Fiche de révision : Tests génétiques et leurs indications

Plan du Cours

  1. Définition et enjeux des maladies rares
  2. Organisation des filières et priorités du quatrième plan maladies rares
  3. Bases de données et génomique
  4. Évoquer une étiologie génétique
  5. Rôle du généticien et tests
  6. Transmission récessive liée à l’X
  7. Exercice et équipe de génétique clinique
  8. Laboratoire et réseaux de génétique
  9. Partage des données, génétique, hérédité multifactorielle et épigénétique
  10. Choix des analyses génétiques
  11. Moment et modalités du diagnostic
  12. Tests constitutionnels et somatiques en génétique et cancérologie
  13. Prescription et interprétation des examens
  14. Conseil génétique et prise en charge
  15. Découvertes incidentes en génétique

1. Définition et enjeux des maladies rares

Notions clés & Définitions

  • Maladie rare : Une maladie est dite rare lorsqu’elle touche moins d’une personne sur 2 000.

★ À maîtriser

  • Environ 7 000 maladies rares sont recensées, et 80 % d’entre elles sont d’origine génétique.

  • En France, plus de 3 millions de personnes sont concernées par une maladie rare.

  • L’errance diagnostique des maladies rares dure généralement 4 à 6 ans, parfois davantage.

Compléments

  • En Europe, plus de 30 millions de personnes sont concernées par une maladie rare.

  • Selon les chiffres présentés du Généthon, environ une personne sur deux atteinte d’une maladie rare reçoit un diagnostic.

2. Organisation des filières et priorités du quatrième plan maladies rares

Notions clés & Définitions

  • Exome : Ensemble des exons de tous les gènes d’une personne.

★ À maîtriser

  • Les plans maladies rares organisent des structures spécialisées à différentes échelles, du territoire et des CHU jusqu’à la région et au niveau national.

  • La France compte 23 filières de santé maladies rares, qui regroupent des domaines tels que les anomalies du développement, les pathologies neurologiques, auto-immunes et hépatiques.

📌 Les centres de référence associent diagnostic, soins et recherche, tandis que les centres de compétences assurent le diagnostic et les soins sans activité de recherche.

  • Le quatrième plan vise à : améliorer le parcours de vie et de soins, augmenter le nombre de centres de référence, augmenter le nombre de centres de compétences, développer les plateformes d’expertise des maladies rares, développer l’éducation thérapeutique

📌 Les traitements des maladies rares doivent rester accessibles, quels que soient le pays et les ressources financières du patient, et l’accès aux essais thérapeutiques doit aussi être possible.

  • Le dépistage néonatal est passé d’environ cinq ou six maladies recherchées à une quinzaine, avec le test de Guthrie réalisé sur un prélèvement au talon.

  • Grâce au centre de référence, des traitements peuvent être commencés en métropole ou dans de grands centres, puis récupérés à La Réunion avec autorisation.

Compléments

  • Les plans nationaux consacrés aux maladies rares ont commencé en 2005, et le quatrième plan est en cours.

  • AnDDI-Rares est une filière et un centre de référence consacrés aux anomalies du développement, notamment présentes à La Réunion.

  • Le développement de traitements pour de petits nombres de patients est peu incitatif pour les laboratoires, et les thérapies géniques peuvent être extrêmement coûteuses.

  • Périgénomette est une expérimentation menée dans plusieurs CHU métropolitains pour dépister notamment des maladies métaboliques, dont certaines peuvent bénéficier d’un régime adapté ou d’un traitement.

  • La plupart des CHU peuvent réaliser un exome, mais l’analyse du génome entier est effectuée dans deux laboratoires, l’un à Lyon et l’autre à Paris.

  • Le séquençage à haut débit nécessite des plateformes de laboratoire équipées et coûteuses.

  • Le séquençage d’un génome coûte actuellement environ 1 000 €, tandis qu’un caryotype coûte environ 300 €.

