QCM : Localisation des protéines (45 questions)

Explication

Les protéoformes peuvent résulter de séquences codantes différentes ou de caractéristiques spécifiques, notamment la glycosylation et la phosphorylation. La localisation, la quantité et la dégradation sont des notions liées aux protéines, mais ne correspondent pas aux causes indiquées ici.

Explication

La glycérophosphorylation de PilE est associée à la méningite cérébrospinale. La phosphorylation de cTnI est reliée aux lésions cardiaques, la tau hyperphosphorylée à la neurodégénérescence et KRAS4B aux protéoformes tumoraux.

Explication

La distribution spatio-temporelle dans les compartiments cellulaires est un déterminant fondamental des fonctions des protéines. La quantité totale et la séquence sont des aspects distincts, et la localisation n’est pas présentée comme une conséquence de la perte de fonction.

Explication

Des localisations multiples exposent une protéine à des micro-environnements et partenaires différents, ce qui peut permettre plusieurs fonctions sans changement de séquence. Les autres interprétations attribuent à tort cette diversité à une modification de séquence ou nient le rôle du contexte cellulaire.

Explication

Le tmTNF reste à la surface de la cellule productrice, agit par contact et se lie préférentiellement à TNFR2. Le sTNF est libéré par TACE, diffuse à distance et se lie plutôt à TNFR1.

Explication

Après endocytose, le Complexe II active les caspases et conduit à l’apoptose ou à la nécroptose. Le Complexe I se forme à la membrane plasmique et stimule NF-κB, favorisant la survie et des signaux pro-inflammatoires.

Explication

Les réponses associées à p53 comprennent notamment la régulation du métabolisme. La réplication de l’ADN, la différenciation cellulaire et la fécondation ne figurent pas parmi les réponses énumérées.

Explication

L’érosion des télomères est répertoriée parmi les stress associés à la régulation de p53. MDM2 est un régulateur, le noyau une localisation et l’autophagie une réponse cellulaire.

Explication

BRCA1 cytoplasmique régule la fonction des centrosomes et l’apoptose indépendante de p53. La réparation de l’ADN et les points de contrôle du cycle correspondent à BRCA1 nucléaire.

Explication

Un variant de BRCA1 dépourvu de signal de localisation nucléaire peut entraîner sa présence dans le cytoplasme. L’absence de ce signal ne favorise ni l’importation nucléaire ni une localisation mitochondriale ou membranaire.

Explication

Dans le cancer du poumon non à petites cellules, l’expression cytoplasmique ou nucléaire de β-caténine est fortement associée à un mauvais pronostic et constitue un facteur indépendant de la survie globale. L’expression membranaire est une autre localisation, le bon pronostic inverse l’association observée, et l’absence de valeur indépendante méconnaît le rôle pronostique établi.

Explication

Dans les tumeurs pseudopapillaires solides du pancréas, une expression nucléaire d’E-cadhérine, une perte de son expression membranaire, ou les deux, ont été observées dans 100 % des cas. La fréquence de 97 % concerne les carcinomes à cellules de Merkel, celle de 86 % plusieurs autres cancers, et l’expression membranaire accrue inverse l’observation décrite.

Explication

Dans le syndrome de Swyer, la mutation du signal de localisation nucléaire entraîne une perte de localisation nucléaire de SRY. La rétention cytoplasmique est notamment décrite pour SHOX, la rétention dans le réticulum endoplasmique pour d’autres protéines, et la perte de localisation nucléolaire pour RPS19.

Explication

La mutation H1069Q d’ATP7B entraîne sa rétention dans le réticulum endoplasmique dans la maladie de Wilson. La rétention cytoplasmique et la mauvaise localisation mitochondriale concernent d’autres mécanismes, tandis que la perte de localisation à la membrane plasmique est associée à d’autres protéines.

Explication

Les mutations de FUS sont associées à sa relocalisation cytoplasmique dans la FTLD. Les modifications post-traductionnelles peuvent également déplacer FOXO et p53 vers le cytoplasme, mais elles ne décrivent pas le mécanisme indiqué pour FUS; la rétention dans le réticulum endoplasmique et le déplacement vers le noyau ou les mitochondries ne correspondent pas à cette association.

Explication

En immunofluorescence, l’anticorps primaire reconnaît la protéine et l’anticorps secondaire fluorescent permet de la détecter après fixation. Un secondaire ciblant directement la protéine inverse les rôles, un primaire fluorescent attribue le marquage au mauvais anticorps, et la fusion GFP relève d’une autre méthode.

