Fiche de révision : Généralités sur les virus

📋 Plan du Cours

1. Définition et dimensions virales
2. Génome et structure virale
3. Capside, enveloppe et matrice
4. Classification et diversité virales
5. Multiplication et cycle viral
6. Pathogénèse et devenir de l’infection
7. Réservoirs et voies de transmission
8. Contagiosité et formes d’infection
9. Défenses antivirales et grossesse

📖 1. Définition et dimensions virales

🔑 Notions clés & Définitions

• Virus : Micro-organisme à structure définie, dont le génome est constitué d’ADN ou d’ARN et qui se reproduit exclusivement dans une cellule vivante en utilisant son appareil de synthèse.

★ À maîtriser

• Les virus sont des parasites intracellulaires absolus dépourvus de système énergétique propre.

Compléments

• À la fin du XIXe siècle, les virus sont décrits comme des agents infectieux invisibles au microscope optique, non cultivables et non retenus par les filtres utilisés en bactériologie.

• Dans les années 1940, la microscopie électronique permet d’observer les virus.

• Une cellule mesure environ 15 μm, une bactérie environ 2 μm et un virus de 0,03 à 0,4 μm.

💡 Astuce mémo

La cellule se divise ; le virus se réplique dans une cellule vivante

📖 2. Génome et structure virale

★ À maîtriser

📌 Le génome viral est constitué soit d’ADN, soit d’ARN, contrairement aux génomes cellulaires présentés dans le cours comme contenant ADN et ARN.

📌 Les virus à ARN présentent un taux de mutation élevé, tandis que les virus à ADN présentent un taux de mutation faible selon le cours.

Compléments

• Le génome viral peut être monocaténaire ou bicaténaire, linéaire ou circularisé, et certains génomes sont segmentés.

• Un kilobase (kb) correspond à 1 000 bases pour un génome monocaténaire ou à 1 000 paires de bases pour un génome bicaténaire.

• Le cours indique qu’un génome de 1 kb peut coder une protéine d’environ 300 acides aminés, qu’un génome de 3 kb peut coder 3 protéines et qu’un génome de 300 kb peut en coder 300.

📖 3. Capside, enveloppe et matrice

🔑 Notions clés & Définitions

• Nucléocapside : Association du génome viral et de la capside.

★ À maîtriser

• La capside virale est une structure protéique d’origine virale, constituée d’une ou de plusieurs protéines.

• La capside protège le génome, le conditionne, transporte les acides nucléiques d’une cellule à l’autre et participe à la spécificité d’attachement.

• L’enveloppe virale, ou peplos, est inconstante et se compose d’une bicouche lipidique issue de membranes cellulaires et de glycoprotéines virales.

Compléments

• La capside présente trois organisations symétriques :

  • hélicoïdale
  • icosaédrique
  • complexe

• Une capside icosaédrique comprend 12 sommets appelés pentons, 20 faces appelées hexons et 30 arêtes.

💡 Astuce mémo

Imaginez le génome emballé dans une capside, parfois entourée d’une enveloppe et d’une matrice

📖 4. Classification et diversité virales

🔑 Notions clés & Définitions

• Quasiespèces : Ensemble de clones constituant un isolat viral.

★ À maîtriser

• La classification virale repose sur :
  • la nature du génome
  • le nombre et la polarité des brins
  • la symétrie de la capside
  • la présence ou l’absence d’une enveloppe
  • la stratégie de réplication

Compléments

• La classification universelle des virus est mise en place en 1962 par Lwoff, Horne et Tournier, puis relève de l’ICTV.

• En taxonomie virale, les ordres se terminent par « -virales », les familles par « -viridae », les sous-familles par « -virinae » et les genres par « -virus ».

• La phylogénie virale permet de différencier les types et sous-types et de déterminer les distances phylogénétiques et les homologies à l’aide d’arbres phylogénétiques.

📖 5. Multiplication et cycle viral

🔑 Notions clés & Définitions

• Tropisme : Ensemble des tissus ou cellules sensibles à l’infection par un virus.
• Spectre d’hôte : Ensemble des organismes sensibles à l’infection par un virus.

★ À maîtriser

• Le cycle viral comporte six étapes : attachement au récepteur cellulaire, entrée, décapsidation, réplication de l’information génétique, assemblage des nucléocapsides et libération des particules virales.

📌 Les virus nus sont souvent libérés par lyse cellulaire, tandis que les virus enveloppés sont libérés par bourgeonnement à travers la membrane cellulaire.

Compléments

📌 Les virus enveloppés entrent dans la cellule par fusion membranaire, tandis que les virus nus passent à travers la membrane cellulaire, notamment par des vacuoles.

• Les infections persistantes peuvent être chroniques, comme celles dues au VHB, au VHC ou au VIH, ou latentes, comme celles dues aux Herpesviridae.