  • Pour garantir l’équité d’accès à un essai thérapeutique organisé à Paris, un enfant vivant à Saint-André peut devoir s’y rendre, ce qui entraîne des frais de voyage et d’hébergement.

3. Bases de données et génomique

★ À maîtriser

  • La BNDMR, ou Banque Nationale des Données Maladies Rares, recueille une fiche clinique pour les patients atteints de maladies rares.

  • Les données de la BNDMR permettent de dénombrer les patients atteints d’une pathologie, de décrire leurs signes cliniques et leur phénotype, de comparer les patients réunionnais et d’interpréter les résultats génétiques.

Compléments

  • La collecte de données est importante pour étudier des pathologies encore mal connues et découvrir de nouveaux gènes, y compris en 2026.

  • Le plan France Médecine Génomique 2025, toujours en cours, dispose de deux plateformes de séquençage situées à Paris et à Lyon.

  • À La Réunion, les prélèvements destinés à un séquençage du génome sont envoyés à AURAGEN, à Lyon.

📌 Un séquençage du génome n’est envoyé dans un centre qu’après vérification que le patient répond aux indications prévues.

4. Évoquer une étiologie génétique

★ À maîtriser

📌 Des antécédents familiaux de maladie génétique doivent faire évoquer une étiologie génétique.

📌 L’association de signes cliniques difficiles à relier entre eux, notamment de signes physiques et mentaux, doit faire envisager une maladie génétique.

  • Les maladies génétiques peuvent toucher plusieurs appareils et concerner toutes les spécialités médicales, en particulier lorsqu’une anomalie chromosomique englobe plusieurs gènes.

Compléments

  • Les maladies génétiques peuvent être détectées pendant la grossesse, dans l’enfance ou à l’âge adulte, comme l’illustrent respectivement les diagnostics prénataux, la polykystose et la maladie de Huntington.

Astuce mémo

Des signes associés et multisystémiques → penser à une maladie génétique.

5. Rôle du généticien et tests

Notions clés & Définitions

  • Test prédictif : Un test prédictif recherche une prédisposition génétique associée à un risque accru de développer une maladie, sans établir que la personne la développera forcément.
  • Test présymptomatique : Un test présymptomatique recherche une mutation qui, dans l’exemple de la maladie de Huntington, signifie que la personne développera la maladie, sans permettre de prévoir l’âge d’apparition.
  • Porteur sain : Un porteur sain possède un allèle associé à une maladie récessive sans être lui-même malade.

★ À maîtriser

  • Le médecin généticien suit des patients atteints et leurs familles, notamment des apparentés non atteints qui s’interrogent sur leur statut génétique.

  • Dans une maladie autosomique récessive, deux parents hétérozygotes porteurs sains peuvent avoir un enfant malade s’il reçoit l’allèle malade de chacun et a le génotype aa.

Compléments

  • Après la découverte d’une pathologie génétique, le suivi décrit comprend deux à trois consultations la première année, deux la deuxième année, puis un bilan annuel.

  • Le suivi génétique permet de tenir compte de l’évolution des moyens technologiques et de guider les médecins généralistes sur les vérifications à effectuer aux différentes étapes de la vie.

  • Dans l’exemple présenté, la maladie de Huntington est autosomique dominante et comporte une probabilité de transmission de 50 %.

  • La notion de porteur sain concerne les maladies autosomiques récessives et les maladies récessives liées à l’X, pour lesquelles les femmes peuvent être conductrices.

  • Les frères et sœurs d’un enfant atteint d’une maladie autosomique récessive peuvent être porteurs sains, comme dans la mucoviscidose, l’amyotrophie spinale et le syndrome RAVINE conçu à La Réunion.

Astuce mémo

Prédictif : risque accru ; présymptomatique : maladie qui se développera.

6. Transmission récessive liée à l’X

★ À maîtriser

  • Dans les maladies récessives liées à l’X, comme l’hémophilie A ou B et la myopathie de Duchenne, les garçons XY peuvent développer la maladie lorsqu’ils portent la mutation sur leur unique chromosome X.

