★ À maîtriser
Les virus sont responsables de 80 % des causes d’infection respiratoire aiguë et ciblent l’arbre respiratoire.
Les infections respiratoires virales sont localisées à la muqueuse respiratoire et peuvent être suivies d’une surinfection bactérienne, parfois plus grave que le virus lui-même.
Les infections respiratoires virales se caractérisent par une contamination directe interhumaine, une prédominance hivernale, une incubation courte et des signes liés à l’agression de la muqueuse respiratoire, comme la toux, la rhinite et la laryngite.
Compléments
Les terrains fragilisés comprennent :
Les principaux virus respiratoires cités sont :
★ À maîtriser
Le virus influenza appartient à la famille des Orthomyxoviridae, au genre Influenzavirus et comprend les types A, B et C.
Entre 1918 et 1919, la pandémie de grippe espagnole a fait plus de 40 millions de victimes dans le monde selon les estimations de l’époque.
En 1933, un virus de grippe humaine est isolé.
Compléments
Les textes rapportent en moyenne 3 pandémies grippales par siècle depuis le XVIe siècle.
En 1931, l’agent responsable de la grippe chez le porc est isolé.
En 1940, le virus de la grippe de type B est isolé.
En 1947, le virus de la grippe de type C est isolé.
Une épidémie de toux suivie de pneumonies et d’autres symptômes typiques est décrite dans un document d’Hippocrate consacré au nord de la Grèce, il y a environ 2 400 ans.
Le nom influenza vient de l’expression italienne « influenza di freddo », qui signifie « influence du froid ».
★ À maîtriser
Le virus influenza est enveloppé, possède une capside hélicoïdale et contient un ARN simple brin de polarité négative segmenté, classé dans le groupe V de Baltimore.
L’enveloppe lipidique du virus influenza dérive de la membrane plasmique de la cellule infectée et est fragile face à la température ainsi qu’aux agressions physiques, chimiques et enzymatiques.
La protéine M2 est un tétramère intégré à l’enveloppe qui forme un canal à protons et constitue une cible d’antiviraux spécifiques de l’influenza.
Les deux types de protéines d’enveloppe du virus influenza sont l’hémagglutinine (HA) et la neuraminidase (NA).
L’hémagglutinine est un trimère dont HA1 se fixe spécifiquement aux récepteurs cellulaires constitués d’acide sialique.
La neuraminidase clive la liaison entre l’acide sialique et l’hémagglutinine, ce qui détache les virions bourgeonnants et favorise leur propagation.
Le cycle grippal comprend l’attachement de l’hémagglutinine aux acides sialiques, la pénétration par endocytose suivie de l’acidification et de la fusion membranaire, la libération et la décapsidation des ARN dans le cytoplasme, leur entrée dans le noyau, la réplication et la synthèse protéique, puis le bourgeonnement des virions et leur libération par la neuraminidase.
L’ARN polymérase ARN-dépendante virale copie le génome négatif en ARN positif complémentaire, puis cet ARN positif sert de modèle pour produire de nouveaux ARN négatifs ; elle produit aussi, à partir du génome négatif, des ARN messagers positifs distincts, traduits par la cellule.
Compléments
Les virus influenza A et B possèdent 8 segments d’ARN, tandis qu’Influenzavirus C en possède 7 et provoque des infections souvent inaperçues ou un rhume.
Les types A, B et C se distinguent par l’antigénicité de leurs protéines de capside.
Le virus influenza mesure entre 80 et 120 nm.
La fragilité de l’enveloppe empêche les virus enveloppés de survivre longtemps dans l’air sec, au pH de l’estomac ou aux enzymes intestinales ; ils ne sont donc pas transmis par voie féco-orale.
La protéine de matrice M1 tapisse la face interne de l’enveloppe et contribue à la stabilité du virus.
La sous-unité HA2 de l’hémagglutinine permet la fusion de l’enveloppe virale avec la membrane de l’endosome.
La neuraminidase est une cible d’antiviraux spécifiques du virus influenza.
