Fiche de révision : Épidémiologie des maladies infectieuses

Plan du Cours

  1. Infection et défenses de l’hôte
  2. Relations entre germes et hôte et groupes bactériens aérobies et anaérobies
  3. Virus, parasites et champignons
  4. Antibiotiques et bon usage
  5. Autres anti-infectieux et surveillance
  6. Épidémiologie, réservoirs infectieux et transmission des agents infectieux
  7. Lieu d’acquisition des infections
  8. Infections émergentes et réémergentes
  9. Localisations des infections bactériennes
  10. Détection des agents infectieux
  11. Examens et prélèvements diagnostiques
  12. Prévention des infections

Repères chronologiques

  1. novembre 2002Le SARS-CoV a commencé à circuler en Asie.
  2. 2003La grippe aviaire A(H5N1) est apparue.
  3. 2003Une épidémie nosocomiale de Clostridium difficile 027, venue d’Amérique du Nord vers le Nord-Pas-de-Calais et liée à l’utilisation des antibiotiques, a eu lieu.
  4. 2006Une épidémie de chikungunya a eu lieu à La Réunion après introduction du virus depuis les Comores par le moustique Aedes albopictus, dont la pullulation était importante dans l’environnement tropical et urbain; des cas autochtones ont aussi été signalés en PACA et en Haute-Garonne.
  5. fin de 2019La pandémie de COVID-19 due au SARS-CoV-2, identifié en Chine, a débuté et persistait au moment du cours.

1. Infection et défenses de l’hôte

Notions clés & Définitions

  • Infection : Résultat de l’agression de l’organisme humain par un micro-organisme vivant appelé agent pathogène.

★ À maîtriser

  • Les trois protagonistes du processus infectieux sont l’hôte, le germe et l’anti-infectieux.

  • Les défenses de l’organisme comprennent : les barrières anatomiques de la peau et des muqueuses, la réaction inflammatoire, les éléments du système immunitaire

Compléments

  • Les âges et états de vie considérés pour l’hôte sont :

    • le nouveau-né
    • le nourrisson
    • l’enfant
    • l’adolescent
    • l’adulte
    • la femme enceinte
    • la personne âgée
  • Les terrains à risque mentionnés comprennent : la transplantation, les traitements immunosuppresseurs ou la chimiothérapie, la grossesse, l’usage de drogues, la migration, l’insuffisance rénale, hépatique, cardiaque ou pulmonaire, le diabète, les voyages

  • La réaction inflammatoire circonscrit le foyer infectieux et apporte des éléments cellulaires et humoraux de défense.

  • L’immunité non spécifique comprend le système du complément, les polynucléaires, les phagocytes mononucléés et les cellules NK, tandis que l’immunité spécifique comprend les immunoglobulines, les lymphocytes B et les lymphocytes T.

2. Relations entre germes et hôte et groupes bactériens aérobies et anaérobies

Notions clés & Définitions

  • Germe opportuniste : Devient pathogène lorsque la résistance à l’infection est anormale.

★ À maîtriser

📌 Un germe saprophyte vit dans la nature, sur la peau ou les muqueuses sans être pathogène, tandis qu’un germe commensal se développe aux dépens de l’hôte sans manifestation pathologique.

Compléments

  • Les grands groupes de germes sont :

    • les bactéries
    • les virus
    • les parasites
    • les champignons
  • Les bactéries aérobies citées comprennent notamment :

    • les staphylocoques
    • les streptocoques
    • Neisseria
    • Listeria
    • Corynebacterium
    • Bacillus
    • les entérobactéries
    • Pseudomonas, Burkholderia, Stenotrophomonas et Acinetobacter
    • Campylobacter, Helicobacter et Vibrio
    • Bordetella, Haemophilus, Brucella, Pasteurella et Legionella
  • Les bactéries anaérobies citées sont :

    • Clostridium
    • Peptococcus
    • Propionobacterium
    • Actinomyces
    • Prevotella
    • Gardnerella vaginalis
    • Bacteroides
    • Fusobacterium
    • Mobiluncus
  • Les autres bactéries citées comprennent :

    • les mycobactéries
    • Nocardia
    • Chlamydia
    • Mycoplasma
    • Rickettsia
    • Treponema
    • Borrelia
    • Leptospira
  • Les bactéries sont des organismes à chromosome circulaire et leur reproduction est autonome.

