Fiche de révision : Microbiote oral et dentaire

📋 Plan du Cours

1. Définition et fonctions du microbiote
2. Historique et organisation générale
3. Composition du microbiote oral
4. Méthodes d’étude du microbiote
5. Niches et biogéographie buccales
6. Développement et diversité microbienne
7. Biofilm et sélection écologique
8. Interactions avec l’hôte
9. Dysbioses bucco-dentaires
10. Effets systémiques et pathobiontes

📖 1. Définition et fonctions du microbiote

🔑 Notions clés & Définitions

• Microbiote buccal : Communauté de micro-organismes occupant l’habitat de la cavité buccale.
• Microbiote : Berg, Article consensus, 2020 — Écosystème constitué d’une communauté microbienne caractéristique, d’un habitat défini et de l’activité métabolique produisant des métabolites.

📝 Points essentiels

📌 Les infections bucco-dentaires sont généralement polymicrobiennes, ce qui justifie principalement l’emploi d’antibiotiques à spectre large en odontologie.

💡 Astuce mémo

MHA : micro-organismes, habitat, activité

📖 2. Historique et organisation générale

★ À maîtriser

📌 Le microbiote est organisé selon des niches et exerce des effets locaux dans la bouche ainsi que des effets systémiques dans l’ensemble de l’organisme.

Compléments

• Dans les années 1670, Antonie van Leeuwenhoek a observé pour la première fois le microbiote en examinant sa plaque dentaire après trois jours sans brossage.

• Le Human Microbiome Project, lancé dans les années 2010, a contribué aux premières études du microbiote intestinal.

📖 3. Composition du microbiote oral

★ À maîtriser

• Les bactéries représentent au moins 80 % de la biomasse du microbiote bucco-dentaire.

📌 Les procaryotes, qui comprennent les bactéries et les archées, sont dépourvus de noyau, tandis que les eucaryotes possèdent un vrai noyau.

Compléments

• Les éléments acellulaires comprennent:
  • les virus
  • les bactériophages
  • les plasmides
  • les transposons

💡 Astuce mémo

P-E-A : procaryotes, eucaryotes, acellulaires

📖 4. Méthodes d’étude du microbiote

🔑 Notions clés & Définitions

• Métagénomique ciblée : Séquence le gène bactérien de l’ARN ribosomique 16S afin d’identifier les taxons présents et leur abondance relative.

📝 Points essentiels

• 🔄 La culture suit plusieurs étapes:
  1. déposer l’échantillon sur un milieu nutritif
  2. incuber le milieu
  3. identifier les micro-organismes qui poussent

📌 La métagénomique shotgun révèle les capacités fonctionnelles potentielles grâce à l’ADN total, tandis que la métatranscriptomique mesure les gènes activement exprimés grâce à l’ARN messager.

💡 Astuce mémo

ADN = potentiel, ARN messager = activité réelle

📖 5. Niches et biogéographie buccales

🔑 Notions clés & Définitions

• Compartimentalisation : Fait que chaque niche anatomique et histologique possède une signature microbienne spécifique.

★ À maîtriser

• Les principales niches écologiques buccales sont:
  • la muqueuse buccale
  • la face dorsale de la langue
  • la plaque supra-gingivale
  • la plaque sous-gingivale

Compléments

• La microscopie FISH utilise des sondes d’ADN fluorescentes complémentaires de séquences bactériennes pour cartographier la position des taxons dans les niches buccales.

💡 Astuce mémo

Une bouche organisée en territoires microbiens distincts

📖 6. Développement et diversité microbienne

📝 Points essentiels

• Le microbiote oral se diversifie progressivement de la naissance à l’âge adulte, avec l’apparition successive de pionniers, de nouvelles espèces lors de l’éruption dentaire, puis de bactéries anaérobies à la puberté.

• À l’âge adulte, le microbiote oral comprend plus de 600 à 1 200 taxons.

• Les quatre phylums prédominants sont:

  • les Bacillota
  • les Bacteroidota
  • les Pseudomonadota
  • les Actinomycetota

💡 Astuce mémo

Naissance → 3 mois → 6 mois → dents → puberté → adulte

📖 7. Biofilm et sélection écologique

🔑 Notions clés & Définitions

• Biofilm : Communauté bactérienne structurée dans une matrice extracellulaire principalement composée de saccharides, comme la plaque dentaire.
• Quorum sensing : Système de communication par lequel les bactéries prennent des décisions collectives selon leur densité.

📝 Points essentiels

• 🔄 La formation d’un biofilm suit quatre étapes:
  1. l’état planctonique
  2. l’adhésion au support
  3. la multiplication et la sécrétion de matrice
  4. la dispersion

📌 Une bactérie planctonique est libre et vulnérable, tandis qu’une bactérie incluse dans un biofilm est fixée, organisée et fortement résistante aux antibiotiques.

💡 Astuce mémo

Libre → adhésion → maturation → dispersion

📖 8. Interactions avec l’hôte

★ À maîtriser

• Les bactéries buccales adhèrent principalement à la dent, à l’épithélium kératinisé et à l’épithélium non kératinisé.

• La muqueuse buccale se renouvelle environ toutes les 3 heures, ce qui empêche la formation d’un biofilm épais et entraîne les bactéries dans la desquamation.

Compléments

📌 La coaggrégation est une interaction de bactérie à bactérie, tandis que la coadhésion relie une bactérie à une bactérie déjà attachée au substrat.

• Les bactéries peuvent exploiter la mucine et les produits du métabolisme d’autres bactéries, formant ainsi des toiles trophiques au sein du microbiote.

💡 Astuce mémo

Flux, immunité et desquamation → sélection et renouvellement du biofilm

📖 9. Dysbioses bucco-dentaires

🔑 Notions clés & Définitions

• Dysbiose : Dérèglement de l’équilibre du microbiote, associé notamment aux caries et aux parodontites.

★ À maîtriser

• Dans le modèle du hérisson, Corynebacterium adhère à la dent, puis les bactéries périphériques consomment l’oxygène, créent une zone anoxique et permettent l’installation de bactéries plus anaérobies.

• Streptococcus mutans est acidogène et acidurique : en présence de saccharose, il produit des acides et contribue à abaisser le pH sous 5,5, seuil de déminéralisation de la dent.

📌 La parodontite résulte d’une dysbiose polymicrobienne, tandis que l’hypothèse d’un pathogène unique ne suffit pas à expliquer la maladie.

Compléments

• Les principales architectures sont:
  • les épis de maïs
  • les hérissons
  • les choux-fleurs

💡 Astuce mémo

Biofilm sain ≠ biofilm cariogène ou parodontal

📖 10. Effets systémiques et pathobiontes

🔑 Notions clés & Définitions

• Synergie polymicrobienne : Interaction entre des pathogènes clés et des copathogènes nécessaires au déclenchement ou à l’entretien d’une maladie.

★ À maîtriser

• Le complexe rouge comprend:

  • Porphyromonas gingivalis
  • Treponema denticola
  • Tannerella forsythia

• Le microbiote oral sain peut produire du monoxyde d’azote à partir des nitrates et des nitrites, ce qui contribue à la vasodilatation et au maintien d’une tension artérielle normale.

Compléments

• Les effets ou associations systémiques comprennent:
  • les endocardites infectieuses
  • les maladies cardiovasculaires
  • la pneumonie d’inhalation
  • certaines maladies inflammatoires du côlon
  • la maladie d’Alzheimer
  • l’arthrite rhumatoïde

📊 Tableaux de synthèse

Méthodes moléculaires du microbiote