À quoi correspondent les variants du nombre de copies (CNV) ?
À des délétions ou à des duplications chromosomiques.
Qu’entraîne un remaniement chromosomique déséquilibré ?
Une perte ou un excès de matériel chromosomique.
De quoi résultent souvent les anomalies de structure chromosomique ?
D’erreurs de réparation des lésions de l’ADN.
Que rompt une cassure double brin de l’ADN ?
Les deux brins de l’ADN.
Qu’est-ce que la NAHR ?
Une recombinaison entre deux séquences très similaires situées à des positions différentes du génome.
Quelles anomalies génomiques la NAHR peut-elle provoquer ?
Des délétions ou des duplications.
Quel mécanisme est à l’origine des syndromes microdélétionnels récurrents ?
La NAHR est le principal mécanisme en cause.
Que favorise une forte similarité entre régions répétées dans les remaniements chromosomiques ?
Des remaniements récurrents de structure similaire chez différents individus.
Quels remaniements une erreur d’appariement des duplications segmentaires peut-elle provoquer ?
Une délétion, une duplication ou une inversion.
Comment la NHEJ répare-t-elle une cassure double brin en phase G0 ou G1 ?
Elle relie les extrémités sans matrice homologue.
Quelles méthodes relèvent des explorations chromosomiques ?
Le caryotype, la FISH, la CGH-array et le séquençage de l’ADN en biologie cellulaire.
Que permet d’observer le caryotype, et à quel stade idéalement ?
Il compte les chromosomes et observe leur structure grossière, idéalement en métaphase.
Quelle est la résolution du caryotype ?
De 5 à 10 Mb.
Quelles anomalies le caryotype détecte-t-il surtout ?
Les grandes délétions ou duplications.
Que détecte la FISH grâce à ses sondes fluorescentes spécifiques ?
Des séquences chromosomiques ciblées complémentaires des sondes.
Quelle limite de détection la FISH présente-t-elle pour les régions chromosomiques ?
Elle ne détecte que les régions ciblées par ses sondes.
En combien de temps la FISH peut-elle fournir un résultat après le prélèvement ?
En 24 heures, sans mise en culture.
Quand l’hybridation génomique sur puce à ADN est-elle apparue ?
Vers 2008.
Que compare la CGH-array entre l’ADN du patient et l’ADN de référence ?
Le nombre de copies des régions chromosomiques.
Que signifie un signal vert en CGH-array ?
Une délétion chez le patient.
Qu’est-ce qu’un SNP-array et quelles sondes utilise-t-il ?
Une puce utilisant des polymorphismes ponctuels et des sondes de 25 nucléotides.
Quelles anomalies le SNP-array peut-il révéler ?
Des délétions, des duplications, une homozygotie et l’origine parentale d’un remaniement.
Pourquoi le SNP-array ne nécessite-t-il pas d’ADN témoin, contrairement à la CGH-array ?
L’analyse repose sur les SNP du patient.
Quels tissus l’ACPA peut-elle analyser ?
Tout type de tissu.
Quelle résolution l’ACPA peut-elle atteindre par rapport au caryotype ?
Jusqu’à huit fois la résolution du caryotype.
Quels types de variants le séquençage du génome entier peut-il détecter ?
Des variants monogéniques et des CNV, notamment des délétions et des duplications.
Comment l’analyse en trio évalue-t-elle les variants de l’enfant ?
Elle les compare à ceux de ses parents pour filtrer les variants hérités et évaluer leur responsabilité dans la maladie.
Qu’étudient les techniques de Chromosome Conformation Capture ?
Les interactions entre régions de chromatine et les domaines chromatiniens, notamment les TADs.
Quel effet peuvent avoir les interactions entre régions de chromatine ?
Elles peuvent réguler l’expression des gènes et expliquer certains syndromes sans délétion ni duplication directement associée.
Sur quelles données s’appuie l’interprétation d’un CNV ?
Sur des logiciels, des bases de données de contrôles et de patients, la ségrégation familiale et les données épidémiologiques.
Quels facteurs augmentent le risque de pathogénicité d’un CNV ?
Une grande taille ou un nombre élevé de gènes.
Quel type de CNV est plus souvent pathogène : délétion ou duplication ?
Une délétion.
Que signifie la classe 3 dans la classification américaine des CNV ?
Une signification inconnue.