📌 Les bactéries peuvent être classées selon la coloration de Gram en Gram positif ou Gram négatif, et selon leur forme en cocci ou bacilles.

Astuce mémo

Saprophyte dans son milieu, commensal chez l’hôte, opportuniste quand les défenses faiblissent.

3. Virus, parasites et champignons

★ À maîtriser

  • Les virus possèdent un seul type d’acide nucléique, ARN ou ADN, et leur réplication est strictement intracellulaire.

Compléments

  • Les virus cités comprennent les Herpesviridae (HSV, VZV, CMV, EBV, HHV-6, HHV-7 et HHV-8), les virus des hépatites A, B, C, D et E, ainsi que ceux de la rougeole, de la rubéole et des oreillons.

  • Les autres virus cités comprennent : les papillomavirus, les polyomavirus BK et JC, les poxvirus, les virus des fièvres hémorragiques dont Marburg et Ebola, les arbovirus dont chikungunya et dengue, le VIH

  • Les virus associés aux sphères respiratoire, entérique, neurologique et urinaire incluent respectivement la grippe, le VRS, les rhinovirus, coronavirus et adénovirus ; les entérovirus, rotavirus et astrovirus ; JC, HSV et VZV ; et le virus BK.

  • Les protozoaires cités sont :

    • Plasmodium
    • Toxoplasma
    • Giardia
    • Trichomonas
    • Leishmania
    • Trypanosoma
  • Les helminthes cités comprennent les plathelminthes (Taenia, Echinococcus, douves et schistosomes) et les némathelminthes (ascaris, ankylostomes, anguillules, anisakis et filaires).

  • Les champignons responsables d’infections fongiques invasives cités sont les levures Candida et Cryptococcus, les champignons filamenteux Aspergillus et les zygomycètes, ainsi que le champignon dimorphique Histoplasma.

4. Antibiotiques et bon usage

★ À maîtriser

  • Les antibiotiques inhibent ou détruisent certaines espèces bactériennes.

  • Le développement de résistances aux antibiotiques rend nécessaire leur utilisation rationnelle.

📌 Lors de toute infection invasive, l’isolement et l’identification du germe doivent être complétés par un antibiogramme.

Compléments

  • Les principales familles d’antibiotiques citées sont : les bêta-lactamines, les aminosides, les cyclines, les macrolides, les kétolides, les lincosamides et les synergistines, les rifamycines, les quinolones, les polypeptides, l’acide fusidique, la fosfomycine, les glycopeptides, les lipopeptides, les oxazolidinones et les imidazolés

  • Le bon usage des antibiotiques vise la guérison avec une efficacité optimale, une bonne tolérance, des conséquences écologiques réduites et un coût acceptable pour la société.

5. Autres anti-infectieux et surveillance

★ À maîtriser

📌 Avant l’administration d’un antibiotique, il faut rechercher une allergie auprès du patient, notamment aux bêta-lactamines comme l’amoxicilline.

  • Dans le paludisme grave ou en cas de troubles digestifs, l’artésunate ou la quinine peuvent être administrés par voie intraveineuse et nécessitent une surveillance.

Compléments

  • Les anti-infectieux comprennent les antibiotiques, les antiviraux, les antiparasitaires et les antifongiques ; les anti-inflammatoires ne sont pas des anti-infectieux à utiliser pour cette prise en charge.

  • L’administration intraveineuse des antibiotiques exige de connaître les notions d’antibiotique temps-dépendant et d’antibiotique concentration-dépendant.

  • Les antiviraux anti-HSV et anti-VZV cités sont l’aciclovir et le valaciclovir, et ceux contre le CMV sont le ganciclovir, le valganciclovir et le foscarnet.

