Qu’est-ce que le phage display ?
Une technique présentant des peptides ou des protéines à la surface d’un phage filamenteux.
Quelle séquence est insérée dans le génome lors de la construction d’un phage display ?
La séquence codant la molécule d’intérêt, fusionnée à celle d’une protéine de surface.
Dans le phage display, qu’est-ce qui constitue le phénotype ?
La protéine présentée à la surface du phage.
Dans le phage display, qu’est-ce qui constitue le génotype ?
La séquence qui code la protéine dans le génome phagique.
Quel est l’objectif du phage display ?
Sélectionner les phages dont la molécule présentée interagit avec une cible choisie.
Qu’est-ce qu’un bactériophage ?
Un virus qui infecte uniquement les bactéries et ne se multiplie qu’en infectant une bactérie hôte.
Comment le phage M13 quitte-t-il sa bactérie hôte ?
Il en sort sans la tuer.
Quel effet le phage λ provoque-t-il sur sa bactérie hôte ?
Il provoque sa lyse.
Quelle est la nature du génome du phage M13 ?
Un ADN circulaire simple brin positif de 6,4 kb.
Quelles étapes composent le cycle infectieux du phage M13 ?
L’entrée, la multiplication, puis l’assemblage et la sortie.
À quelle bactérie M13 se fixe-t-il, et par quelle structure ?
À une bactérie mâle F+, par son pilus sexuel.
Comment les enzymes bactériennes transforment-elles l’ADN injecté par M13 ?
En ADN double brin appelé forme réplicative, constitué de brins positif et négatif complémentaires.
Quel rôle joue PII dans la réplication en cercle roulant de M13 ?
PII coupe le brin positif et fournit une extrémité 3’OH servant d’amorce.
Comment les protéines de capside s’insèrent-elles dans la membrane bactérienne ?
Grâce à leur peptide signal.
Par quel pore le phage M13 sort-il de la bactérie ?
Par le pore PIV.
Quelles protéines de capside servent à présenter un peptide en phage display ?
PIII ou PVIII.
Combien d’acides aminés PIII comprend-elle ?
406 acides aminés.
Combien de copies de PIII sont présentes par phage ?
3 à 5 copies.
Combien de copies de PVIII sont présentes par phage ?
2 700 copies.
Qu’est-ce qui distingue un phage homogène d’un phage hétérogène en phage display ?
Le phage homogène fusionne toutes ses protéines de capside, le phage hétérogène seulement une partie.
Comment construit-on une banque de peptides dans le génome phagique ?
On y clone des oligonucléotides synthétiques aléatoires fusionnés à pIII ou pVIII.
Combien de séquences de longueur n sont possibles avec 20 acides aminés ?
séquences.
Quels domaines composent un ScFv d’environ 30 kDa ?
Les domaines VH et VL.
Quelles différences distinguent les banques naïves des banques immunisées ?
Les banques naïves sont grandes et contiennent des anticorps de faible à moyenne affinité, tandis que les banques immunisées sont plus petites et contiennent des anticorps de plus haute affinité.
Quelles sont les étapes du biopanning d’une banque de phages ?
Contact avec une cible immobilisée, lavage, élution, puis réamplification bactérienne.
Comment séquencer la région présentée par un phage sélectionné ?
Individualiser les phages par infection bactérienne, extraire l’ADN de chaque clone, puis séquencer la région codante.
Pourquoi caractériser les phages sélectionnés après une sélection ?
Leur fixation non spécifique aux surfaces peut produire des faux positifs.
Que révèle l’absence de déplacement du peptide dans un test d’inhibition ?
Un faux positif.
Que doit faire l’antigène libre dans un test d’inhibition pour confirmer une liaison spécifique ?
Déplacer le peptide présenté par le phage.
Sur quels systèmes reposent le ribosome display et le mRNA display ?
Ce sont des systèmes de présentation entièrement in vitro, sans phage.
Qu’est-ce qui empêche la dissociation du ribosome en ribosome display ?
La séquence SecM remplaçant le codon stop.
Que fait-on de l’ARNm après élution des complexes en ribosome display ?
On le récupère, le rétrotranscrit par RT-PCR, puis le séquence.
Où la puromycine se lie-t-elle en mRNA display ?
Elle entre dans le site A du ribosome et se lie à la protéine nouvellement synthétisée.
Comment identifie-t-on la protéine présentée en mRNA display ?