L’ARN polymérase ARN-dépendante nécessaire à la réplication grippale est d’origine virale et n’existe pas dans la cellule.
★ À maîtriser
Les trois genres de virus grippaux infectant l’être humain sont Influenzavirus A, B et C ; ils diffèrent par les caractères antigéniques des protéines NP et M1.
Chez l’humain, les virus grippaux A, B et C infectent l’appareil respiratoire, se transmettent par voie respiratoire et provoquent une infection symptomatique.
📌 Les variations antigéniques mineures, ou glissements et dérives, résultent de mutations des gènes codant HA et/ou NA et concernent les virus grippaux A et B, tandis que les variations majeures, ou cassures, résultent d’un réassortiment et concernent uniquement le type A.
📌 Après une cassure antigénique, le vaccin existant ne protège pas contre le nouveau virus et doit être renouvelé, tandis qu’après un glissement il reste valable ou contribue à éviter les formes graves.
Compléments
Les oiseaux sont réservoirs des virus grippaux de type A, qui infectent leur système digestif, se transmettent par les excrétas et provoquent une infection silencieuse.
Le porc est sensible au virus grippal A et peut être infecté par des virus aviaires et humains, puis transmettre le virus à l’être humain.
Les glissements antigéniques surviennent environ tous les 3 à 4 ans et sont à l’origine d’épidémies limitées.
Les cassures antigéniques apparaissent brutalement, environ tous les 10 ans, et peuvent provoquer des pandémies; le tableau récapitulatif indique un intervalle de 10 à 30 ans.
Les pandémies grippales recensées sont la grippe espagnole H1N1 de 1918, avec 40 millions de morts et 2 à 4 % de mortalité ; la grippe asiatique H2N2 de 1957 et la grippe de Hong Kong H3N2 de 1968, chacune avec 1 million de morts et 0,1 à 0,2 % de mortalité ; et la pandémie H1N1 de 2009, avec 18 156 décès, 0,02 à 0,03 % de mortalité et 312 décès en France.
Le glissement mute ; la cassure réassortit
★ À maîtriser
La grippe se transmet efficacement par voie respiratoire.
Les épidémies interpandémiques dues aux variations mineures surviennent tous les 2 à 3 ans pour la grippe A et tous les 3 à 6 ans pour la grippe B, touchent 5 à 20 % de la population et surviennent surtout en automne et en hiver dans les pays tempérés.
En France, la surveillance épidémiologique saisonnière de la grippe s’étend du 1er octobre au 30 avril.
Compléments
Les pandémies dues aux variations majeures des virus A surviennent à plus de 10 ans d’intervalle, peuvent toucher 80 à 100 % de la population et entraînent une mortalité élevée chez les personnes âgées et les personnes ayant des déficiences cardiopulmonaires.
La grippe n’est pas une maladie à déclaration obligatoire, mais la circulation des virus grippaux A et B fait l’objet d’une surveillance.
La surveillance mondiale coordonnée par l’OMS s’appuie sur quatre centres mondiaux de référence situés à Atlanta, Londres, Melbourne et Tokyo, ainsi que sur 118 centres nationaux de référence dans 81 pays.
Les réseaux sentinelles permanents regroupent des praticiens de ville, des laboratoires de virologie et des observatoires régionaux de santé, dont les GROG.
📌 La surveillance vise à détecter les variants dès leur apparition afin d’analyser leur dérive.
★ À maîtriser
Une souche grippale est caractérisée par son type, sa ville d’isolement, le numéro de l’isolat, l’année d’isolement et, pour les virus A seulement, les sous-types H et N.
La composition des souches vaccinales est établie chaque année par l’OMS en mars afin que le vaccin soit disponible en septembre.
Les vaccins trivalents préparés sur œufs comprennent : (OMS, 2025-2026) :
Compléments
Dans la désignation d’une souche, l’indication d’un animal comme « chicken » signifie que la souche a été isolée chez cet animal ; en l’absence d’indication, elle provient de l’Homme.
Dans le nom A/Victoria/4897/2022 (H1N1)pdm09, « pdm09 » indique le sous-type H1N1 associé à la pandémie de 2009.