  • Les traitements antiviraux cités contre l’hépatite B sont la lamivudine, le ténofovir et l’entécavir, tandis que les traitements actuels de l’hépatite C reposent sur les antiviraux à action directe, avec une durée réduite et une moindre toxicité par rapport aux anciens traitements par ribavirine et interféron.

  • Les classes antirétrovirales citées comprennent :

    • les INRT
    • les INNRT
    • les inhibiteurs de protéase
    • les anti-intégrases
    • les inhibiteurs de fusion
    • les anti-CCR5
    • les inhibiteurs de capside
  • L’observance et l’éducation thérapeutique, notamment par des programmes d’ETP, sont importantes dans le traitement antirétroviral.

  • Les traitements antipaludiques oraux cités sont l’atovaquone-proguanil, l’artéméther-luméfantrine et la dihydroartémisinine-pipéraquine, dont les prises doivent respecter des horaires précis pour la plupart.

  • Les antifongiques cités comprennent :

    • l’amphotéricine B liposomale
    • le voriconazole
    • la caspofungine
    • le posaconazole

6. Épidémiologie, réservoirs infectieux et transmission des agents infectieux

Notions clés & Définitions

  • Épidémiologie : Étude de la fréquence et de la répartition des maladies et des états de santé, des facteurs qui les déterminent et des résultats des interventions visant à lutter contre les maladies et à améliorer les états de santé.

★ À maîtriser

📌 Une infection endogène provient des germes propres au patient, tandis qu’une infection exogène provient de germes extérieurs à celui-ci.

📌 La transmission directe se fait de personne à personne, tandis que la transmission indirecte passe par un intermédiaire inerte ou animé.

  • La transmission verticale de la mère à l’enfant peut survenir : par voie transplacentaire à différents moments de la grossesse, lors de l’accouchement, pendant l’allaitement

Compléments

  • Chez un patient immunodéprimé avec une baisse des polynucléaires neutrophiles, une bactériémie digestive à Escherichia coli illustre une infection endogène.

  • Une infection à Staphylococcus aureus provenant d’un soignant ou d’un visiteur et se greffant sur un cathéter illustre une infection exogène.

  • La transmission aéroportée peut atteindre plusieurs mètres et concerne notamment la tuberculose et la grippe.

  • La transmission par gouttelettes de salive se produit à moins d’un mètre de la personne source et concerne notamment les méningites bactériennes.

  • La transmission manuportée concerne les infections entériques à transmission féco-orale ainsi que la transmission des bactéries multirésistantes (BMR) et hautement résistantes (BHR) en milieu hospitalier.

  • La transmission sexuelle concerne notamment la syphilis, l’urétrite, le VIH et le VHB.

  • La transmission sanguine concerne notamment le VIH, le VHB, le VHC et le CMV lors d’une transfusion ou surtout d’une exposition professionnelle.

  • L’eau et les aliments contaminés peuvent transmettre des agents entériques d’origine humaine, notamment les salmonelles, les shigelles, le choléra et la poliomyélite. Les légionelles sont des bactéries environnementales transmises principalement par inhalation d’aérosols d’eau contaminée.

  • Les arthropodes vecteurs comprennent : les moustiques (paludisme, fièvre jaune, dengue et chikungunya), les mouches (trypanosomiase), les tiques (maladie de Lyme)

  • La rubéole, la syphilis, la toxoplasmose, le VIH et l’hépatite B peuvent être transmis verticalement.

Astuce mémo

Directe entre personnes ; indirecte par un intermédiaire.

7. Lieu d’acquisition des infections

Notions clés & Définitions

  • Infection associée aux soins : Infection qui survient au cours ou au décours de la prise en charge d’un patient.
  • Infection nosocomiale : Infection qui survient au cours ou au décours d’une hospitalisation et constitue une infection associée aux soins.

★ À maîtriser

📌 La plupart des infections communautaires sont acquises en dehors des lieux de soins.

