Où se situent les facteurs cis dans la régulation génétique ?
Dans l’ADN.
Quelle est la nature des facteurs trans en régulation génétique ?
Des protéines qui interagissent avec les éléments cis.
Que reconnaissent les facteurs de transcription sur l’ADN ?
Des motifs courts de 6 à 12 paires de bases.
Que produisent les programmes d’expression propres aux types cellulaires ?
Des signatures transcriptomiques et des protéomes adaptés.
Où se trouvent les promoteurs actifs par rapport aux nucléosomes ?
Dans des régions déplétées en nucléosomes, flanquées des nucléosomes −1 et +1.
Comment appelle-t-on les régions déplétées en nucléosomes des promoteurs actifs ?
Des régions NDR.
Que coupe la DNase I dans la chromatine ?
L’ADN accessible.
Comment apparaissent les régions sans nucléosomes après traitement à la DNase I ?
Comme des sites hypersensibles à la DNase I, ou DHS.
Quel rôle le promoteur central joue-t-il dans l’initiation de la transcription ?
Il permet l’assemblage du complexe de pré-initiation et guide l’initiation à une position et à un niveau définis.
Quelle fenêtre caractérise les TSS de la transcription focalisée ?
Un TSS prédominant ou un groupe de TSS dans une fenêtre d’au plus 5 nucléotides.
Sur quelle région les TSS faibles de la transcription dispersée sont-ils répartis ?
Sur une région de 50 à 100 nucléotides.
Où se situe généralement la boîte TATA par rapport au TSS ?
À environ 30 paires de bases en amont.
Quelle protéine reconnaît la boîte TATA au sein de TFIID ?
TBP.
Dans quel sens un promoteur unidirectionnel transcrit-il un gène ?
Dans une seule direction.
Que transcrit un promoteur divergent en amont du gène ?
Un ARN antisens court.
Quelle transcription accompagne l’ARN antisens d’un promoteur divergent ?
La transcription du gène dans le sens attendu.
À quelle distance maximale les TSS de deux gènes peuvent-ils être séparés pour un promoteur bidirectionnel ?
À moins de 1 000 paires de bases.
Quels transcrits un promoteur bidirectionnel produit-il ?
Deux transcrits de pleine longueur et stables.
Qu’est-ce qu’un enhancer ?
Un élément d’ADN qui active la transcription.
Quelle longueur un enhancer mesure-t-il généralement ?
De 100 à 300 paires de bases.
De quels paramètres l’action transcriptionnelle d’un enhancer est-elle indépendante ?
De son orientation et de sa distance au gène cible.
Comment un insulator protège-t-il les promoteurs ?
En séparant les éléments régulateurs dans des domaines distincts.
Qu’est-ce qu’un TAD ?
Un domaine chromosomique où les éléments régulateurs interagissent fortement et où les gènes partagent un même environnement moléculaire.
Comment la cohésine forme-t-elle une boucle lors de la formation des TADs ?
Elle extrude la boucle en tirant les nucléosomes jusqu’à des facteurs CTCF convergents aux frontières.
De quoi les LCR sont-ils composés ?
De plusieurs sites hypersensibles réunis dans un élément régulateur composite.
Quel effet les sites hypersensibles des LCR produisent-ils ensemble ?
Une forte expression des gènes cibles.
Que désigne le CTD de Rpb1 ?
Sa queue C-terminale.
Combien de répétitions de l’heptapeptide YSPTSPS le CTD mammifère comporte-t-il ?
52 répétitions.
Quel est l’ordre de recrutement des facteurs dans l’assemblage du complexe de pré-initiation ?
TFIID/TFIIA, TFIIB, Pol II/TFIIF, TFIIE, puis TFIIH.
Quelle enzyme phosphoryle Ser5 du CTD ?
CDK7 de TFIIH.
Quel effet la phosphorylation de Ser5 du CTD a-t-elle sur Pol II ?
Elle facilite sa dissociation du promoteur et le recrutement des enzymes de coiffage.
À quelle distance du TSS survient généralement la pause de Pol II ?
Entre 30 et 100 nucléotides en aval du TSS.
Quelles sont les deux issues possibles de la pause de Pol II ?
Une terminaison prématurée ou une reprise de l’élongation.