On récupère l’ARNm après élution, puis on l’amplifie par RT-PCR et on le séquence.
Quand un peptide identifié correspond-il à un épitope continu ?
Quand sa séquence est identique ou très proche de celle de l’antigène ayant induit l’anticorps.
Qu’est-ce qu’un mimotope ?
Un peptide sans homologie de séquence avec l’antigène, auquel l’anticorps se lie parce qu’il mime l’épitope.
À quel type d’épitope un mimotope correspond-il ?
À un équivalent linéaire d’un épitope conformationnel.
Que sélectionne une banque de phages d’anticorps face à un antigène choisi ?
Les phages présentant un fragment d’anticorps capable de reconnaître cet antigène.
Qui a mis au point le phage display, et en quelle année ?
George Smith, en 1985.
Que devient la protéine de fusion lors de la multiplication du phage ?
Elle est exprimée et incorporée dans les nouveaux phages.
Quelle diversité une banque de phages peut-elle atteindre ?
De l’ordre de .
Quels phages le phage display utilise-t-il notamment ?
Des phages infectant des bactéries Gram négatif, notamment Escherichia coli.
Quelle part des applications du phage display utilise le phage M13 ?
90 %.
Quelles sont les dimensions du phage M13 ?
900 nm de longueur et 6 nm de diamètre.
Combien de protéines de capside les gènes de M13 codent-ils ?
Cinq protéines.
Combien de copies de la forme réplicative de M13 une bactérie peut-elle contenir ?
Jusqu’à 100 à 200 copies.
Qu’oriente la protéine PV lorsqu’elle est suffisamment abondante ?
Les brins positifs simples vers l’assemblage.
Pourquoi le faible nombre de copies de PIII favorise-t-il la sélection de ligands à forte affinité ?
Il limite l’avidité.
Pourquoi une grosse protéine est-elle rarement fusionnée à PIII ?
La fusion risque d’interférer avec l’infection bactérienne.
Quel effet le grand nombre de copies de PVIII peut-il avoir sur l’affinité des ligands sélectionnés ?
Il peut conduire à sélectionner des ligands de plus faible affinité.
Quelles bases représentent N et K dans un codon NNK ?
N représente l’un des quatre nucléotides et K représente G ou T.
Quelle contrainte s’applique à la longueur des peptides présentés avec PVIII ?
Elle est limitée pour éviter l’encombrement stérique.
Quelles molécules établissent les ponts disulfure des peptides contraints ?
Les cystéines.
Comment les séquences VH et VL des lymphocytes B sont-elles intégrées à une banque d’anticorps ?
Elles sont amplifiées par PCR puis clonées dans le génome du phage.
Comment identifier l’épitope reconnu par un anticorps avec une banque de peptides ?
Immobiliser l’anticorps et sélectionner les phages qui s’y lient.
Combien de tours comporte généralement la sélection de phages ?
Trois à quatre tours.
Comment un test ELISA révèle-t-il l’interaction entre un phage isolé et un anticorps cible ?
Un anticorps anti-M13 couplé à une peroxydase révèle l’interaction.
Quel rôle joue le peptide codé par le linker en ribosome display ?
Il déporte la protéine nouvellement synthétisée à l’extérieur du ribosome, où elle est accessible à un partenaire d’interaction.
Comment la banque d’ADN est-elle exprimée en ribosome display ?
Elle est transcrite in vitro en ARNm, puis traduite in vitro dans un lysat cellulaire contenant des ribosomes.
Quels éléments composent le complexe sélectionné en mRNA display ?
L’ARNm, l’ADN linker, la puromycine et la protéine nouvellement synthétisée.
Quelles cibles peut-on utiliser avec une banque de peptides ?
Un anticorps, une protéine, de l’ADN, une cellule entière ou un sérum de patients malades.
À quelle méthode animale le phage display de banques d’anticorps offre-t-il une alternative ?
À la technique des hybridomes de souris.
Quels anticorps une banque construite à partir de donneurs humains permet-elle de sélectionner ?
Des anticorps monoclonaux entièrement humains.
Dans quels domaines les anticorps humains issus de banques présentent-ils un intérêt thérapeutique ?
En cancérologie et dans les maladies inflammatoires chroniques.
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1. Quelle technique présente des peptides ou des protéines à la surface d’un phage filamenteux ?
2. Une équipe veut faire afficher une protéine donnée par un phage. Quelle modification génétique doit-elle réaliser ?
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