Quelle classe supplémentaire la France attribue-t-elle à certains CNV ?
La classe 6, dite PIEV.
Quelles informations l’interrogatoire clinique recherche-t-il sur la grossesse et la naissance ?
Les antécédents de grossesse, les conditions de l’accouchement et les mensurations de naissance.
Combien de générations l’arbre généalogique de l’anamnèse familiale doit-il couvrir au minimum ?
Trois générations.
Que démontre un individu porteur d’une mutation sans symptômes ?
Une pénétrance incomplète.
Quel risque de transmission a un parent hétérozygote atteint d’une mutation autosomique dominante ?
50 % pour chacun de ses enfants.
Quelles mensurations sont prises lors de l’examen somatique de l’enfant déshabillé ?
Le poids, la taille et le périmètre crânien.
Vers quoi oriente l’accumulation de critères dysmorphiques mineurs ?
Vers un syndrome chromosomique ou génique particulier.
À quoi correspond normalement la distance entre les deux yeux ?
À la taille d’un œil.
Qu’est-ce que le syndrome des gènes contigus ?
Une association non aléatoire d’anomalies due à une délétion chromosomique emportant plusieurs gènes voisins.
Quelle taille moyenne caractérise les microdélétions de première génération ?
De 500 Kb à 4 Mb.
Quelle est la prévalence de la microdélétion 22q11.2, ou syndrome de Di-George ?
De 1/4000 à 1/5000.
Dans quelle proportion la délétion 22q11.2 survient-elle de novo ?
Dans 80 % des cas.
Quelle proportion des personnes atteintes du syndrome de Di-George présente des anomalies cardiaques ?
80 % des cas.
Combien de copies une délétion peut-elle laisser dans une région chromosomique ?
Une seule copie au lieu de deux.
Combien de copies une duplication peut-elle produire dans une région chromosomique ?
Trois copies.
Quelles anomalies une réparation incorrecte de l’ADN peut-elle entraîner ?
Une délétion ou une duplication.
Quel mécanisme de remaniement est lié au blocage et au décrochage de la fourche de réplication ?
FoSTeS.
Que désigne le terme LCR ?
De petites séquences d’ADN répétées et très similaires, situées à des positions différentes du génome.
Quel autre nom porte les LCR ?
Les duplications segmentaires.
Que peut produire la NAHR entre séquences répétées de même orientation ?
Une délétion ou une duplication.
Quand et entre quelles chromatides la NAHR peut-elle se produire pendant la méiose ?
Pendant le crossing-over, entre chromatides non sœurs des cellules germinales.
Quelle distance détermine la taille d’un remaniement flanqué de duplications segmentaires ?
Le nombre de bases entre les régions répétées similaires.
Quel auteur est associé à la duplication segmentaire ancienne décrite ?
Sharp.
Quelles structures peuvent interagir pour produire un remaniement chromosomique ?
Deux chromosomes, deux chromatides ou une seule chromatide.
À quoi peuvent correspondre les petites insertions ou délétions nucléotidiques causées par la NHEJ ?
À des indels.
Quel remaniement la NHEJ peut-elle produire dans des situations extrêmes ?
Un remaniement chromosomique de grande taille, habituellement non récurrent.
Quels éléments structuraux le caryotype révèle-t-il ?
Le centromère, les bras court et long, les télomères et les bandes G ou R.
Comment les bandes G ou R sont-elles révélées ?
Par dénaturation thermique ou chimique.
Comment se forme un chromosome en anneau observé au caryotype ?
Après perte des extrémités télomériques et réunion en cercle.
Quelle découverte majeure le caryotype a-t-il permise dans les années 50-60 ?
La découverte des premières aneuploïdies, notamment la trisomie 21.
Quelle taille ont les sondes d’ADN utilisées en FISH, notamment les BAC ?
Environ 150 kb.
Quels types de régions chromosomiques les sondes FISH peuvent-elles cibler ?
Les télomères et régions subtélomériques, les centromères ou un chromosome entier.
Sur quels noyaux les signaux FISH peuvent-ils être comptés ?
Sur des noyaux métaphasiques ou interphasiques.
Combien de noyaux l’analyse FISH porte-t-elle généralement ?
De 50 à 100 noyaux.
Quelles trisomies la FISH prénatale peut-elle diagnostiquer rapidement ?