Comment P-TEFb lève-t-il la pause de Pol II ?
CDK9 phosphoryle NELF et Spt5, ce qui dissocie NELF et permet à DSIF de stimuler l’élongation.
Quelles sont les étapes de maturation de l’ARN à la terminaison ?
CPA reconnaît le PAS et clive l’ARN, puis la poly(A) polymérase ajoute des adénosines.
Quel est le rôle de la ChIP dans l’étude des interactions ADN-protéine ?
Elle identifie les régions génomiques liées par une protéine d’intérêt.
Quelles étapes suivent la fixation des interactions ADN-protéine en ChIP ?
La lyse cellulaire, puis la fragmentation de la chromatine.
Quelle étape suit la fragmentation de la chromatine en ChIP ?
L’immunoprécipitation.
Quelles étapes suivent l’immunoprécipitation en ChIP ?
Le lavage, l’élution des complexes, la purification de l’ADN et son analyse.
Que cible l’analyse par ChIP-PCR ou ChIP-qPCR ?
Des régions génomiques ciblées.
Que cartographie la ChIP-seq ?
Les sites associés à la protéine d’intérêt à l’échelle du génome.
De quoi est constituée la coiffe du pré-ARNm ?
D’une guanosine 7-méthylée.
Quel type de liaison relie la coiffe à l’extrémité 5′ du pré-ARNm ?
Une liaison triphosphate 5′-5′.
Quelle est la première étape de formation de la coiffe du pré-ARNm ?
L’excision d’un phosphate à l’extrémité 5′.
Que transfère-t-on sur l’extrémité diphosphorylée lors de la formation de la coiffe ?
Un GMP.
Quelles méthylations achèvent la formation de la coiffe du pré-ARNm ?
La méthylation de la guanosine en N7 et des deux premiers riboses en 2′-O.
Quel effet la coiffe a-t-elle sur la dégradation de l’ARNm ?
Elle protège l’ARNm de la dégradation.
Quel facteur d’initiation de la traduction est recruté grâce à la coiffe ?
eIF4E.
Qu’est-ce que l’épissage des pré-ARNm ?
L’excision des introns, suivie de la liaison des exons restants.
Quels éléments définissent les introns ?
Le site d’épissage 5′, le point de branchement et le site d’épissage 3′.
Quel motif caractérise le site 3′ d’épissage humain ?
Un motif YAG précédé d’une étendue polypyrimidique.
Comment se déroulent les deux réactions de l’épissage des pré-ARNm ?
L’adénosine du point de branchement forme un intron en lasso, puis l’extrémité 3′ de l’exon relie les deux exons.
Quels composants constituent le spliceosome ?
Les snRNP U1, U2, U4, U5 et U6, ainsi qu’environ 100 protéines.
Que reconnaissent U1 et U2 lors de la formation du complexe A ?
U1 reconnaît le site 5′ et U2 le point de branchement.
Combien d’adénosines la polyadénylation ajoute-t-elle généralement au pré-ARNm ?
De 50 à 200 adénosines.
Quelle exception à la queue poly(A) caractérise les ARNm d’histones ?
Ils ne comportent pas de queue poly(A).
Où se situe généralement le PAS canonique AAUAAA chez l’humain ?
De 10 à 35 nucléotides en amont du site de clivage.
Quelle proportion des gènes est concernée par la polyadénylation alternative ?
Plus de 70 %.
Combien de facteurs de transcription humains sont connus ?
Environ 1 600.
Quelle proportion des facteurs de transcription humains présente une expression spécifique d’un tissu ?
Environ la moitié.
Qu’est-ce qui détermine les profils spécifiques d’activité régulatrice et d’expression génique selon le type cellulaire ?
Les combinaisons de facteurs de transcription propres à chaque type cellulaire.
Quelle est la taille approximative des îlots CpG ?
Environ 1 000 paires de bases.
En quoi les îlots CpG sont-ils enrichis par rapport au génome moyen ?
En G+C et en dinucléotides CpG.
Quel est l’état de méthylation des îlots CpG ?
Ils ne sont pas méthylés.
Où se trouve le motif Inr par rapport au TSS ?
Il chevauche le TSS.
