Fiche de révision : ECBU et infections urinaires

📋 Plan du Cours

1. Flore urinaire et voies d’infection
2. Facteurs favorisants et terrains à risque
3. Cystite et pyélonéphrite
4. Bactéries selon le contexte infectieux
5. Prélèvement et conservation des urines
6. Examen macroscopique et microscopique
7. Culture et identification bactérienne
8. Interprétation de l’ECBU et bandelette

📖 1. Flore urinaire et voies d’infection

★ À maîtriser

• L’urine est un liquide biologique stérile et les voies urinaires sont normalement stériles, sauf les derniers centimètres de l’urètre.

• Environ 95 % des infections urinaires sont dues à des bactéries présentes au méat urinaire qui remontent l’urètre par voie ascendante.

📌 L’infection ascendante urétrale est d’origine endogène, tandis que l’infection descendante résulte d’une contamination rénale par voie sanguine, rare.

Compléments

• La flore urétrale peut provenir de trois flores proches :
  • la flore intestinale, notamment les bactéries anaérobies et les Entérobactéries
  • la flore cutanée, notamment les staphylocoques et les corynébactéries
  • la flore vaginale, notamment les Lactobacillus chez la femme

• Les infections urinaires ascendantes sont particulièrement fréquentes chez la femme, dont l’urètre est court et proche des voies vaginale et anale.

• La pose d’une sonde ou d’un cathéter, ainsi qu’un prélèvement urétral en milieu hospitalier, peuvent introduire des bactéries dans les voies urinaires par voie iatrogène.

📖 2. Facteurs favorisants et terrains à risque

★ À maîtriser

• La diminution de la diurèse ou la rétention aiguë des urines provoque une stase urinaire favorisée notamment par une malformation, la grossesse ou une hypertrophie prostatique.

• Les facteurs de virulence bactériens comprennent : la captation des nutriments, la protection contre les IgA par le LPS (Ag O), la protection contre les IgA par la capsule (Ag K), l’adhésion grâce aux fimbriae

Compléments

• Une augmentation du pH urinaire liée à des bactéries uréase positives favorise l’infection urinaire.

📖 3. Cystite et pyélonéphrite

🔑 Notions clés & Définitions

• Cystite : Infection urinaire basse qui atteint la vessie.
• Pyélonéphrite : Infection urinaire haute qui atteint le parenchyme rénal et le bassinet.

★ À maîtriser

• Environ 30 % des infections urinaires sont asymptomatiques ; dans environ 70 % des cas, elles provoquent des brûlures à la miction, une dysurie et une pollakiurie sans fièvre ni douleur lombaire.

• La pyélonéphrite aiguë se manifeste par l’apparition brutale d’une fièvre élevée accompagnée de douleurs lombaires et pelviennes très marquées.

Compléments

• La cystite est fréquente chez la femme et plus rare chez l’homme.

• Une cystite chez la femme enceinte doit être surveillée en raison du risque d’évolution vers une infection haute par voie ascendante.

• La pyélonéphrite est plus rare que la cystite, mais elle est beaucoup plus grave.

• La pyélonéphrite chronique présente des signes cliniques moins marqués et une évolution plus insidieuse.

• La pyélonéphrite peut se compliquer d’une bactériémie ou d’une destruction du parenchyme rénal entraînant une insuffisance rénale.

💡 Astuce mémo

Cystite : vessie ; pyélonéphrite : parenchyme rénal et bassinet

📖 4. Bactéries selon le contexte infectieux

📝 Points essentiels

• En contexte communautaire, les bactéries responsables comprennent :

  • Escherichia coli
  • Proteus
  • Klebsiella
  • Enterococcus
  • Staphylococcus saprophyticus, associé aux cystites

• Escherichia coli est présenté comme la bactérie très majoritairement responsable des infections urinaires communautaires.

• En contexte hospitalier nosocomial, les bactéries responsables comprennent :

  • Pseudomonas aeruginosa
  • Escherichia coli
  • Proteus
  • Klebsiella
  • Enterobacter
  • Serratia
  • Acinetobacter
  • le SARM
  • Staphylococcus epidermidis multirésistant

📖 5. Prélèvement et conservation des urines

★ À maîtriser

📌 Le prélèvement urinaire doit être réalisé avant toute antibiothérapie.

• Un prélèvement urinaire se conserve au maximum 2 heures à température ambiante, 24 heures à 4 °C, ou 48 heures à 4 °C dans un tube contenant de l’acide borique à effet bactériostatique.

• Pour un prélèvement au milieu du jet, le patient se lave les mains et la région vulvaire ou le méat urinaire, attend au moins 4 heures après la miction précédente, élimine le premier jet, recueille 20 à 30 mL dans un flacon stérile sans toucher son bord, puis ferme rapidement le flacon et l’achemine au laboratoire en indiquant l’heure du prélèvement.

Compléments

• Chez le jeune enfant, le prélèvement peut être réalisé avec un collecteur d’urine posé pendant 20 à 30 minutes ou, si possible, par prélèvement au milieu du jet chez l’enfant allongé sur le dos, couche ouverte.