Explication

L’expression du gène de p65 fusionné à GFP produit une protéine fluorescente dont la localisation peut être suivie avec ou sans TNFα. Le marquage par anticorps correspond à l’immunofluorescence, tandis que GFP séparée ou un anticorps anti-TNFα ne marque pas directement p65.

Explication

Le criblage à haut contenu combine l’efficacité du criblage à grande échelle avec l’imagerie cellulaire et des données quantitatives dans l’espace et le temps. Réduire cette notion au seul débit ou à une observation non quantitative en omet la composante d’imagerie analytique.

Explication

Le masque cytoplasmique s’obtient par différence entre le masque couvrant noyau plus cytoplasme et le masque nucléaire; le rapporteur peut ensuite être quantifié entre les deux compartiments. Inverser la soustraction ou réutiliser le masque nucléaire ne délimite pas le cytoplasme.

Explication

CHS828 maintient NF-κB dans le cytoplasme. La rapamycine restaure la localisation nucléaire de TARDBP, ETP-45648 favorise la localisation nucléaire de FOXO, et IN3 favorise l’expression de surface de GNRHR.

Explication

Les proportions du réticulum rugueux et lisse sont respectivement de 35 % et 16 % chez l’hépatocyte, contre 60 % et moins de 1 % dans la cellule exocrine du pancréas. L’inversion des profils échange les cellules, l’attribution de 60 % au réticulum lisse permute les types de réticulum, et les valeurs de membrane plasmique ne décrivent pas le réticulum lisse.

Explication

La membrane plasmique représente 2 % de la membrane totale de l’hépatocyte et 5 % de celle de la cellule exocrine pancréatique. L’inversion échange les valeurs, tandis que 16 % et moins de 1 % concernent le réticulum lisse, et 35 % et 60 % le réticulum rugueux.

Explication

Sans signal reconnu, la protéine reste dans le cytosol, qui constitue sa destination par défaut. Le réticulum endoplasmique et le noyau nécessitent un signal de ciblage approprié, tandis que l’absence de signal ne signifie pas une dégradation automatique.

Explication

Un signal patch est formé de résidus éloignés dans la séquence primaire, mais rapprochés dans la structure tridimensionnelle. Une séquence signal correspond à des acides aminés voisins dans la séquence; un peptide du RE et un signal d’export nucléaire désignent des signaux associés à des voies particulières, et non cette organisation en patch.

Explication

Le transport nucléaire concerne des protéines repliées, peut se faire dans les deux directions et mobilise le pore nucléaire ainsi que des récepteurs d’import et d’export; NLS et NES dirigent respectivement l’import et l’export. Sec61 et TOM/TIM sont des translocateurs membranaires, tandis que les protéines PEX et les signaux PTS relèvent de l’import peroxysomal.

Explication

L’import peroxysomal peut prendre en charge une protéine déjà repliée, parfois oligomérique, grâce aux récepteurs PEX5 ou PEX7 et au complexe d’import comprenant notamment PEX13 et PEX14. Le pore nucléaire transporte vers le noyau, TOM/TIM cible la mitochondrie et Sec61 intervient dans la translocation vers le réticulum endoplasmique.

Explication

La phosphorylation, comme d’autres modifications post-traductionnelles, peut modifier l’accessibilité d’un signal d’adressage. Le remplacement de séquence confond accessibilité et identité du signal, la dégradation-synthèse invoque un mécanisme différent, et l’action directe du pore n’est pas le principe décrit.

Explication

Un signal masqué n’est pas reconnu par la machinerie d’adressage, de sorte que la protéine reste dans son compartiment initial jusqu’à l’exposition du signal. L’adressage accéléré et la reconnaissance malgré le masquage inversent ce principe; le départ sans destination ne correspond pas au mécanisme décrit.

Explication

Les pores nucléaires se trouvent à la jonction des membranes interne et externe; ils sont cylindriques, complexes, octogonaux et dynamiques. Les descriptions de pores sphériques ou hexagonaux déforment leur structure, tandis que les qualifier de fixes contredit leur caractère adaptable.

Explication

Les pores transportent des protéines régulatrices de l’expression génétique du cytosol vers le noyau et des ribonucléoprotéines associées aux ARN du noyau vers le cytosol. Inverser le trajet de la protéine régulatrice ou faire entrer le complexe associé à l’ARN confond les directions; le passage par le pore ne donne pas aux deux cargaisons le même sens.