Compléments

  • Les infections opportunistes citées chez l’immunodéprimé sont :
    • l’aspergillose
    • le CMV
    • la pneumocystose
    • la toxoplasmose
    • la LEMP

8. Infections émergentes et réémergentes

Notions clés & Définitions

  • Infection émergente : Entité clinique infectieuse nouvellement identifiée ou pathologie infectieuse connue dont l’incidence a augmenté dans un lieu ou un groupe de population donné.

★ À maîtriser

  • Les déterminants des maladies infectieuses émergentes relèvent : de l’apparition ou de la modification de l’agent infectieux, de l’environnement climatique ou du système de santé, de l’hôte, notamment sa susceptibilité aux infections et ses relations sociales

Compléments

  • Le VIH est cité comme infection émergente dans les années 1980 ; aucun patient zéro n’est identifié. L’ancêtre commun du groupe M du VIH-1 est estimé vers 1910 à Kinshasa.

  • Le MERS-CoV a été signalé dans la péninsule arabique en 2012, a connu une recrudescence en 2014 et 2015, une décroissance en 2016, puis une reprise en 2017 et 2018 et une persistance à bas bruit.

  • Les infections réémergentes citées comprennent : la tuberculose dans certaines populations, notamment en lien avec le VIH et l’immigration, la peste à Madagascar, le choléra en Haïti, au Yémen et en Algérie

  • La dengue connaît une extension géographique récente et des cas autochtones; elle est associée au moustique Aedes et aux zones intertropicales.

  • L’épidémie d’Ebola de 2014 a touché la Guinée-Conakry, le Liberia et la Sierra Leone; d’autres foyers ont été signalés en République démocratique du Congo, notamment dans la région de l’Équateur, au Nord-Kivu et en Guinée.

  • Le virus Zika est une arbovirose due à un flavivirus transmis par des moustiques Aedes et le plus souvent asymptomatique; son extension est partie de Polynésie vers l’Amérique latine, notamment le Brésil, les Antilles-Guyane, puis Singapour et Miami.

  • L’infection par le virus Zika pendant le premier trimestre de grossesse comporte un risque de microcéphalie chez l’enfant de 1 %; le cours signale également un lien avec le syndrome de Guillain-Barré.

  • Le virus West Nile peut provoquer une fièvre ou évoluer jusqu’à une encéphalite et s’est étendu d’Asie aux États-Unis puis à l’Europe; des cas autochtones ont été signalés dans le sud de la France en 2003 et en 2018.

Astuce mémo

Modification de l’agent, de l’environnement ou de l’hôte → émergence.

9. Localisations des infections bactériennes

★ À maîtriser

  • Les bactériémies correspondent à des infections généralisées, tandis que les infections localisées touchent une porte d’entrée ou un site secondaire.

Compléments

  • Les localisations bactériennes citées comprennent : l’endocardite et la péricardite en cardiologie, la bronchite et la pneumonie en pneumologie, les infections de l’immunodéprimé en hématologie

  • Les localisations bactériennes citées comprennent : les infections urinaires et la prostatite en uro-néphrologie, les méningites et méningo-encéphalites en neurologie, les angines, sinusites et otites en ORL

  • Les localisations bactériennes citées comprennent : les abcès dentaires en stomatologie, les hépatites et infections du tube digestif en hépato-gastro-entérologie, les infections génitales, les IST et les infections liées à la grossesse en gynéco-obstétrique

  • Les localisations bactériennes citées comprennent l’arthrite et l’ostéite en rhumatologie, ainsi que les dermo-hypodermites, la varicelle et le zona en dermatologie.

10. Détection des agents infectieux

★ À maîtriser

📌 Le diagnostic direct met en évidence l’agent infectieux ou ses antigènes ou son génome, tandis que le diagnostic indirect recherche des anticorps dirigés contre l’agent infectieux.

  • Le sérodiagnostic met en évidence des anticorps dirigés contre l’agent infectieux, notamment des IgM ou une ascension des IgG entre deux prélèvements espacés de 15 jours.

Compléments

  • Le diagnostic direct des bactéries peut associer examen direct avec ou sans coloration, notamment Gram, culture et antibiogramme.

  • Le diagnostic direct peut utiliser l’immunofluorescence directe ou indirecte et, pour les virus, l’observation d’un effet cytopathogène sur cultures cellulaires.