Pour choisir les souches vaccinales, l’OMS observe les souches circulant dans l’autre hémisphère, susceptibles d’arriver ensuite dans l’hémisphère considéré malgré de petites mutations.
En France, la vaccination contre la grippe commence à la mi-octobre et débute par les personnes à risque.
La vaccination contre la grippe n’est pas obligatoire, mais elle est fortement conseillée, surtout pour les personnes à risque.
Le vaccin grippal mentionné redevient trivalent, avec deux souches A et une souche B, après le retrait d’un virus B qui n’avait plus été observé depuis longtemps.
★ À maîtriser
Le virus grippal pénètre par inhalation de microgouttelettes émises par des personnes infectées ou par manuportage, puis se multiplie dans l’arbre respiratoire cilié, du nez aux bronchioles.
L’incubation de la grippe est courte, de 24 à 48 heures, et la multiplication locale entraîne une nécrose de l’épithélium respiratoire cilié ainsi qu’une hypersécrétion de mucus bronchique.
La grippe débute brutalement avec une fièvre pouvant atteindre 40 °C, des douleurs diffuses, des céphalées et des myalgies.
📌 La surinfection bactérienne survient sur un épithélium nécrosé et riche en mucus, tandis que la pneumonie grippale primitive est une atteinte pulmonaire directement causée par le virus.
Compléments
La sécrétion d’interféron et d’interleukine 6 contribue à la fièvre et aux myalgies grippales.
Les signes respiratoires de la grippe sont souvent discrets et comprennent un écoulement nasal, une toux sèche et parfois des douleurs laryngées, pharyngées ou trachéales.
La grippe est généralement bénigne et évolue favorablement en 3 à 7 jours, avec une auscultation pulmonaire normale.
Chez le jeune enfant, une forte fièvre grippale peut provoquer une crise convulsive hyperpyrétique.
La surinfection bactérienne peut entraîner une pneumonie à Staphylococcus aureus et touche notamment les personnes âgées et les patients atteints d’insuffisance respiratoire, cardiaque ou rénale.
La pneumonie grippale primitive atteint des sujets fragilisés, notamment ceux atteints de bronchite chronique, de dilatation des bronches ou de mucoviscidose, ainsi que des femmes enceintes, mais peut aussi toucher des sujets en pleine force de l’âge.
Nécrose de l’épithélium cilié → mucus abondant et risque de surinfection bactérienne
★ À maîtriser
📌 Pour rechercher directement le virus grippal, les prélèvements doivent être effectués précocement, dans les 48 heures ; le virus est rarement isolé après 96 heures.
📌 Le diagnostic direct recherche le virus ou l’un de ses constituants, tandis que le diagnostic indirect recherche des anticorps.
Compléments
Les prélèvements possibles sont :
Les tests unitaires rapides détectent le virus par immunochromatographie ou par technique immunoenzymatique, donnent un résultat en 5 à 20 minutes et sont coûteux et peu fiables.
En culture cellulaire MDCK, le virus grippal ne produit pas d’effet cytopathique visible ; après 72 heures, une immunofluorescence directe est réalisée avec des anticorps monoclonaux anti-A et anti-B.
La RT-PCR permet de détecter les types et sous-types grippaux, tandis que le séquençage identifie les variants à partir du génome amplifié par RT-PCR.
📌 La RT-PCR est utilisée pour le diagnostic virologique, tandis que le séquençage sert à identifier les variants et à contribuer à la préparation des vaccins, et non au diagnostic individuel.
Le diagnostic indirect met en évidence l’élévation du taux d’anticorps en comparant deux sérums prélevés à 15 jours d’intervalle, le premier étant recueilli 4 à 7 jours après le début des symptômes.
La recherche indirecte des anticorps n’a pas d’intérêt en pratique quotidienne et est utilisée pour les études épidémiologiques.
★ À maîtriser
L’efficacité du vaccin antigrippal est généralement estimée entre 40 et 60 %, avec une protection contre les formes graves.
