Fiche de révision : Microbiologie générale et médicale

📋 Plan du Cours

1. Agents infectieux et infection
2. Transmission et évolution infectieuse
3. Structure et réplication virales
4. Structure et classification bactériennes
5. Flores, pathogènes et antibiotiques
6. Diagnostic bactériologique
7. Mycologie médicale
8. Parasitologie médicale

📖 1. Agents infectieux et infection

🔑 Notions clés & Définitions

• Prions : Agents transmissibles non conventionnels de 15 à 40 nm, dépourvus d’acide nucléique et constitués d’une protéine modifiée appelée PrPsc.
• Infection : Invasion d’un organisme vivant par un agent infectieux, souvent accompagnée d’une contagiosité correspondant à la transmission entre individus.

★ À maîtriser

• Les ATC regroupent:

  • les parasites
  • les champignons
  • les bactéries
  • les virus

• 🔄 Le mécanisme infectieux évolue selon trois étapes:

  1. Contamination par contact
  2. Colonisation ou incubation avec multiplication de l’agent sans signe clinique
  3. Infection avec apparition des signes cliniques et de la réponse immunitaire

Compléments

• Les prions s’accumulent, détruisent les neurones et provoquent des encéphalopathies spongiformes telles que la maladie de Creutzfeldt-Jakob et la maladie de la vache folle.

• Les prions sont extrêmement résistants aux UV, aux radiations, à la chaleur et aux protéases.

💡 Astuce mémo

ATC avec acide nucléique, ATNC sans acide nucléique

📖 2. Transmission et évolution infectieuse

★ À maîtriser

📌 Une source endogène provient du patient lui-même, tandis qu’une source exogène provient d’un autre humain, d’un animal ou de l’environnement.

• La transmission par gouttelettes concerne des particules de plus de 0,5 micromètre, parcourant au maximum 1 à 2 mètres et retombant rapidement, tandis que les aérosols de moins de 0,5 micromètre restent en suspension durant de nombreuses heures et voyagent sur de grandes distances.

• Les principaux modes de transmission sont:

  • le contact direct
  • la voie fécale-orale
  • la voie sexuelle
  • la voie respiratoire ou salivaire
  • la voie sanguine
  • la transmission mère-enfant
  • les vecteurs
  • les zoonoses

Compléments

📌 Une infection bactérienne peut se diffuser par bactériémie et évoluer vers une septicémie, tandis que le siège d’une infection virale dépend principalement du tropisme du virus et de ses récepteurs cellulaires spécifiques.

💡 Astuce mémo

Contamination → colonisation → infection

📖 3. Structure et réplication virales

🔑 Notions clés & Définitions

• Virus : Parasite intracellulaire obligatoire constitué d’un génome d’ADN ou d’ARN protégé par une capside protéique, avec ou sans enveloppe lipidique.

★ À maîtriser

📌 Les virus enveloppés sont fragiles dans l’environnement et sensibles aux détergents et à l’eau de Javel, tandis que les virus nus sont plus résistants et peuvent être transmis indirectement ou éliminés longtemps dans les selles.

• 🔄 La réplication virale comprend:
  1. l’attachement
  2. la pénétration
  3. la décapsidation
  4. la réplication génétique
  5. la synthèse des protéines virales
  6. l’assemblage
  7. la libération des nouveaux virions

Compléments

• Les virus mesurent entre 20 et 300 nm et leur génome, particulièrement lorsqu’il est constitué d’ARN, présente un taux important de mutations.

💡 Astuce mémo

Attachement → pénétration → décapsidation → réplication → assemblage → libération

📖 4. Structure et classification bactériennes

🔑 Notions clés & Définitions

• Bactérie : Micro-organisme procaryote dont la cellule ne possède pas de noyau délimité par une membrane et qui se multiplie par division.

📝 Points essentiels

• Une bactérie possède notamment:
  • un chromosome libre
  • une membrane cytoplasmique
  • une paroi contenant du peptidoglycane
  • des flagelles
  • des pili
  • des plasmides

📌 Les bactéries à Gram positif ont une paroi épaisse riche en peptidoglycane, tandis que les bactéries à Gram négatif ont une fine couche de peptidoglycane recouverte d’une membrane externe supplémentaire.

💡 Astuce mémo

Gram positif : paroi épaisse ; Gram négatif : paroi fine et membrane externe

📖 5. Flores, pathogènes et antibiotiques

🔑 Notions clés & Définitions

• Bactéries commensales : Bactéries qui vivent sur ou dans un organisme hôte sans lui nuire ni lui apporter directement un bénéfice, et dont les populations constituent la flore.

