus.

• Le réservoir viral peut être constitué de mammifères, d’oiseaux ou exclusivement de l’être humain, et la culture du virus peut être possible ou non.

📖 3. Cycle de réplication virale

★ À maîtriser

• 🔄 Le cycle de réplication virale comprend:
  1. l’attachement à la cellule-hôte
  2. la pénétration dans la cellule-hôte
  3. la décapsidation
  4. la transcription et la traduction
  5. la réplication du génome
  6. l’assemblage et la maturation
  7. la libération des virions néoformés

📌 La connaissance du cycle de réplication permet d’identifier plusieurs étapes pouvant constituer des cibles thérapeutiques antivirales.

Compléments

• Lors de l’attachement, une protéine virale reconnaît un récepteur spécifique de la cellule-hôte et s’y fixe.

💡 Astuce mémo

Fixer → entrer → décapsider → produire → assembler → libérer

📖 4. Indications et rôle du laboratoire

★ À maîtriser

• Le laboratoire réalise les analyses selon ses procédures, la réglementation, le GBEA, la norme ISO 15189 et d’autres référentiels, dans des locaux de sécurité L1 à L4 adaptés au virus recherché.

📌 Le biologiste conseille le prescripteur sur le prélèvement et les examens pertinents, puis interprète les résultats sous sa responsabilité.

📌 Un examen virologique est indiqué surtout lorsque l’infection est sévère ou préoccupante pour le patient ou la collectivité, car les signes cliniques sont rarement spécifiques d’un virus.

Compléments

• Les Centres nationaux de référence disposent de certains outils diagnostiques très spécialisés et il existe un CNR pour chaque agent ou groupe d’agents infectieux.

💡 Astuce mémo

Gravité ou risque collectif → examen virologique pertinent

📖 5. Objectifs médicaux du diagnostic

★ À maîtriser

• Le diagnostic virologique peut établir une relation de causalité entre une affection aiguë ou chronique et un virus afin de réaliser un diagnostic étiologique.

• La sérologie permet de connaître le statut d’un individu vis-à-vis d’un virus dans une infection guérie, une infection chronique ou une infection materno-fœtale.

• La mesure de la charge virale permet de suivre une infection chronique, d’adapter un traitement et de surveiller notamment les infections à VIH, aux virus des hépatites B et C ou à EBV.

Compléments

• Les examens virologiques permettent d’évaluer une vaccination par le titrage des anticorps protecteurs contre notamment l’hépatite B, la poliomyélite, la rubéole ou la COVID-19.

📖 6. Prélèvement transport et conservation

📝 Points essentiels

📌 Le prélèvement doit être réalisé le plus tôt possible pendant la phase aiguë, lorsque les symptômes et l’excrétion virale sont maximaux, surtout pour le diagnostic direct.

• Le site de prélèvement dépend de la symptomatologie, de l’infection suspectée, de la porte d’entrée, des tissus cibles et de la voie d’élimination du virus.

📌 Un transport trop long ou réalisé dans de mauvaises conditions peut altérer les cellules, faire perdre le pouvoir infectieux, dégrader le génome ou favoriser une prolifération bactérienne ou mycosique.

📌 Pour la culture cellulaire, la conservation se fait à +4 °C pendant moins de 24 heures et à -80 °C au-delà, tandis que les virus à ARN sont d’emblée conservés à -80 °C.

💡 Astuce mémo

Quand ? Où ? Quel recueil ? Quel transport ? Quelle conservation ?

📖 7. Performances analytiques des tests

🔑 Notions clés & Définitions

• Sensibilité : La capacité d’un test à détecter une faible quantité de cible et à éviter les faux négatifs.
• Spécificité : La capacité d’un test à détecter uniquement la cible et à éviter les faux positifs.

📝 Points essentiels

📐 Formule — La sensibilité est calculée par $Se = \frac{VP}{VP + FN}$ et la spécificité par $Sp = \frac{VN}{VN + FP}$.

