Fiche de révision : Signes infectieux et prélèvements microbiologiques

Plan du Cours

  1. Maladie infectieuse et flores commensales
  2. Flores microbiennes de l’organisme
  3. Signes de l’infection et inflammation
  4. Rôle du laboratoire et de l’infirmier
  5. Règles préanalytiques des prélèvements
  6. Prélèvements urinaires et ECBU
  7. Selles et hémocultures
  8. Paludisme et ponction lombaire
  9. Prélèvements respiratoires et ORL
  10. Prélèvements génitaux et cutanés
  11. Suppurations, transport et sécurité

1. Maladie infectieuse et flores commensales

Notions clés & Définitions

  • Maladie infectieuse : État pathologique induit par un agent infectieux, résultant d’une rupture d’équilibre entre l’hôte et l’agent infectieux et provoquant des lésions chez l’hôte infecté.
  • Bactérie opportuniste : Également dite saprophyte dans le cours, provoque des troubles chez les sujets affaiblis, notamment en raison de l’âge ou d’une immunodéficience.

Points essentiels

  • Les agents infectieux comprennent:
    • les bactéries
    • les virus
    • les champignons
    • les parasites
    • les prions

📌 Les bactéries commensales sont hébergées par l’hôte sans provoquer de troubles, tandis que les bactéries pathogènes provoquent des troubles chez l’hôte.

Astuce mémo

Commensale sans trouble, pathogène avec trouble, opportuniste si l’hôte est affaibli

2. Flores microbiennes de l’organisme

★ À maîtriser

  • La flore cutanée comprend notamment:

    • des staphylocoques
    • des streptocoques
    • des corynébactéries
    • des entérobactéries
    • Pseudomonas aeruginosa
    • des anaérobies
  • La flore transitoire est souvent abondante sur les mains et joue un rôle dans la transmission croisée.

  • L’arbre respiratoire inférieur, constitué de la trachée, des bronches et des bronchioles, est stérile.

  • Le côlon contient 10^11 à 10^12 UFC/g de selles, principalement des anaérobies, ainsi que des entérobactéries et des streptocoques.

Compléments

  • La flore ORL comprend notamment:
    • Staphylococcus aureus
    • des streptocoques
    • Haemophilus
    • Neisseria
    • Moraxella catarrhalis
    • des lactobacilles
    • des anaérobies
    • Actinomyces

3. Signes de l’infection et inflammation

Points essentiels

  • La réaction inflammatoire est déclenchée par la reconnaissance de l’agent pathogène et la lésion tissulaire, puis recrute des molécules et des cellules effectrices, limite l’extension de l’infection et favorise la réparation des tissus endommagés.

  • Les signes cliniques comprennent:

    • la douleur
    • la rougeur
    • la chaleur
    • l’œdème
    • la fièvre
    • l’asthénie
    • l’amaigrissement
    • l’altération de l’état général
  • Les signes biologiques d’infection et d’inflammation comprennent une hyperleucocytose avec augmentation des polynucléaires neutrophiles et des monocytes, une CRP augmentée au-delà de la normale de 5 mg/L et une PCT augmentée au-delà de la normale de 0,5 ng/mL.

📌 Le diagnostic direct détecte l’agent infectieux ou ses constituants, tandis que le diagnostic indirect détecte une réponse immunitaire spécifique à l’agent suspecté.

Astuce mémo

Reconnaissance de l’agent et lésion → inflammation, barrière et réparation

4. Rôle du laboratoire et de l’infirmier

★ À maîtriser

  • 🔄 Le processus de prélèvement comprend: la prescription médicale, la préparation du patient et du matériel, le prélèvement des échantillons biologiques, le stockage des échantillons, la vérification et l’identification des échantillons, l’acheminement et la réception au laboratoire, l’analyse des échantillons

  • La demande d’examen doit mentionner: les nom, prénom, date de naissance, nom de naissance et sexe du patient, le nom du prescripteur, la date et l’heure du prélèvement, l’identité du préleveur, la nature exacte de l’échantillon et du site prélevé, les renseignements cliniques

Compléments

  • La norme ISO EN NF 15189 encadre les exigences du laboratoire afin de garantir des résultats d’examens fiables et justes et d’améliorer le service rendu aux patients et aux prescripteurs.