💡 Astuce mémo

Attachement → entrée → décapsidation → réplication → assemblage → libération

📖 6. Pathogénèse et devenir de l’infection

🔑 Notions clés & Définitions

• Virulence : Aptitude d’un virus à provoquer des troubles graves.
• Pathogénèse virale : Processus par lequel un virus induit l’infection.

★ À maîtriser

• Une infection virale peut être asymptomatique même si l’organisme infecté produit abondamment des virus.

Compléments

• La virulence dépend de facteurs viraux et de l’hôte :

  • la souche virale
  • la charge virale
  • l’âge de l’hôte
  • le statut immunitaire de l’hôte
  • la porte d’entrée

• L’étude de la pathogénèse virale examine :

  • l’entrée du virus dans la cellule
  • le lieu de réplication initiale
  • la propagation du virus
  • les organes et tissus infectés
  • le mode de transmission

• Les signes cliniques peuvent résulter de : un dysfonctionnement cellulaire, une mort cellulaire induite par un virus cytolytique, une réaction inflammatoire excessive, la réponse immunitaire

💡 Astuce mémo

Infection productive, latente ou chronique : des devenirs différents

📖 7. Réservoirs et voies de transmission

🔑 Notions clés & Définitions

• Réservoir viral : Le réservoir viral est ce qui permet au virus de subsister et peut être animal, humain ou strictement humain.

★ À maîtriser

• La transmission des virus humains peut être directe ou indirecte, y compris par des personnes symptomatiques, asymptomatiques ou en incubation, et peut aussi être materno-enfant ou iatrogène.

Compléments

• La transmission materno-enfant peut être prénatale, périnatale ou postnatale, tandis que les contaminations iatrogènes peuvent survenir par les médicaments dérivés du sang, les greffes ou les actes de soin invasifs.

• Les virus d’origine animale peuvent se transmettre directement par morsure ou léchage, indirectement par des déjections contaminées, ou par un arthropode vecteur après ingestion de sang contaminé.

• Les moustiques, les tiques et les phlébotomes peuvent transmettre des arbovirus, notamment les virus de la dengue, Zika, Chikungunya et West Nile.

• La répartition de certains virus dépend de facteurs climatiques, écologiques et socio-économiques, et leurs infections peuvent être sporadiques, épidémiques, endémiques ou pandémiques.

📖 8. Contagiosité et formes d’infection

🔑 Notions clés & Définitions

• Période d’incubation : Temps entre la contamination initiale et l’apparition des premiers signes cliniques.
• Période de contagiosité : Période pendant laquelle le patient dissémine le virus ; elle débute habituellement pendant l’incubation, se poursuit pendant la phase clinique et peut continuer pendant la convalescence.

★ À maîtriser

📌 Une infection localisée a une virémie absente ou brève et atteint les organes de la porte d’entrée, tandis qu’une infection généralisée comporte une virémie constante et atteint des organes cibles à distance.

Compléments

• Les durées d’incubation indiquées sont :
  • rotavirus : 1 à 2 jours
  • rhinovirus : 1 à 4 jours
  • grippe : 1 à 3 jours
  • VRS : 2 à 6 jours
  • CMV : 10 à 21 jours
  • VZV : 13 à 21 jours
  • VHC : 20 à 90 jours
  • VHB : 50 à 150 jours
  • VIH : 20 à 180 jours

📌 Les infections localisées ont généralement une incubation de quelques jours, tandis que les infections généralisées ont généralement une incubation de plusieurs semaines.

💡 Astuce mémo

Localisée : porte d’entrée ; généralisée : organes cibles à distance

📖 9. Défenses antivirales et grossesse

★ À maîtriser

• Les premières défenses non spécifiques comprennent :

  • la peau
  • le mucus
  • l’acidité gastrique
  • les interférons

• L’immunité acquise comprend les lymphocytes B producteurs d’anticorps, les LT CD8+ cytotoxiques qui lysent les cellules infectées et les LT CD4+ auxiliaires qui coordonnent notamment les réponses des LB et des LT CD8+.

📌 Les IgG maternelles sont transférées au fœtus et protègent le nouveau-né pendant ses premiers mois, tandis que les IgM maternelles ne sont pas transmises ; des IgM spécifiques dans le sérum du nouveau-né indiquent une infection de l’enfant.

Compléments

• L’immunité innée mobilise notamment les cellules dendritiques et les macrophages, les cellules NK, le complément et la fièvre ; les NK lysent directement les cellules infectées et la fièvre diminue la multiplication virale.

• Les IgG et les IgM sont présentes dans le sérum, tandis que les IgA se trouvent dans les sécrétions muqueuses ; les anticorps neutralisants ciblent les virus extracellulaires et perturbent leur multiplication.

• Pendant la grossesse, le basculement de la réponse Th1 vers Th2 contribue à préserver la survie du fœtus ; les cytokines Th2 inhibent la réponse Th1 et stimulent la production d’anticorps par les LB.

💡 Astuce mémo

IgG maternelles traversent le placenta ; IgM maternelles ne sont pas transmises

📊 Tableaux de synthèse

Infections localisées et généralisées