Fiche de révision : Arbovirus et émergence virale

📋 Plan du Cours

1. Zoonoses et maladies émergentes
2. Mécanismes de diversité virale
3. Arbovirus, vecteurs et réservoirs
4. Transmission et compétence vectorielle
5. Émergence et données épidémiologiques
6. Cycles et maintien des arbovirus
7. Classification des arbovirus
8. Génomes et pathogénie des arbovirus
9. Atteintes neurologiques et Guillain-Barré
10. Diagnostic des arboviroses
11. Orthoflavivirus et maladies associées
12. Autres familles d’arbovirus

📖 1. Zoonoses et maladies émergentes

🔑 Notions clés & Définitions

• Maladie émergente : Apparaît nouvellement dans un environnement où elle n’existait pas et son incidence augmente.
• Virus ré-émergent : Réapparaissent dans des zones géographiques définies après une période d’absence plus ou moins longue.

★ À maîtriser

• Six maladies sur dix sont d’origine zoonotique et au moins 75 % des maladies émergentes chez l’Homme sont d’origine zoonotique.

• Les facteurs d’émergence mentionnés comprennent : la surpopulation et l’urbanisation, les problèmes d’adduction et de stockage de l’eau favorisant les gîtes larvaires, la destruction d’habitats animaux, les mouvements de population, le commerce d’animaux et de biens, le changement climatique modifiant l’aire de répartition des vecteurs

Compléments

• Une maladie peut être considérée comme émergente lorsqu’elle apparaît dans une nouvelle région, franchit la barrière d’espèce, devient épidémique ou voit sa virulence ou sa contagiosité augmenter.

• Les exemples de virus émergents cités sont le VIH (1981), SARS-CoV-1 (2003), SARS-CoV-2 (2019), Chikungunya, Dengue, Zika, Ebola et les grippes aviaires.

📖 2. Mécanismes de diversité virale

★ À maîtriser

📌 Une mutation silencieuse ne modifie pas les protéines codées par le génome viral, tandis qu’une mutation létale modifie une protéine essentielle au cycle du virus.

• Les mutations spontanées s’accumulent dans le génome viral et leurs variations sont soumises à la pression de sélection pendant l’évolution du virus.

• La recombinaison génétique correspond à un échange d’information entre les génomes de deux virus différents co-infectant une cellule, si leurs génomes sont assez proches.

• L’évolution virale génère au hasard de la diversité, puis l’environnement sélectionne les variations les mieux adaptées.

• Un mutant présente une différence génétique localisée par rapport à la souche sauvage, tandis qu’un variant présente une différence génétique non localisée.

Compléments

• Une mutation bénéfique au virus, plus rare, peut favoriser l’échappement au système immunitaire ou une meilleure multiplication sous une pression de sélection favorable.

• Les quasi-espèces forment au sein d’un hôte une population hétérogène et dynamique de particules virales.

• Le réassortiment est un mélange de segments viraux nécessitant la co-infection par deux virus différents segmentés.

📌 Les sérotypes sont définis par des systèmes antigène-anticorps, tandis que les génotypes sont définis par l’étude de la séquence du génome.

• Toutes les souches sont des variants, mais tous les variants ne sont pas des souches.

📖 3. Arbovirus, vecteurs et réservoirs

🔑 Notions clés & Définitions

• Arbovirus : Virus dont le cycle nécessite des hôtes vertébrés et des vecteurs arthropodes tels que les moustiques, les tiques ou les phlébotomes.
• Vecteur : Organisme invertébré qui ne provoque pas lui-même une maladie, mais disperse l’infection en transportant un agent pathogène d’un hôte à l’autre.
• Réservoir : Hôte qui héberge un pathogène sans symptômes ou avec des symptômes limités, dans un état d’équilibre entre l’hôte et le pathogène.

📝 Points essentiels

• 🔄 Le vecteur transmet l’agent pathogène en plusieurs étapes :

  1. Il l’acquiert auprès d’un hôte réservoir.
  2. Il le conserve.
  3. Il le transporte.
  4. Il l’inocule à un autre hôte.

• Le vecteur peut aussi être réservoir ; pour le TBEV, les tiques peuvent jouer ce rôle, tandis que les rongeurs sont l’hôte réservoir principal cité.

• Les arbovirus sont maintenus dans l’environnement par un cycle impliquant des hôtes vertébrés et des vecteurs arthropodes.