📌 Chez un patient porteur d’une sonde urinaire, il faut recueillir des urines fraîchement émises et non celles du sac collecteur.

• Le prélèvement chez un patient sondé reflète davantage la flore de la sonde que celle de la vessie ; le prélèvement idéal est réalisé directement dans la vessie par ponction sus-pubienne.

💡 Astuce mémo

Écarter le premier jet, recueillir le milieu, acheminer rapidement

📖 6. Examen macroscopique et microscopique

★ À maîtriser

• Une leucocyturie inférieure à 10⁴ cellules·mL⁻¹ n’indique généralement pas d’inflammation ni d’infection, sauf chez les sujets neutropéniques.

• Une leucocyturie supérieure ou égale à 10⁴ cellules·mL⁻¹ indique une réaction inflammatoire consécutive à une infection urinaire.

Compléments

• Une urine trouble évoque souvent une infection bactérienne, mais peut parfois s’expliquer par la présence de cristaux.

• Une coloration rouge-rose de l’urine évoque une hématurie, une coloration jaune-orange un ictère et une coloration brun pâle une néphrite.

• La numération des leucocytes et des hématies ainsi que l’observation des cylindres et des cristaux se réalisent sur une urine entière bien homogénéisée, avec une cellule de comptage ou un automate.

• Une hématurie inférieure à 10⁴ hématies·mL⁻¹ est une valeur normale.

• Une hématurie supérieure ou égale à 10⁴ cellules·mL⁻¹ indique des microlésions des parois urinaires ou du rein, notamment si les hématies sont altérées.

• La présence de cristaux de phosphates ammoniaco-magnésiens indique une possible infection urinaire par des bactéries uréase positives productrices de NH₃, comme Proteus ou Klebsiella.

📖 7. Culture et identification bactérienne

🔑 Notions clés & Définitions

• Milieu chromogène : Utilise un substrat synthétique incolore, analogue d’un substrat d’enzyme bactérienne, qui est clivé en présence de cette enzyme et produit un précipité coloré ne diffusant pas dans la gélose.

★ À maîtriser

• Le dénombrement des germes urinaires peut se faire par technique de l’anse calibrée ou par technique de la lame immergée.

📌 Une culture contenant plus de deux germes évoque une contamination du prélèvement et est considérée comme non significative ; un nouveau prélèvement est indiqué si les symptômes persistent.

• Après isolement de colonies sur CLED ou sur un milieu chromogène adapté, l’identification classique est réalisée ; l’antibiogramme peut être lancé dès l’orientation, mais son interprétation attend l’identification de la souche.

Compléments

• La lame immergée porte un milieu CLED non sélectif sur une face et un milieu MacConkey sélectif des bacilles Gram négatif sur l’autre ; elle est plongée dans l’urine non concentrée, puis permet de lire la bactériurie et de réaliser des tests d’identification rapide.

• La plupart des infections urinaires sont monomicrobiennes, mais certaines, rarement, impliquent deux germes.

• Les milieux chromogènes, grâce à des jeux de substrats différents, différencient les colonies et permettent une identification présomptive qui doit ensuite être confirmée.

💡 Astuce mémo

Isoler les colonies, orienter l’identification, puis interpréter l’antibiogramme

📖 8. Interprétation de l’ECBU et bandelette

★ À maîtriser

• Une leucocyturie supérieure ou égale à 10⁴ cellules·mL⁻¹ est significative et indique une inflammation.

• Une bactériurie supérieure ou égale à 10⁵ UFC/mL est significative dans tous les cas.

• Sur la bandelette urinaire, une activité leucocyte estérase positive indique une leucocyturie au-dessus du seuil de détection de 10⁴ leucocytes/mL.

• Une activité nitrate réductase positive à la bandelette met en évidence des bactéries de la famille des Enterobacteriaceae et correspond à une bactériurie supérieure à 10⁵/mL.

Compléments

• Une hématurie supérieure ou égale à 10⁴ cellules·mL⁻¹ est significative et indique des microlésions ou lésions des parois urinaires ou du rein.

• Une bactériurie inférieure à 10⁵ UFC/mL peut être significative selon le germe et le mode de prélèvement ; sinon, elle peut résulter d’une contamination ou d’une mauvaise conservation.

• Les seuils recommandés pour interpréter l’ECBU varient selon le contexte communautaire ou nosocomial, conformément au REMIC 2015 de la Société Française de Microbiologie.

• Un résultat faussement positif de leucocyte estérase peut être lié à une contamination par la flore vaginale ou à une infestation par Trichomonas.

• Les causes possibles d’un faux négatif de leucocyte estérase comprennent : une glycosurie, une cétonurie, une protéinurie, la présence d’acide borique, ascorbique ou oxalique, un traitement par céphalosporines de première génération, tétracyclines, nitrofurantoïne ou gentamicine

• Les causes possibles d’un faux négatif de nitrate réductase comprennent :

  • un régime pauvre en nitrate
  • un pH urinaire acide
  • un traitement diurétique
  • un traitement par acide ascorbique

📊 Tableaux de synthèse

Cystite et pyélonéphrite