Explication

Les protéines ribosomales synthétisées dans le cytosol sont importées dans le noyau, assemblées avec l’ARN ribosomal, puis les sous-unités sont réexportées dans le cytosol. L’assemblage cytosolique inverse l’étape de formation, la réexportation avant assemblage change l’ordre, et le maintien dans le noyau omet le retour des sous-unités.

Explication

Les particules portant un signal de localisation nucléaire progressent de la face cytosolique vers la face nucléaire des pores. Le trajet inverse renverse le sens observé, le contournement évite à tort le pore et le trajet nucléolaire ne correspond pas à l’observation.

Explication

À 50 minutes, les particules sont observées sur la face nucléaire, après leur présence sur la face cytosolique aux temps précédents. Les fibrilles cytosoliques caractérisent l’observation à 10 minutes, la face cytosolique celle de 30 et 40 minutes, et le centre du canal n’est pas la localisation rapportée.

Explication

Les protéines ribosomales produites dans le cytoplasme s’assemblent avec les ARNr pour former les sous-unités 40S et 60S, qui sont transportées vers le cytoplasme et activées en ribosomes fonctionnels. L’ARNr 5S est produit hors du nucléole, les protéines ne sont pas produites dans le nucléole, et les sous-unités exportées ne sont pas activées dans le noyau.

Explication

Le pore nucléaire de levure comprend plus de 456 protéines réparties en 30 types. La réponse qui inverse protéines et types confond ces deux quantités, celle qui propose 15 types modifie leur diversité, et celle qui réduit l’effectif protéique ne respecte pas le seuil indiqué.

Explication

Les nucléoporines s’organisent en couches concentriques qui forment le tube central emprunté par les macromolécules. Une disposition longitudinale change leur organisation, un anneau sans tube omet le conduit central, et un passage extérieur ne correspond pas au trajet à travers le pore.

Explication

Les domaines désordonnés interagissent pour former un réseau dynamique qui remplit le canal central et constitue la barrière sélective. Les filaments indépendants ne rendent pas compte de ce réseau, l’échafaudage rigide confond barrière dynamique et structure fixe, et l’organisation des sous-complexes relève des nucléoporines liantes.

Explication

Une faible densité du filtre est associée à une perméabilité élevée; la réduction des ponts disulfure conduit ici à une densité moindre. L’option associant faible densité et faible perméabilité inverse la relation, tandis que les réponses évoquant une densité accrue contredisent la situation décrite.

Explication

Chez les cellules T infectées, les pores nucléaires sont suffisamment dilatés pour permettre le passage de capsides coniques apparemment intactes. Le désassemblage complet n’est pas la conclusion rapportée, les macrophages relèvent d’une autre observation et la fissuration locale est décrite dans ce contexte distinct.

Explication

Lors du passage dans les macrophages humains primaires, les anneaux du NPC peuvent s’ouvrir localement, phénomène appelé « cracking », et potentiellement soulager un blocage stérique. Une dilatation générale n’exprime pas cette ouverture locale, et les deux autres réponses n’indiquent pas le changement décrit.

Explication

L’import nucléaire du VIH-1 dépend à la fois de l’élasticité de la capside et de l’adaptabilité du pore, et les cores plus petits sont favorisés par rapport aux cores coniques. Les réponses qui écartent l’un de ces deux facteurs négligent une composante de cette dépendance, tandis que l’avantage accordé aux cores coniques inverse la sélectivité observée.

Explication

Les interactions hydrophobes entre FG-nucléoporines contribuent à dilater le pore pendant l’assemblage et à former son canal central. Les liaisons ioniques et les nucléoporines non-FG attribuent le mécanisme à d’autres éléments, tandis que la fermeture de l’enveloppe ne décrit pas cette expansion.

Explication

La perturbation des interactions hydrophobes empêche l’expansion du pore et entraîne à la fois un défaut d’import nucléaire et une expansion compromise du noyau. Une dilatation accrue inverse l’effet, tandis que les autres réponses écartent à tort le défaut structural ou ses conséquences fonctionnelles.

Explication

Le cluster WH2 chevauche une séquence de localisation nucléaire atypique bipartite; l’actine monomérique liée aux WH2 bloque la liaison des importines à cette séquence. L’exposition ou la libération de la séquence inverse cet effet, et la séquence est bien située dans la région chevauchant le cluster.

Explication

Les dommages à l’ADN induisent la polymérisation cytoplasmique de l’actine et l’import nucléaire de JMY, qui dépend de la région WH2/NLS et de l’importine β. L’importine α substitue à tort le facteur indiqué; les autres réponses omettent l’une des deux dépendances ou inversent le lien avec les dommages.