Les trisomies 13, 18 et 21.
Chez quels patients l’hybridation génomique sur puce est-elle utilisée en première intention ?
Chez les patients présentant une déficience mentale ou un retard de croissance.
Quelle proportion d’anomalies supplémentaires la puce détecte-t-elle par rapport au caryotype ?
10 à 15 % d’anomalies supplémentaires.
Que reconnaît chaque sonde d’environ 60 bases sur une lame de CGH-array ?
Une petite partie d’un chromosome.
Quelle couleur marque l’ADN du patient en CGH-array ?
Le rouge, avec le CY5.
Quel facteur augmente la résolution de la CGH-array ?
Des sondes plus nombreuses et rapprochées.
Que se passe-t-il si un nucléotide diffère entre l’ADN et une sonde SNP ?
L’ADN ne s’hybride pas à la sonde.
À quelle fréquence moyenne les SNP sont-ils présents ?
En moyenne toutes les 1 000 paires de bases.
Que regroupe le terme ACPA ?
La CGH-array et le SNP-array.
Quelle proportion du génome peut présenter des polymorphismes du nombre de copies chez un individu ?
Jusqu’à 1 %.
Comment interpréter une délétion de 30 kb chez un père sain et son enfant malade ?
Elle est probablement polymorphique plutôt que responsable de la maladie.
À quoi servent les bases de données de contrôle pour les délétions observées ?
Elles vérifient si ces délétions ont déjà été identifiées comme des CNP.
Comment la Chromosome Conformation Capture repère-t-elle les régions de chromatine qui interagissent ?
Elle fixe l’ADN au moyen de ponts de formaldéhyde.
Quel logiciel synthétise les critères d’interprétation des CNV ?
CNV-Hub.
Quel est le risque de transmission d’un CNV de classe 6 à chaque enfant ?
50 %.
Pourquoi les CNV de classe 6 sont-ils généralement exclus du bilan génétique anténatal ?
L’incertitude de leur effet pathologique soulève une difficulté éthique.
Quelles expositions et pathologies maternelles l’interrogatoire de grossesse recherche-t-il ?
Les prises de drogues, les épisodes infectieux et les pathologies maternelles.
Que représentent les carrés et les ronds dans un arbre généalogique ?
Les carrés représentent les garçons et les ronds les filles.
Quel mode de transmission évoque une atteinte verticale touchant garçons et filles ?
Une transmission autosomique dominante.
À quelle fréquence générationnelle la transmission verticale est-elle observée ?
À chaque génération.
Comment se répartissent les trois parties verticales du visage ?
Elles sont égales, mais la partie médiane peut être condensée.
Où doit se situer le canthus externe par rapport à l’oreille ?
Au niveau du tiers supérieur de l’oreille.
Quels domaines l’évaluation psychomotrice examine-t-elle ?
Le tonus, le langage, les âges de la marche et du premier mot, les acquisitions et le développement intellectuel.
À quoi sert la recherche d’un phénotype comportemental particulier ?
À orienter vers différents syndromes.
À partir de quelle période les syndromes microdélétionnels récurrents de première génération ont-ils été décrits ?
À partir des années 1990, avec l’avènement de la FISH en diagnostic.
Quels exemples de microdélétions récurrentes de première génération sont cités ?
Les délétions 22q11.2, 22q13, 7q11.23, 15q11.2 et 17p11.
Quel examen ciblé permet notamment de diagnostiquer la délétion 22q11.2 ?
Une FISH ciblée.
Quel déficit immunitaire peut accompagner l’hypoplasie thymique du syndrome de Di-George ?
Un déficit en lymphocytes T.
Quels éléments sont associés au syndrome WAGR ?
Une tumeur de Wilms, une aniridie, des anomalies génito-urinaires et un retard intellectuel.
Quand la NAHR somatique peut-elle se produire ?
Pendant la phase S de réplication.
Entre quels éléments chromosomiques la NAHR somatique peut-elle se produire ?
Entre les chromatides sœurs d’un même chromosome.
Teste tes connaissances avec un QCM de 65 questions sur Syndromes microdélétionnels et empreinte.
1. Comment appelle-t-on les variants chromosomiques correspondant à une délétion ou à une duplication ?
2. Une analyse révèle un échange entre deux chromosomes, sans perte ni excès de matériel chromosomique. Comment classer ce remaniement ?
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