• Les réservoirs animaux cités comprennent les oiseaux pour les virus de l’encéphalite japonaise, de Saint-Louis, West Nile et Usutu, les porcs pour l’encéphalite japonaise, les singes pour la fièvre jaune, les rongeurs pour VEE et l’encéphalite russe de printemps-été, ainsi que les chauves-souris.

📖 4. Transmission et compétence vectorielle

🔑 Notions clés & Définitions

• Compétence vectorielle : Aptitude d’un arthropode à ingérer un agent pathogène, à en assurer la multiplication et/ou le développement, puis à le transmettre à un hôte vertébré.
• Capacité vectorielle : Niveau d’efficacité d’un vecteur dans la transmission d’un agent pathogène et comprend sa compétence vectorielle ainsi que les facteurs extrinsèques écologiques, géographiques et liés à la densité.

★ À maîtriser

• Les arbovirus peuvent être transmis lorsque le vecteur acquiert l’infection en ingérant le sang d’un vertébré virémique, puis la transmet lors d’un repas sanguin.

📌 Un cas importé concerne une personne infectée dans une zone où le virus circule et déclarant la maladie dans une autre zone, tandis qu’un cas autochtone concerne une personne infectée sur un territoire sans avoir voyagé dans une zone de circulation du virus au cours des 15 jours précédents.

Compléments

• Les stylets de la trompe du moustique comprennent un canal salivaire et un canal alimentaire.

📌 Aedes albopictus est décrit comme rural plutôt qu’urbain, diurne et peu anthropophile, tandis que l’autre profil Aedes présenté est urbain, actif le matin et en début de soirée, et anthropophile.

• Culex pipiens est associé aux virus West Nile (WNV) et Usutu (USUV), tandis qu’Aedes albopictus est associé aux virus Dengue (DENV), Zika (ZIKV) et Chikungunya (CHIKV).

💡 Astuce mémo

Compétence = aptitude intrinsèque ; capacité = compétence + facteurs extrinsèques

📖 5. Émergence et données épidémiologiques

★ À maîtriser

• En 2022 et 2023, les cas autochtones cumulés d’arboviroses en France métropolitaine ont dépassé ceux des 20 années précédentes.

• En 2025, plus de 800 cas importés de chikungunya ont été signalés en France.

Compléments

• La situation actuelle indiquée pour 2026 fait état de 33 cas de chikungunya et de 5 cas de dengue.

• Pour le WNV en Europe au 04/09/2026, le cours indique 1086 cas et 61 décès.

• Pour le WNV en France en 2026, les départements signalés pour la première fois sont l’Aude, la Seine-et-Marne et la Drôme.

📖 6. Cycles et maintien des arbovirus

★ À maîtriser

📌 Le cycle urbain relie l’Homme, l’arthropode puis l’Homme, avec l’humain ou l’arthropode comme réservoir ; le cycle enzootique ou épizootique relie un animal, un arthropode puis l’Homme, avec un réservoir animal et l’Homme comme dernier hôte.

• Les causes spécifiques d’émergence des arbovirus citées sont : le réchauffement climatique favorisant des vecteurs comme Aedes albopictus, la hausse et la mondialisation du trafic aérien, la densité urbaine, les niches écologiques urbaines, l’agressivité de certains vecteurs, l’évolution du génome, l’implantation en territoire naïf sans protection immunitaire

• Tous les arbovirus ont un génome à ARN et la plupart sont enveloppés.

Compléments

• La dengue est citée comme exemple de cycle urbain, tandis que l’encéphalite japonaise, les encéphalites équines de l’Est et de l’Ouest et la fièvre jaune sont citées comme exemples de cycles enzootiques ou épizootiques.

• Le maintien hivernal des moustiques peut se faire : sous forme active si les températures sont adaptées, par diapause, état léthargique avec réserve de graisse, par maintien des œufs et des larves avec ralentissement du développement

• Plus de 130 arbovirus sont connus pour provoquer des maladies chez l’Homme.

📖 7. Classification des arbovirus

★ À maîtriser

• Le cours présente trois familles principales d’arbovirus :

  • Togaviridae
  • Flaviviridae
  • Bunyavirales

• La peste porcine africaine est une exception parmi les arbovirus présentés, car son virus possède un génome à ADN double brin et n’est pas contagieux pour l’être humain ; il est transmis par les tiques.