  • La mise en évidence directe d’antigènes ou du génome peut recourir à la recherche d’antigènes solubles et aux techniques de biologie moléculaire, dont la PCR.

  • Le sérodiagnostic est particulièrement utile pour les infections virales, notamment la rubéole, le CMV, l’EBV, le VIH et les hépatites, ainsi que pour certaines infections bactériennes comme la syphilis; son intérêt est limité pour les infections parasitaires et fongiques, sauf la toxoplasmose.

Astuce mémo

Direct : agent ou antigène ; indirect : anticorps.

11. Examens et prélèvements diagnostiques

★ À maîtriser

  • La stratégie des examens complémentaires est orientée par la clinique, commence par des examens d’orientation et comprend des prélèvements à visée étiologique.

📌 Les prélèvements doivent être réalisés dans des conditions optimales d’asepsie, avant tout traitement antimicrobien, puis acheminés rapidement au laboratoire.

Compléments

📌 Des prélèvements diagnostiques larges sont recommandés lors de tout acte invasif, avec une stratégie adaptée aux prélèvements à visée étiologique.

  • Les prélèvements sanguins comprennent : les hémocultures, les frottis sanguins, les techniques de concentration comme la goutte épaisse

  • Les examens urinaires comprennent la bandelette urinaire (BU) et l’examen cytobactériologique des urines (ECBU).

  • Les examens des selles comprennent : la coproculture, l’examen parasitologique des selles, la recherche de la toxine de Clostridium difficile

  • Les prélèvements broncho-pulmonaires comprennent : l’examen cytobactériologique des crachats (ECBC), l’aspiration endotrachéale, la recherche de BAAR dans les crachats ou les tubages gastriques, le brossage bronchique protégé, le lavage broncho-alvéolaire (LBA)

  • Les autres prélèvements cités comprennent : le liquide céphalo-rachidien, le pus et les liquides d’épanchement comme le liquide pleural ou l’ascite, les prélèvements osseux, les prélèvements cutanés et des phanères, les sécrétions génitales, l’examen de moelle osseuse, la biopsie tissulaire

12. Prévention des infections

Notions clés & Définitions

  • Prévention des infections : Ensemble des mesures non spécifiques destinées à prévenir la transmission d’agents pathogènes entre individus.

★ À maîtriser

  • La prévention des infections associées aux soins repose notamment sur les précautions standard et les frictions hydro-alcooliques.

Compléments

  • Les recommandations générales de prévention en milieu de soins sont établies par les autorités sanitaires.

  • Cinq centres interrégionaux de coordination de la lutte contre les infections nosocomiales, les CPias, coordonnent la prévention des infections associées aux soins.

  • Dans chaque groupe hospitalier, la lutte contre les infections nosocomiales est organisée et l’Équipe Opérationnelle d’Hygiène Hospitalière (EOHH) de chaque hôpital diffuse les mesures préventives, surveille les infections nosocomiales et veille à l’application des recommandations.

  • La prévention vaccinale comprend :

    • le calendrier vaccinal
    • les recommandations vaccinales particulières
    • les vaccinations en milieu professionnel

Teste tes connaissances

Teste tes connaissances sur Épidémiologie des maladies infectieuses avec 26 questions à choix multiples et corrections détaillées.

1. Que désigne la prévention des infections dans le contexte de la transmission entre individus ?

2. Dans un service, des résistances aux antibiotiques se développent. Quelle conséquence cela implique-t-il pour leur prescription ?

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Révisez avec les flashcards

Mémorisez les concepts clés de Épidémiologie des maladies infectieuses avec 93 flashcards interactives.

Qu’est-ce qu’une infection ?

L’agression de l’organisme humain par un micro-organisme vivant appelé agent pathogène.

Quels sont les trois protagonistes du processus infectieux ?

L’hôte, le germe et l’anti-infectieux.

Quelles sont les trois catégories de défenses de l’organisme ?

Les barrières anatomiques, la réaction inflammatoire et les éléments du système immunitaire.

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