📐 Formule — La valeur prédictive positive est calculée par $VPP = \frac{VP}{VP + FP}$ et la valeur prédictive négative par $VPN = \frac{VN}{VN + FN}$.

💡 Astuce mémo

Sensibilité : malades positifs ; spécificité : non-malades négatifs

📖 8. Stratégies du diagnostic virologique

★ À maîtriser

• Le diagnostic direct peut utiliser:
  • la culture
  • la microscopie électronique
  • la détection d’antigènes viraux
  • la détection du génome viral

📌 Le diagnostic indirect met en évidence les anticorps produits par l’organisme en réponse à l’infection virale.

Compléments

📌 Pour choisir une stratégie diagnostique, il faut d’abord rechercher l’existence d’une technique directe, puis citer ses méthodes possibles ou recourir aux techniques indirectes si elle n’existe pas.

💡 Astuce mémo

Direct : virus ou constituant viral ; indirect : anticorps produits par l’hôte

📖 9. Techniques du diagnostic direct

★ À maîtriser

• La culture cellulaire établit le caractère infectieux des particules, permet d’isoler et de conserver une souche et autorise l’étude de sa résistance aux traitements ou de ses propriétés épidémiologiques.

• La culture cellulaire in vitro consiste à multiplier les virus dans des lignées cellulaires sensibles puis à rechercher un effet cytopathique, confirmé par immunomarquage ou PCR.

• La PCR détecte et amplifie des séquences d’ADN ou d’ARN viral, mais un résultat positif ne prouve pas toujours la présence d’un virus réplicatif, car le virus peut être tué ou latent.

• La PCR quantitative mesure la charge virale afin de suivre une infection chronique et d’adapter les traitements antiviraux ou immunosuppresseurs.

Compléments

• La culture cellulaire donne des résultats en 48 heures à 2 mois, avec une lecture subjective, et certains virus ne sont pas cultivables en routine.

• La PCR en temps réel permet un rendu qualitatif ou quantitatif, une détection des inhibiteurs et un moindre risque de faux positifs par contamination.

• Le séquençage nucléotidique détermine la séquence d’un fragment viral et permet d’étudier les résistances génotypiques ou de réaliser un typage moléculaire.

📖 10. Sérologie et diagnostic indirect

🔑 Notions clés & Définitions

• IgM : Synthétisées pendant quelques semaines après une primo-infection, ont une courte durée de vie et ne traversent pas le placenta.
• IgG : Apparaissent à peu près en même temps que les IgM ou juste après, persistent à vie, augmentent d’avidité avec le temps et traversent le placenta.

★ À maîtriser

📌 Une primo-infection est évoquée par la présence d’IgM seules, tandis qu’une séroconversion correspond à l’apparition d’anticorps ou à une élévation significative des IgG sur deux sérums espacés de 15 à 21 jours.

📌 La présence d’IgM chez un nouveau-né ou dans le sang fœtal signe une infection fœtale, car les IgM maternelles ne traversent pas le placenta.

• Les sérologies permettent de diagnostiquer une infection actuelle par la présence d’IgM ou une séroconversion, de déterminer un statut immunitaire et d’évaluer quantitativement la protection vaccinale.

📌 L’immunoempreinte confirme un test sérologique en recherchant les anticorps dirigés contre plusieurs protéines virales et est moins sensible mais plus spécifique que l’ELISA.

Compléments

• L’interprétation sérologique est limitée chez l’enfant de moins de 18 mois, après transfusion, plasmaphérèse, injection d’immunoglobulines ou vaccination récente.

• La présence d’IgM peut correspondre à: une primo-infection, une réactivation d’une infection latente, une réactivité croisée, une activation non spécifique du système immunitaire, un faux positif lié à une maladie auto-immune

• L’ELISA est une technique sérologique simple, automatisable, quantitative et adaptée au dépistage d’un grand nombre d’échantillons, mais elle peut produire des faux positifs.

💡 Astuce mémo

IgM récentes et brèves ; IgG persistantes et d’avidité croissante

📊 Tableaux de synthèse

Diagnostic direct et indirect