★ À maîtriser
L’enveloppe nucléaire est constituée de deux membranes biologiques, tandis qu’un compartiment peut être délimité par une ou deux membranes.
La compartimentation concentre au même moment et dans un même lieu les molécules et machineries enzymatiques nécessaires, ce qui potentialise les réactions enzymatiques et assure la fonctionnalité des compartiments.
Compléments
📌 La compartimentation exige une coordination de l’adressage des protéines à leur compartiment spécifique au moyen de signaux d’adressage.
Le noyau contient l’information génétique portée par l’ADN et les enzymes de synthèse des acides nucléiques.
L’appareil de Golgi renferme les enzymes qui permettent la maturation des glycoprotéines.
Le réticulum endoplasmique contient des enzymes de modification des protéines et de glycosylation, et participe à la synthèse des lipides.
Les lysosomes contiennent des enzymes spécifiques de dégradation des macromolécules et présentent un pH acide.
Le cours indique une taille de 50 à 150 µm pour l’entité vivante représentée et de 5 à 50 µm pour la cellule illustrée.
L’enveloppe nucléaire a deux membranes ; un compartiment peut n’en avoir qu’une.
★ À maîtriser
Le repliement correct est indispensable au bon fonctionnement des protéines.
Le repliement peut faire intervenir trois mécanismes :
La plupart des protéines atteignent leur repliement définitif avec l’aide de chaperons moléculaires, également appelés protéines chaperonnes ou heat-shock proteins (HSP).
Un repliement incorrect peut provoquer l’agrégation de protéines, qui deviennent non fonctionnelles ou toxiques pour la cellule.
Compléments
Les acides aminés hydrophobes s’enfouissent dans la structure tridimensionnelle dès la sortie du ribosome, au fur et à mesure de la synthèse et à partir d’une quarantaine d’acides aminés.
Après la synthèse, des ajustements et réarrangements énergétiquement favorables peuvent conduire à la conformation tertiaire finale, atteinte lorsque l’énergie est au plus bas ; cette conformation peut être transitoire.
Le cours associe l’agrégation de protéines mal repliées à la maladie d’Alzheimer, aux maladies à prions et à l’anémie falciforme.
Repliement incorrect → agrégation → protéines non fonctionnelles ou toxiques.
★ À maîtriser
Compléments
📌 La nomenclature HSP suivie d’un nombre indique le poids moléculaire en kilodaltons, par exemple HSP 60 pour 60 kDa et HSP 70 pour 70 kDa.
Les chaperonnes sont présentes dans :
Des chaperonnes aident à la translocation vers la mitochondrie de protéines synthétisées dans le cytosol.
Au cours de la réplication de l’ADN, la chaperonne nucléoplasmine empêche l’agrégation des histones avec l’ADN durant l’assemblage des nucléosomes.
Le placement fortuit de cellules en culture à 42 °C au lieu de 37 °C a provoqué une production importante de protéines de choc thermique, en même temps qu’une augmentation des protéines mal repliées.
Au cours de l’endocytose, des chaperonnes interviennent dans le recyclage du manteau de clathrines.
★ À maîtriser
📌 Si l’action des chaperonnes échoue, les protéines mal conformées sont dirigées vers la voie de protéolyse par le protéasome.
HSP 70 se lie à une séquence d’environ 10 acides aminés hydrophobes exposés à l’extrémité N-terminale de la protéine en cours de synthèse, lorsqu’ils émergent du ribosome.
HSP 60, ou chaperonine, se fixe sur des protéines complètement synthétisées et possède une structure en tonneau à double entrée.
🔄 Le cycle de HSP 60 se déroule ainsi : HSP 60 isole la protéine mal conformée dans une chambre, la fixation de l’ATP et d’une coiffe allonge la chambre et favorise l’acquisition de la conformation correcte, l’hydrolyse de l’ATP détache la coiffe et libère la protéine
Compléments
Le fonctionnement des chaperonnes nécessite l’énergie fournie par l’hydrolyse de l’ATP.
HSP 70 utilise une succession de cycles d’hydrolyse de l’ATP en ADP pour permettre la mise en conformation de la protéine, puis est relarguée.
HSP 70 accompagne la chaîne naissante ; HSP 60 enferme la protéine achevée.
★ À maîtriser
Le protéasome comprend un cylindre creux central contenant les sites actifs et deux coiffes qui reconnaissent les chaînes de poly-ubiquitine des protéines à dégrader.