Les antiviraux antigrippaux mentionnés, notamment les inhibiteurs de la neuraminidase et les adamantanes, ne sont plus utilisés ni prescrits aujourd’hui.
Les vaccins antigrippaux sont préparés sur œufs, en culture cellulaire, ou à base de protéines recombinantes ou d’acides nucléiques.
Compléments
📌 Le traitement symptomatique de la grippe repose notamment sur le paracétamol et l’aspirine contre la fièvre et les douleurs, tandis que les sirops antitussifs peuvent seulement soulager sans guérir la grippe.
Les inhibiteurs de la neuraminidase cités sont l’oseltamivir (Tamiflu®) et le zanamivir (Relenza®) ; ils se fixent sur le site catalytique de l’enzyme, gênent la pénétration virale et empêchent le détachement des virions néosynthétisés.
L’amantadine et son dérivé rimantadine sont des adamantanes qui inhibent la protéine M2 des virus influenza A en bloquant son activité ionique transmembranaire, le canal H+.
La production d’un vaccin antigrippal inactivé sur œufs comprend la culture d’une souche par œuf embryonné, la récolte du liquide allantoïdien, puis l’inactivation, la fragmentation et la purification du virus.
Les vaccins antigrippaux préparés sur œufs utilisent trois souches définies par l’OMS : deux souches A et une souche B.
Flucelvax Tetra, préparé en culture cellulaire à partir de cellules souches puis filtré et inactivé, est autorisé en Europe en cas d’allergie à l’œuf.
Les vaccins à base de protéines recombinantes ou d’acides nucléiques sont produits dans des cellules d’insectes ou des bactéries, puis purifiés.
En France, la Haute Autorité de santé (HAS) décide des vaccins.
★ À maîtriser
Les quatre groupes antigéniques des coronavirus sont alpha, bêta, gamma et delta ; seuls les groupes alpha et bêta peuvent infecter l’être humain. - Kin et Vabret, 2016
Le SARS-CoV-2 est une particule de 80 à 120 nm contenant un ARN génomique simple brin positif du groupe IV, d’une taille de 30 kb.
Compléments
Dans le SARS-CoV-2, la protéine N forme avec l’ARN une nucléocapside de type hélicoïdal, Spike S intervient dans l’entrée, la membrane M dans l’assemblage et l’enveloppe E dans l’assemblage et la sécrétion. - Gu, 2020
L’hémagglutinine-estérase HE est présente uniquement chez les bêtacoronavirus.
La protéine Spike s’ancre sur ACE2 comme une clé sur un récepteur.
★ À maîtriser
Compléments
B814 (1965) → 229E (1966) → OC43 (1967) → SARS-CoV (2002).
★ À maîtriser
Compléments
Le MERS-CoV provoque des épidémies localisées plutôt qu’une pandémie, se transmet mal et reste actif.
Le bilan mondial rapporté pour la COVID-19 dépasse 770 000 000 cas et 7 000 000 décès.
★ À maîtriser
📌 Parmi les sept coronavirus humains, HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63 et HCoV-HKU1 sont associés à une pathogénicité modérée, tandis que SARS-CoV, MERS-CoV et SARS-CoV-2 sont associés à une pathogénicité sévère.
Le diagnostic direct repose sur un prélèvement nasopharyngé réalisé avec un écouvillon, puis sur le conditionnement de l’échantillon sous triple emballage.
En France, la RT-PCR du SARS-CoV-2 cible le gène E, commun à tous les bêtacoronavirus, et le gène RdRp, spécifique du SARS-CoV-2.
Le test sérologique sur prélèvement sanguin détecte la présence d’anticorps IgG ou IgM et donne un résultat en 15 à 30 minutes.
📌 Le test sérologique ne détecte pas l’infection pendant les 5 à 7 premiers jours d’incubation.
Compléments
Les coronavirus humains à pathogénicité modérée provoquent notamment des rhumes, des maux de tête, des maux de gorge, de la toux et de la fièvre.
