QCM : Photohétérotrophes et alignements — 17 questions

Explication

L’océan ouvert désigne les régions situées au-delà des plateaux continentaux, dont les gyres subtropicaux. Les zones côtières des plateaux continentaux appartiennent plutôt aux environnements néritiques.

Explication

Dans l’océan ouvert oligotrophe, la production régénérée représente environ 90 % de la production et repose notamment sur le picoplancton. La production nouvelle ne constitue donc pas la fraction indiquée.

Explication

Les photohétérotrophes captent l’énergie lumineuse, mais utilisent des composés organiques pour leur carbone et leur énergie métabolique. Les photoautotrophes, à l’inverse, construisent principalement leur biomasse à partir de molécules inorganiques.

Explication

Les deux groupes utilisent la lumière comme source d’énergie, mais diffèrent par la nature du carbone incorporé dans leur biomasse. Les photoautotrophes privilégient les molécules inorganiques, alors que les photohétérotrophes privilégient les molécules organiques.

Explication

La photosynthèse des phototrophes oxygéniques produit du dioxygène moléculaire, tandis que celle des phototrophes anoxygéniques n’en produit pas. Les deux catégories utilisent cependant l’énergie lumineuse.

Explication

Les trois catégories sont les cyanobactéries, les microorganismes contenant des protéorhodopsines et les phototrophes aérobies anoxygéniques. Les AAP correspondent donc à des phototrophes aérobies anoxygéniques, et non anaérobies.

Explication

Synechococcus et Prochlorococcus sont des cyanobactéries contenant des chlorophylles et majoritairement photoautotrophes. SAR11, les Archées, Roseobacter et SAR86 appartiennent plutôt au bactérioplancton.

Explication

Le DMSP fournit principalement du soufre réduit, tandis que l’urée fournit principalement de l’azote réduit à ces cyanobactéries. L’inversion de ces rôles constitue la confusion la plus fréquente entre les deux composés.

Explication

L’absorption de leucine et de thymidine par des autotrophes peut être confondue avec une production hétérotrophe, d’où la réalisation des mesures dans l’obscurité. Une comparaison simple entre lumière et obscurité ne permet donc pas d’isoler l’effet lumineux sur l’ensemble des photohétérotrophes.

Explication

Beja et al. ont découvert les protéorhodopsines en 2000 à partir d’une banque génomique BAC provenant de la baie de Monterey. Les autres chercheurs proposés sont associés à d’autres travaux de génomique ou de microbiologie marine, mais pas à cette découverte précise.

Explication

Chez Dokdonia, les rendements semblent surtout dépendre de l’état global de stress des cellules, avec certaines réponses particulières. L’hypothèse d’un contrôle principalement nutritionnel par la limitation en substrat ne rend donc pas compte de l’ensemble des observations.

Explication

L’homologie est une conclusion qualitative et binaire fondée sur une origine évolutive commune, tandis que la similarité quantifie le degré de correspondance entre séquences. Une forte similarité peut soutenir une hypothèse d’homologie, mais elle ne se confond pas avec cette conclusion.

Explication

La similarité, aussi appelée identité, est une mesure quantitative du degré de correspondance entre deux séquences. L’origine évolutive commune relève de l’homologie, qui constitue une conclusion qualitative et binaire plutôt qu’une mesure de correspondance.

Explication

Un alignement local recherche une correspondance dans une région d’un gène ou d’une protéine, alors qu’un alignement global compare l’ensemble des séquences. La distinction porte donc sur l’étendue comparée et non directement sur l’espèce ou la fonction.

Explication

Le score global est obtenu en additionnant les scores individuels associés aux paires d’acides aminés ou de nucléotides. Une simple observation visuelle des correspondances ne fournit pas ce calcul quantitatif.

Explication

Dans l’exemple blastn, les positions identiques reçoivent une contribution de +5, tandis que les positions différentes reçoivent une contribution de −4. L’inversion de ces valeurs modifierait le barème utilisé dans cet exemple.

Explication

BLAST emploie une approche heuristique qui repère des correspondances candidates, produit des alignements locaux, puis évalue leurs scores. Un alignement intégral de toutes les séquences serait une stratégie différente et moins rapide.