La poly-ubiquitinylation commence par l’activation de l’ubiquitine par E1, puis son transfert au complexe E2-E3 ; E2-E3 reconnaît la protéine cible et transfère la première ubiquitine sur la chaîne latérale d’une lysine, avant l’ajout des ubiquitines suivantes pour former la chaîne.
📌 La mono-ubiquitinylation ajoute une ubiquitine à un ou plusieurs acides aminés d’une protéine sans l’adresser au protéasome ; elle intervient dans l’endocytose, la réparation de l’ADN et la sortie des protéines de l’endosome.
Compléments
Les cyclines sont des exemples de protéines de régulation du cycle cellulaire à durée de vie courte dégradées par le protéasome.
Le protéasome possède des activités de protéases dépendantes de l’ATP de types trypsine, chymotrypsine et caspase.
Le protéasome est localisé dans le cytosol et dans le noyau.
Le protéasome représente plus de 1 % des protéines totales de la cellule et existe en de nombreuses copies.
Des inhibiteurs pharmacologiques du protéasome sont utilisés en recherche et un inhibiteur est employé dans le traitement du myélome multiple.
L’activation et le transfert de l’ubiquitine lors de la poly-ubiquitinylation dépendent de l’hydrolyse de l’ATP.
La découverte du protéasome remonte aux années 1980.
Le protéasome mesure 11 nm de diamètre et 35 à 40 nm de long.
Étiqueter à l’ubiquitine, reconnaître, déplier, dégrader, recycler.
★ À maîtriser
📌 Le transport par pores nucléaires relie le noyau et le cytosol, qui sont des espaces topologiquement équivalents ; les importines contrôlent l’entrée dans le noyau et les exportines la sortie vers le cytosol.
La translocation membranaire transporte des protéines du cytosol vers la mitochondrie, le peroxysome ou le réticulum endoplasmique ; pour la mitochondrie, les compartiments sont topologiquement distincts et la protéine est transloquée dépliée.
Le transport vésiculaire mène du réticulum endoplasmique à l’appareil de Golgi, puis vers les lysosomes, les endosomes, les vésicules de sécrétion ou la surface cellulaire.
📌 Un signal d’adressage est nécessaire si son retrait empêche l’adressage de la protéine, et suffisant si son ajout à une protéine permet son adressage au compartiment ciblé ; ces propriétés se démontrent par transfert ou retrait du peptide.
Compléments
La grande majorité des protéines sont synthétisées dans le cytosol, tandis qu’une minorité est synthétisée dans la mitochondrie.
Un signal d’adressage peut être un peptide situé à l’extrémité NH₂-terminale ou C-terminale, généralement clivé par une peptidase dans le compartiment de destination.
Le signal d’adressage mitochondrial est un peptide N-terminal de 10 à 70 acides aminés, plutôt basiques et hydrophobes, qui est clivé et ne sert plus après l’adressage.
L’interaction protéine-protéine peut modifier la conformation d’une protéine et masquer ou démasquer son signal d’adressage ; pour les récepteurs nucléaires, la fixation d’un ligand démasque le signal nucléaire et module l’accès au noyau ainsi que la transcription.
La phosphorylation de sérines ou de thréonines dans le peptide signal ou à proximité, réalisée par des kinases, ajoute deux charges négatives par phosphate et peut augmenter ou diminuer la reconnaissance du signal ; cette modification transitoire est inversée par des phosphatases.
Pores nucléaires, translocation membranaire et vésicules : trois voies distinctes.
★ À maîtriser
Avec les mitochondries, les peroxysomes sont un site majeur d’utilisation de l’oxygène et peuvent produire du peroxyde d’hydrogène (H₂O₂).
Les réactions oxydatives peroxysomales contribuent à la détoxification de composants potentiellement dangereux comme l’éthanol et font intervenir notamment les catalases et l’urate oxydase.
Les peroxysomes réalisent la β-oxydation, une réaction de dégradation des acides gras.
Compléments
Les peroxysomes sont présents dans toutes les cellules de l’organisme.
Les peroxysomes constituent le site de la première étape de synthèse des plasmalogènes, des phospholipides abondants dans la myéline des axones.
En microscopie électronique à transmission, les peroxysomes peuvent être distingués grâce à des cristaux denses aux électrons formés par leur richesse en urate oxydase.
Le diamètre des peroxysomes est d’environ 0,1 à 1 µm.