Quelles protéines de TFIID reconnaissent le motif Inr ?
TAF1 et TAF2.
Dans les promoteurs sans boîte TATA, de quoi dépend l’activité conjointe du DPE et de l’Inr ?
D’un espacement précis entre les deux motifs.
Quel effet les promoteurs alternatifs en amont d’exons non codants ont-ils sur le 5′UTR ?
Ils modifient le 5′UTR.
Quel effet les promoteurs alternatifs en amont d’exons non codants ont-ils sur la protéine produite ?
Ils ne la modifient pas.
Que peut modifier l’utilisation de promoteurs alternatifs en amont d’exons codants ?
L’extrémité 5′ de l’ORF.
Qu’est-ce qu’un silencer ?
Un élément régulateur qui réprime l’expression de gènes cibles.
De quels paramètres la répression par un silencer est-elle généralement indépendante ?
De son orientation et de sa distance au promoteur.
Combien de gènes un enhancer peut-il réguler ?
Plusieurs gènes.
De quoi dépend le nombre d’enhancers régulant un même gène ?
Du tissu, du stade ou du stimulus.
Quels sites les insulators contiennent-ils généralement ?
Des sites de liaison pour CTCF.
Que bloquent les insulators entre des domaines distincts ?
L’action des enhancers ou des silencers au-delà de ces domaines.
À quelles modifications sont associés les super-enhancers ?
À des modifications d’histones typiques des enhancers.
À quels gènes les super-enhancers sont-ils associés ?
Aux gènes importants pour l’identité cellulaire.
Combien de sous-unités compte l’ARN polymérase II humaine ?
Douze sous-unités.
Quelle est la principale sous-unité catalytique de l’ARN polymérase II humaine ?
Rpb1.
Quelle action de XPB ouvre l’ADN en aval de Pol II ?
L’hydrolyse de l’ATP déroule l’ADN et forme la bulle de transcription.
Quels facteurs contribuent à la pause de Pol II ?
DSIF et NELF.
Quelle interface NELF reconnaît-il pendant la pause de Pol II ?
L’interface entre Pol II et Spt5.
Quelle vitesse de synthèse de l’ARNm dépasse-t-on dans les cellules ?
2 000 nucléotides par minute.
Que dégrade Xrn2 dans le modèle torpille après le clivage de l’ARN ?
Le transcrit, en direction de l’ARN polymérase II.
Quel contrôle négatif peut être utilisé en ChIP ?
Des billes couplées à une immunoglobuline du même isotype que l’anticorps dirigé contre la protéine d’intérêt.
Quand la coiffe est-elle ajoutée au transcrit naissant ?
De façon co-transcriptionnelle, après l’incorporation d’environ 20 nucléotides.
Comment les éléments ESE, ISE, ESS et ISS influencent-ils l’épissage ?
Les ESE et ISE activent l’épissage, tandis que les ESS et ISS le répriment.
Comment les protéines SR et hnRNP influencent-elles l’épissage ?
Les protéines SR favorisent le recrutement du spliceosome, tandis que les hnRNP répriment l’utilisation d’un exon.
Combien d’adénosines la poly(A) polymérase ajoute-t-elle après le clivage ?
Environ 50 à 250 adénosines.
Quelles fonctions de l’ARNm sont favorisées par la queue poly(A) ?
L’export nucléaire, la demi-vie et l’efficacité de traduction.
Où se produisent environ 80 % des événements d’APA ?
Dans la 3′UTR.
Quels facteurs influencent le choix d’un PAS proximal ou distal ?
Les protéines liant l’ARN, les facteurs de clivage, les facteurs de transcription et la dynamique de transcription.
Teste tes connaissances avec un QCM de 34 questions sur Régulation de l’expression des gènes.
1. Quelle distinction décrit correctement les facteurs cis et les facteurs trans dans la régulation de l’expression génique ?
2. Une protéine nucléaire reconnaît un court motif d’ADN et favorise le recrutement de modificateurs de la chromatine. Quelle fonction correspond à cette protéine ?
Révisez le cours complet dans la fiche de révision de Régulation de l’expression des gènes.
Voir la fiche →Importe ton cours et l'IA génère des flashcards en 30 secondes.
Générateur de flashcards