Compléments

• Les genres et exemples cités dans les Bunyavirales sont :

  • Orthobunyavirus : virus de l’encéphalite La Crosse et virus de l’encéphalite de Californie
  • Nairovirus : virus de la fièvre hémorragique de Crimée-Congo
  • Phlebovirus : virus de la fièvre de la vallée du Rift et virus Toscana

• Les virus cités dans le genre Orthoflavivirus sont :

  • virus Dengue
  • virus de la fièvre jaune
  • virus Zika
  • virus de l’encéphalite japonaise
  • virus West Nile
  • virus Usutu
  • virus de l’encéphalite à tiques

• Dans Reoviridae, le genre Coltivirus comprend le virus de la fièvre à tiques du Colorado et le genre Orbivirus comprend le virus de la fièvre catarrhale ovine.

• Le virus de la stomatite vésiculaire (VSV) est un Vesiculovirus de la famille des Rhabdoviridae, transmis par les moustiques et les phlébotomes, avec les bovins, les chevaux et les porcs comme hôtes vertébrés.

• Le virus Chikungunya (CHIKV) est un Alphavirus de la famille des Togaviridae, transmis par les moustiques à l’humain et aux primates.

📖 8. Génomes et pathogénie des arbovirus

★ À maîtriser

• Les virus à ARN simple brin de polarité positive appartiennent à la classe IV et peuvent traduire leur ARN génomique avant de produire l’ARN polymérase virale nécessaire à la réplication.

• Les virus à ARN simple brin de polarité négative appartiennent à la classe V et utilisent une ARN polymérase virale pour produire un ARN positif qui peut être traduit.

• La plupart des infections par les arbovirus sont asymptomatiques.

• Les complications cliniques des arboviroses comprennent les maladies aiguës du système nerveux central, les fièvres aiguës avec ou sans exanthème et céphalée, les fièvres hémorragiques, ainsi que la polyarthrite avec éruption et arthralgies prolongées.

Compléments

• Les virus à ARN double brin appartiennent à la classe III et utilisent une ARN polymérase virale pour la réplication et la transcription ; la traduction est assurée par les ribosomes cellulaires.

📖 9. Atteintes neurologiques et Guillain-Barré

🔑 Notions clés & Définitions

• Syndrome de Guillain-Barré : Atteinte des nerfs périphériques dans laquelle la myéline peut être altérée ou détruite, ce qui ralentit la transmission du signal nerveux.
• Barrière hémato-encéphalique : Barrière physiologique entre la circulation sanguine et le système nerveux central.

★ À maîtriser

• Les atteintes neurologiques liées aux arboviroses peuvent concerner le système nerveux central ou périphérique, notamment sous forme de méningite, d’encéphalite, de méningo-encéphalite, de névrite, de myélite ou de paralysie.

• Le syndrome de Guillain-Barré peut provoquer une faiblesse ou une paralysie progressive débutant le plus souvent dans les jambes et pouvant atteindre les nerfs de la tête, ainsi que des sensations anormales.

Compléments

• Les virus peuvent atteindre le système nerveux par le passage de la barrière hémato-encéphalique ou par transport axonal.

• La dengue, le chikungunya, Zika et Usutu figurent parmi les arbovirus associés à des encéphalites.

• Dans la majorité des cas de syndrome de Guillain-Barré, les personnes atteintes récupèrent leurs capacités physiques au bout de 6 à 12 mois.

📖 10. Diagnostic des arboviroses

★ À maîtriser

• Les syndromes cliniques des arboviroses ont une faible spécificité diagnostique.

• La RT-PCR sur le sang ou le liquide céphalorachidien est une méthode virologique directe, de forte spécificité et de bonne sensibilité avant J5 selon l’arbovirose.

• L’ELISA est une méthode sérologique indirecte généralement réalisée sur sérum, qui peut adopter une approche pan-arbovirus et présente une faible spécificité mais une bonne sensibilité.

Compléments

• La culture virale sur des cellules Vero ou C6/36 peut être réalisée à partir du sang, du liquide céphalorachidien ou des urines ; elle a une forte spécificité et une bonne sensibilité avant J5, et permet le séquençage de la souche après amplification.

• La séroneutralisation confirme un test ELISA et présente une forte spécificité ainsi qu’une bonne sensibilité.

💡 Astuce mémo

PCR directe : virus détecté ; sérologie indirecte : réponse immunitaire recherchée.

📖 11. Orthoflavivirus et maladies associées

★ À maîtriser

• Les orthoflavivirus appartiennent à la famille des Flaviviridae ; ils sont enveloppés, à symétrie icosaédrique, mesurent 40 à 60 nm et possèdent un génome à ARN simple brin positif, et la plupart sont neurotropes.