Les peroxysomes sont des compartiments dynamiques dont le nombre et le volume dépendent de l’environnement et de l’activité enzymatique nécessaire à la cellule.
Le réseau de microtubules et ses protéines motrices participent à la distribution des peroxysomes dans le cytosol.
L’adressage des protéines transmembranaires vers le peroxysome est mal connu, tandis que l’adressage des protéines luminales nécessite la reconnaissance d’une courte séquence signal.
En microscopie à fluorescence, des anticorps primaires dirigés contre le cytosquelette de microtubules et contre des protéines peroxysomales sont détectés par des anticorps secondaires dirigés contre l’espèce de l’anticorps primaire, tandis que le noyau est contre-coloré par des agents intercalants.
★ À maîtriser
Les enzymes peroxysomales destinées à la lumière sont synthétisées dans le cytosol et portent généralement le signal PTS-1, une séquence sérine-lysine-leucine située en C-terminal ; quelques protéines possèdent un signal PTS2 en N-terminal.
La peroxine cytosolique PEX5 reconnaît le signal PTS-1, puis est reconnue par une peroxine membranaire qui agit comme récepteur et participe au système de translocation peroxysomal.
La translocation des protéines dans le peroxysome est post-traductionnelle et peut transporter des protéines repliées, y compris sous forme d’oligomères, en conservant leur conformation tridimensionnelle.
📌 Deux hypothèses sont proposées pour l’origine des peroxysomes : la croissance puis la fission de peroxysomes préexistants, ou le bourgeonnement de vésicules pré-peroxysomales à partir du réticulum endoplasmique.
Compléments
Pour l’import de la catalase, plusieurs apocatalases s’associent au fer de l’hème pour former un oligomère de quatre molécules.
L’import des protéines peroxysomales nécessite l’énergie de l’hydrolyse de l’ATP.
🔄 Le recyclage de la peroxine se déroule ainsi : la peroxine cytosolique est mono-ubiquitinylée, elle retourne dans le cytosol, elle perd son ubiquitine et redevient active
Des mutations de peroxines responsables de l’import des protéines peroxysomales peuvent provoquer le syndrome de Zellweger, maladie génétique héréditaire grave associée à des atteintes neurologiques sévères, du foie et des reins.
🔄 Selon cette hypothèse : des protéines et des lipides sont apportés depuis le cytosol, les peroxysomes préexistants croissent, ils se divisent en peroxysomes fils
Selon l’hypothèse réticulaire, des vésicules pré-peroxysomales bourgeonnent du réticulum endoplasmique sans manteau protéique cytosolique COP II, puis reçoivent des protéines et des lipides du cytosol ainsi que de la membrane du réticulum.
Les peroxysomes ne font pas partie du système endomembranaire, car ils ne communiquent pas avec les autres organites de ce système.
Environ vingt peroxines ont été identifiées chez l’humain ; elles peuvent être cytosoliques ou membranaires.
PTS-1 → peroxine cytosolique → récepteur membranaire → translocation.
| Voie | Trajet ou cible | Caractéristique |
|---|---|---|
| Pores nucléaires | Noyau et cytosol | Espaces topologiquement équivalents ; importines et exportines |
| Translocation membranaire | Mitochondrie, peroxysome, réticulum | Passage à travers une membrane |
| Transport vésiculaire | Réticulum, Golgi, destinations endomembranaires | Transport au travers du système endomembranaire |
| Signal | Position | Sort |
|---|---|---|
| Peptide terminal | Extrémité NH₂ ou C-terminale | Généralement clivé dans le compartiment cible |
| Signal mitochondrial | N-terminal, 10 à 70 acides aminés | Plutôt basique et hydrophobe ; clivé |
| Patch de signal | Séquence interne reconstituée par le repliement | Non éliminé ; exemple : NLS |
| PTS-1 | C-terminal | Sérine-lysine-leucine ; adressage peroxysomal |
| PTS2 | N-terminal | Signal peroxysomal de certaines protéines |
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1. Lorsqu’un compartiment cellulaire réunit ses molécules et machineries enzymatiques nécessaires, quel effet en résulte ?
2. À propos du repliement des protéines, cochez la (les) proposition(s) exacte(s) :
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De combien de membranes biologiques l’enveloppe nucléaire est-elle constituée ?
De deux membranes biologiques.
Que concentre la compartimentation au même moment et au même lieu ?
Les molécules et machineries enzymatiques nécessaires.
À quoi sert le repliement correct des protéines ?
Il est indispensable à leur bon fonctionnement.
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