Les manifestations associées comprennent :
Chaque kit de RT-PCR est validé par le Centre national de référence (CNR), et le résultat est transmis en quelques heures à quelques jours.
L’autotest du SARS-CoV-2 repose sur un prélèvement nasopharyngé, coûte peu cher et fournit un résultat en 15 à 30 minutes.
En épidémiologie, la sérologie sert à estimer la part de la population infectée depuis le début de la pandémie, le nombre de cas asymptomatiques et le coefficient de contamination R0.
Le scanner ou la radiographie des poumons peut montrer une pneumonie atypique associée à la COVID-19.
La perte du goût et de l’odorat a été un symptôme très évocateur de la COVID-19 au début de la pandémie, mais elle a disparu avec les variants.
Quatre coronavirus donnent surtout des rhumes ; trois peuvent provoquer des pneumonies graves.
★ À maîtriser
Avant la pandémie de COVID-19, aucun traitement ni vaccin contre les infections à coronavirus n’était disponible sur le marché.
À partir de 2021, plusieurs vaccins anti-SARS-CoV-2 ont reçu une autorisation de mise sur le marché et de vastes campagnes de vaccination ont été menées dans le monde.
Le Paxlovid® associe le nirmatrelvir et le ritonavir ; son AMM date de 2022, il a peu d’effets secondaires et diminue le risque de formes graves de la maladie.
Compléments
Des anticorps bloquent la liaison Spike-ACE2 → l’entrée du virus dans la cellule est empêchée.
★ À maîtriser
Compléments
📌 Les vaccins à ARNm évitent de cultiver les agents pathogènes en laboratoire, ce qui accélère nettement leur mise au point, mais l’ARN messager peut se dégrader rapidement et doit être conservé à très basse température.
Les vaccins à vecteur viral recombiné non réplicatif utilisent notamment un adénovirus de chimpanzé inoffensif pour l’homme ou un adénovirus humain 26 rare.
Les vaccins à vecteur viral utilisent des adénovirus peu communs afin que la population ait peu ou pas d’immunité préalable contre le vecteur et que le système immunitaire ne l’attaque pas.
Nuvaxovid (Novavax), autorisé le 1/3/2022, est un vaccin à protéine purifiée qui contient une version du RBD de Spike produite par ADN recombinant dans un système d’expression du baculovirus en lignée cellulaire d’insecte, puis purifiée.
Les anticorps monoclonaux cités sont :
Ronapreve et Xevudy ne sont plus ou pratiquement plus utilisés parce qu’ils ont perdu leur activité sur les variants.
En décembre 2024, l’Agence européenne du médicament a recommandé d’éviter les anticorps monoclonaux devenus moins efficaces sur les variants, à l’exception d’un anticorps indiqué en prévention chez certains patients immunodéprimés.
Glissements et cassures antigéniques
| Caractéristique | Glissement | Cassure |
|---|---|---|
| Types concernés | A et B | A uniquement |
| Mécanisme | Mutations ponctuelles de HA et/ou NA | Réassortiment génétique |
| Conséquence | Épidémies | Pandémies |
| Vaccin | Reste valable ou limite les formes graves | Vaccin existant périmé |
Teste tes connaissances sur Grippe et coronavirus humains avec 41 questions à choix multiples et corrections détaillées.
1. Dans une série de 100 causes d’infection respiratoire aiguë, quelle interprétation des données sur les virus et leurs effets locaux est exacte ?
2. Une personne présente en hiver une toux après un contact direct avec un malade ; quelle(s) caractéristique(s) des infections respiratoires virales s’applique(nt) ?
Mémorisez les concepts clés de Grippe et coronavirus humains avec 97 flashcards interactives.
Quelle proportion des causes d’infection respiratoire aiguë est attribuée aux virus ?
80 % des causes.
Quelle partie de l’organisme les virus responsables d’infections respiratoires ciblent-ils ?
L’arbre respiratoire.
Où se localisent les infections respiratoires virales ?
À la muqueuse respiratoire.
Importe ton cours et l'IA génère fiches, QCM et flashcards en 30 secondes.
Générateur de fiches