• Le virus de la dengue possède un génome à ARN positif, compte quatre sérotypes, D1 à D4, et est transmis notamment par Aedes aegypti et Aedes albopictus ; le cours indique 50 à 100 millions de cas par an et une exposition de 2,5 milliards de personnes en zone intertropicale.

• La dengue non compliquée dure généralement 2 à 7 jours et peut associer début brutal, fièvre supérieure à 39 °C, céphalées rétro-orbitaires, myalgies plus importantes que les arthralgies, éruption chez 50 % des cas et signes hémorragiques mineurs.

• La dengue sévère peut provoquer une fuite capillaire avec augmentation de l’hématocrite supérieure à 20 %, hypotension, extrémités froides, œdèmes ou épanchements, ainsi que des atteintes viscérales telles que myocardite, SDRA ou hépatite grave.

• Le virus Zika possède un génome à ARN positif d’environ 11 kb, deux lignées, asiatique et africaine, et une taille d’environ 50 nm ; il peut être transmis par voie fœto-maternelle et sexuelle, et son vecteur cité est Aedes aegypti, parfois Aedes albopictus.

Compléments

• Les principaux orthoflavivirus cités sont :

  • le virus de la fièvre jaune
  • le virus de la dengue
  • le virus du Nil occidental
  • le virus de l’encéphalite à tiques
  • le virus Zika
  • le virus Usutu

• Les manifestations neurologiques citées comprennent : les encéphalites, les méningites, les hémorragies intracrâniennes, les neuropathies, le syndrome de Guillain-Barré, les myélites, les névrites optiques, la dépression, les hallucinations et la psychose

📌 Dans la dengue, le traitement mentionné consiste à hydrater avant l’apparition de l’hypotension et à éviter les AINS en raison du risque hémorragique ; la prévention repose sur la protection antivectorielle.

• Le virus du Nil occidental possède un génome à ARN positif d’environ 11 kb, un réservoir aviaire et Culex pipiens comme vecteur ; il est neurotrope chez l’humain et le cheval, et a été découvert en Ouganda en 1937.

• Le virus Usutu possède huit lignées, une forte mortalité aviaire et un tropisme neurologique chez l’humain ; découvert en Afrique du Sud en 1959, il se propage rapidement en Europe et Culex pipiens est son vecteur cité.

• Le virus de l’encéphalite à tiques provoque classiquement une évolution biphasique, avec une première phase fébrile puis une phase neurologique pouvant comporter méningite, encéphalite ou myélite ; son incubation est de 7 à 14 jours.

• L’encéphalite japonaise est le plus souvent asymptomatique, mais une atteinte neurologique grave survient dans 1 % des cas et s’accompagne d’une mortalité de 20 à 30 %.

• La fièvre jaune peut provoquer un ictère lié à des lésions nécrosantes du foie, puis évoluer vers un syndrome hémorragique ; le cours la présente comme l’infection à arbovirus la plus importante en termes de létalité et indique qu’il existe un vaccin.

📖 12. Autres familles d’arbovirus

★ À maîtriser

• Les alphavirus de la famille des Togaviridae sont enveloppés, à symétrie icosaédrique, mesurent environ 65 nm et possèdent un génome à ARN simple brin positif de 10 à 12 kb.

• Les genres et familles cités sont :

  • Orthonairovirus, de la famille des Nairoviridae
  • Phlebovirus, de la famille des Phenuiviridae
  • Orthobunyavirus, de la famille des Peribunyaviridae

• Les virus des Reoviridae sont des Orbivirus non enveloppés, à symétrie icosaédrique, mesurant 60 à 80 nm et possédant un génome à ARN double brin de 24 kb ; ils sont souvent transmis par les Culicoïdes.

Compléments

• Le chikungunya est associé à des douleurs articulaires persistantes et sa répartition citée comprend l’Afrique, l’Europe, l’Amérique latine, le sud de l’Asie, les Antilles et la Guyane ; son vecteur indiqué est Aedes albopictus.

• Les virus des Bunyavirales décrits sont enveloppés, sphériques, à symétrie hélicoïdale, mesurent 80 à 120 nm et possèdent un génome segmenté à ARN simple brin négatif de 10 à 23 kb.

• Depuis 2024, l’ancien ordre Bunyavirales est devenu la classe Bunyaviricetes et la famille Phenuiviridae appartient à l’ordre Hareavirales.

• Le virus de la fièvre de la vallée du Rift appartient au genre Phlebovirus et à la famille Phenuiviridae dans la nomenclature indiquée, tandis que l’arbre de classification présenté est antérieur à 2024.

📊 Tableaux de synthèse

Compétence et capacité vectorielles