Astuce mémo

Prescrire → préparer → prélever → identifier → acheminer → analyser

5. Règles préanalytiques des prélèvements

★ À maîtriser

📌 Les prélèvements microbiologiques à visée diagnostique doivent être réalisés le plus tôt possible, avant l’antibiothérapie, avec une technique stérile et un transport rapide au laboratoire.

📌 Les sites normalement stériles, comme le sang, le liquide céphalo-rachidien, les liquides internes et les biopsies, n’ont pas de flore commensale et toute bactérie présente est significative, contrairement aux prélèvements fortement colonisés où la présence bactérienne n’est pas nécessairement significative.

Compléments

  • Le matériel comprend notamment:
    • les flacons d’hémoculture
    • les systèmes de prélèvement sanguin
    • les pots et poches pour urines ou selles
    • les écouvillons

6. Prélèvements urinaires et ECBU

Notions clés & Définitions

  • ECBU : Examen destiné au diagnostic d’une infection urinaire basse ou haute à partir d’urines vésicales normalement stériles.

Points essentiels

  • Pour un recueil urinaire de milieu de jet, il faut utiliser les urines du matin ou recueillies après 4 heures de stase, réaliser une toilette, éliminer les 20 premiers millilitres, recueillir les 20 à 30 millilitres suivants, transférer dans un tube boraté, puis identifier le prélèvement et noter l’heure.

📌 Un ECBU doit parvenir au laboratoire en moins de 2 heures ou être conservé à 4 °C pendant 12 heures au maximum, notamment dans un milieu de transport contenant de l’acide borique et en respectant le volume requis.

📌 Pour un ECBU sur sonde à demeure, il ne faut jamais prélever dans le sac collecteur ni rompre le système clos, mais clamper le tuyau pendant 15 minutes, désinfecter le site dédié et prélever avec un adaptateur.

Astuce mémo

Toiletter → éliminer le premier jet → recueillir le milieu → transférer → identifier

7. Selles et hémocultures

Notions clés & Définitions

  • Coproculture : Examen destiné au diagnostic d’une diarrhée définie par au moins 3 selles liquides ou molles par jour.

★ À maîtriser

  • La coproculture recherche a minima:

    • Salmonella
    • Shigella
    • Campylobacter
    • Yersinia
  • Une hémoculture diagnostique une bactériémie, une fongémie ou une endocardite infectieuse et consiste à ensemencer des flacons aérobies et anaérobies après une ponction veineuse ou sur dispositif intravasculaire.

  • Lors d’une hémoculture, chaque flacon reçoit 8 à 10 mL de sang et les flacons sont prélevés avant le reste du bilan.

Compléments

📌 Pour une coproculture, il faut recueillir une noix de selles dès émission et avant l’antibiothérapie, dans un pot hermétiquement fermé, puis l’acheminer rapidement ou la conserver au maximum 12 heures à 4 °C.

8. Paludisme et ponction lombaire

★ À maîtriser

📌 Toute fièvre au retour des tropiques doit être considérée a priori comme potentiellement palustre et nécessite une consultation en urgence, notamment en raison du risque de neuropaludisme grave à Plasmodium falciparum.

  • La recherche du paludisme comprend:

    • les antigènes solubles
    • le frottis mince
    • la goutte épaisse
  • Les schémas de chimioprophylaxie sont:

    • doxycycline : de la veille du départ jusqu’à 28 jours après le retour
    • atovaquone-proguanil : de 24 heures avant l’arrivée jusqu’à 7 jours après le retour
    • méfloquine : 10 jours avant le départ jusqu’à 3 semaines après le retour

📌 La ponction lombaire est un acte médical en urgence absolue en cas de suspicion de méningite et doit être réalisée avant l’antibiothérapie si possible, avec trois tubes stériles représentant 2 à 5 mL au total.

Compléments

  • En France, environ 5 000 à 6 000 cas de paludisme surviennent chaque année, 87 % des cas importés proviennent d’Afrique subsaharienne et 87 % sont dus à Plasmodium falciparum.