★ À maîtriser

• La flore digestive est concentrée dans le côlon et comprend 90 % de bactéries anaérobies strictes, notamment Bacteroides et Clostridium, ainsi que des entérobactéries comme Escherichia coli.

• La flore protège l’hôte par stimulation immunitaire et effet barrière, tandis que la flore digestive participe à la dégradation des déchets et à la synthèse des vitamines K, B12 et de l’acide folique.

• Les antibiotiques agissent principalement en inhibant la synthèse de la paroi, la membrane cytoplasmique, la synthèse protéique ou la synthèse de l’ADN.

Compléments

• Les principales bactéries pathogènes citées sont:
  • Pseudomonas aeruginosa
  • Staphylococcus aureus
  • Escherichia coli
  • Neisseria meningitidis
  • Clostridium difficile
  • Borrelia
  • Chlamydia
  • Helicobacter pylori
  • Listeria
  • Mycobacterium tuberculosis

💡 Astuce mémo

Rupture de la flore → implantation de bactéries pathogènes → infection

📖 6. Diagnostic bactériologique

★ À maîtriser

• 🔄 Le diagnostic bactériologique repose sur: un prélèvement au site pertinent, un prélèvement au moment adapté, avant antibiothérapie, un acheminement respectant les délais, un acheminement respectant les températures

• 🔄 Le diagnostic au laboratoire comprend:

  1. À J0 : examen direct et mise en culture
  2. À J1-J2 : identification par spectrométrie de masse MALDI-TOF MS
  3. À J2-J3 : antibiogramme

• Lors d’un antibiogramme par diffusion, plus le diamètre d’inhibition autour du disque antibiotique est grand, plus la bactérie est sensible.

Compléments

📌 La sérologie recherche indirectement des anticorps IgM, IgA ou IgG, tandis que la PCR recherche directement des acides nucléiques bactériens.

💡 Astuce mémo

J0 prélèvement et culture → J1-J2 identification → J2-J3 antibiogramme

📖 7. Mycologie médicale

🔑 Notions clés & Définitions

• Champignons : Eucaryotes hétérotrophes, strictement aérobies, possédant une paroi de chitine et de glucanes, une membrane contenant de l’ergostérol et se reproduisant principalement par spores.
• Dermatophytoses : Mycoses superficielles causées par des champignons qui attaquent spécifiquement la kératine de la peau et des phanères.

★ À maîtriser

📌 Les levures sont unicellulaires et se divisent par bourgeonnement, tandis que les moisissures sont pluricellulaires et constituées d’hyphes formant un mycélium.

• 🔄 La physiopathologie fongique évolue de la manière suivante:

  1. Colonisation
  2. Résistance aux mécanismes de défense
  3. Virulence
  4. Invasion tissulaire

• Les candidoses représentent 70 à 80 % des infections fongiques, et les candidoses invasives disséminées ont une mortalité de 25 à 40 %.

Compléments

• Sans traitement, la mortalité de l’aspergillose invasive atteint 70 à 90 %.

💡 Astuce mémo

Rupture des barrières ou de l’immunité → opportunisme fongique → invasion

📖 8. Parasitologie médicale

🔑 Notions clés & Définitions

• Parasitisme : Relation dans laquelle un parasite vit obligatoirement aux dépens d’un hôte en lui causant un préjudice.

★ À maîtriser

• Les parasites se classent en:
  • protozoaires
  • helminthes
  • ectoparasites

📌 Dans un cycle direct ou monoxène, le parasite se développe chez un seul hôte, tandis que dans un cycle indirect ou hétéroxène, il doit passer par un ou plusieurs hôtes intermédiaires.

• Dans le paludisme à Plasmodium falciparum, l’homme est l’hôte intermédiaire, tandis que l’anophèle femelle est l’hôte définitif et le vecteur actif.

Compléments

• La bilharziose à Schistosoma spp suit un cycle indirect en eau douce dans lequel l’homme est l’hôte définitif contaminé par voie transcutanée lors d’une baignade et le mollusque d’eau douce est l’hôte intermédiaire.

💡 Astuce mémo

Cycle direct : un hôte ; cycle indirect : hôtes intermédiaires

📊 Tableaux de synthèse

Comparaison des principaux agents infectieux