9. Prélèvements respiratoires et ORL

★ À maîtriser

  • 🔄 Le prélèvement rhinopharyngé suit les étapes suivantes: maintenir la tête droite, introduire délicatement l’écouvillon en suivant le plancher de la fosse nasale, progresser contre la cloison jusqu’à la paroi postérieure du rhinopharynx, effectuer des mouvements de rotation

  • Le frottis nasopharyngé recherche notamment:

    • le VRS
    • la grippe
    • la coqueluche
    • le SARS-CoV-2
    • Mycoplasma pneumoniae

Compléments

📌 Pour un ECBC, l’expectoration est recueillie le matin au réveil après rinçage bucco-dentaire et effort de toux, dans un flacon stérile, puis acheminée en moins de 2 heures.

📌 Le lavage broncho-alvéolaire est un prélèvement protégé réalisé par bronchoscope après instillation puis réaspiration de sérum physiologique, tandis que l’aspiration trachéale ou bronchique expose davantage à la contamination salivaire.

10. Prélèvements génitaux et cutanés

Points essentiels

  • Les prélèvements génitaux chez l’homme comprennent le frottis urétral, les prélèvements d’ulcérations et le premier jet d’urines, tandis que chez la femme ils comprennent les prélèvements vulvaires, vaginaux, endocervicaux, de stérilet, du premier jet d’urines, d’ulcérations et des glandes de Bartholin.

  • Les principaux agents recherchés sont:

    • le gonocoque
    • Candida albicans
    • Trichomonas
    • Herpès
    • Chlamydia

📌 Pour une lésion cutanée inflammatoire, une morsure, une ulcération, une escarre, une lésion nécrotique ou une lésion unguéale, il faut privilégier l’aspiration ou la biopsie après désinfection plutôt qu’un écouvillon.

  • Le dépistage du SARM utilise un écouvillonnage nasal, des plaies chroniques ou des aisselles, tandis que le dépistage des BLSE, ERG et EPC utilise un écouvillonnage anal ou des selles.

11. Suppurations, transport et sécurité

★ À maîtriser

📌 Les suppurations fermées et les liquides d’épanchement doivent être prélevés par acte médical avec une seringue stérile, sans air, puis acheminés en moins de 2 heures ; les écouvillons sont à bannir.

  • Le transport des échantillons exige un récipient primaire étanche et résistant, un emballage secondaire solide et étanche avec matériau absorbant si nécessaire, puis un emballage extérieur conforme à l’ADR.

  • 🔄 À la réception, le laboratoire vérifie: l’identification et la concordance avec la demande, la conformité de la demande, la qualité et la quantité du prélèvement, les délais et conditions d’acheminement, l’acceptation ou le refus de la demande

  • Les précautions standard comprennent: l’hygiène des mains, le port de gants, la gestion des DASRI, la gestion des objets perforants, la gestion des déchets assimilés aux ordures ménagères, la prévention des accidents d’exposition au sang

Compléments

  • La température habituelle de transport des échantillons est de 15 à 25 °C, avec des sacs isothermes et des gel packs à 2 à 8 °C lorsque les conditions l’exigent.

Astuce mémo

Prélever stérilement → emballer → transporter → réceptionner → accepter ou refuser

Tableaux de synthèse

Diagnostic direct et indirect

TypeÉlément recherchéExemples
DirectAgent infectieux ou constituantsHémoculture, ECBU, coproculture
IndirectRéponse immunitaire spécifiqueRéponse immunitaire dirigée contre l’agent suspecté

Significativité des prélèvements

SiteFlore commensaleInterprétation
Site normalement stérileNonToute bactérie est significative
Urines, prélèvements respiratoires, spermeOuiSeuil de significativité nécessaire
Peau, selles, muqueuses, gorgeOuiPrésence bactérienne non nécessairement significative

Teste tes connaissances

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1. Qu’est-ce qui caractérise une maladie infectieuse ?

2. Lequel de ces groupes réunit exclusivement des catégories d’agents infectieux ?

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Qu'est-ce qu'une maladie infectieuse ?

Un état pathologique causé par un agent infectieux provoquant des lésions.

Quels types d'agents infectieux existent ?

Les bactéries, virus, champignons, parasites et prions.

Quelle différence entre bactéries commensales et pathogènes ?

Les commensales ne causent pas de troubles, les pathogènes en causent.

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