📌 Une mère d’un garçon atteint d’une maladie récessive liée à l’X peut être conductrice, avec un X muté et un X fonctionnel, ou ne pas être conductrice si la mutation est apparue de novo dans le gamète ou le zygote.

Compléments

  • Un test génétique peut déterminer si la mère d’un enfant atteint est conductrice et contribuer à évaluer le risque pour une grossesse ultérieure.

7. Exercice et équipe de génétique clinique

★ À maîtriser

  • La génétique médicale s’exerce principalement dans les centres hospitaliers universitaires (CHU), où les consultations longues et les équipements spécialisés peuvent être réunis.

  • Le conseiller en génétique est un professionnel non médecin, formé notamment par un master professionnel de conseil génétique de deux ans.

  • Le conseiller en génétique recueille l’histoire personnelle et familiale, construit l’arbre généalogique, évalue une possible prédisposition héréditaire et explique le mode de transmission ainsi que le risque de récurrence.

📌 Sous la responsabilité d’un médecin, le conseiller en génétique peut participer à la prescription et à la restitution des résultats, mais il ne pose pas seul le diagnostic médical génétique.

Compléments

  • Une consultation de génétique dure au moins une heure et parfois une heure trente, notamment lors de l’annonce prénatale d’une maladie génétique.

  • Le Plan national maladies rares vise un accès géographique, temporel et financier aux diagnostics et aux soins, quel que soit le lieu de résidence du patient.

  • La génétique médicale intervient notamment dans les domaines suivants :

    • cardiologie
    • néphrologie
    • neurologie
    • cancérologie
  • Un service de génétique clinique peut réunir :

    • des médecins
    • des cadres de santé
    • des secrétaires
    • des agents de service
    • une psychologue
    • une assistante sociale
  • Pour un enfant atteint de myopathie de Duchenne qui marche encore à cinq ans, l’assistante sociale peut aider à anticiper les démarches administratives, l’aménagement du logement et les besoins matériels liés à l’évolution de la maladie.

  • En oncogénétique, l’analyse de l’arbre familial d’une personne dont plusieurs proches ont eu un cancer du sein peut aider à déterminer si une recherche de prédisposition est pertinente.

8. Laboratoire et réseaux de génétique

★ À maîtriser

  • Les bio-informaticiens comparent les données génétiques à une séquence de référence et à des bases de données pour repérer les variants susceptibles d’expliquer le tableau clinique.

📌 La détection d’un variant ne suffit pas à établir qu’il est responsable de la maladie : les médecins confrontent les variants candidats aux signes présents ou absents chez le patient.

Compléments

  • Un laboratoire de génétique peut associer : des médecins généticiens, des biologistes médicaux formés à la génétique, des ingénieurs, des bio-informaticiens

  • Pour un patient atteint d’épilepsie, un variant touchant un gène exprimé dans le cerveau et impliqué dans la migration neuronale peut être étudié en fonction de son effet possible sur la protéine correspondante.

  • Les échanges collectifs comprennent : les réunions de service, les réunions autour du diagnostic prénatal avec le CPDPN, les échanges autour de l’interprétation des génomes, les réunions de concertation pluridisciplinaire (RCP)

  • Les associations de patients et de familles contribuent aux Plans maladies rares, apportent une connaissance de l’impact quotidien des maladies et aident à maintenir le lien avec les patients devenus adultes.

  • Les protocoles nationaux de diagnostic et de soins de la Haute Autorité de santé et le portail Orphanet renseignent les professionnels sur les examens de surveillance et leur périodicité.

  • Orphanet fournit des informations sur :

    • les maladies rares
    • les prises en charge
    • les essais thérapeutiques
    • les associations
    • les centres spécialisés

9. Partage des données, génétique, hérédité multifactorielle et épigénétique

Notions clés & Définitions

  • Maladie multifactorielle : Une maladie multifactorielle résulte de l’association d’une prédisposition génétique et de facteurs environnementaux, sans qu’une variation génétique de susceptibilité suffise nécessairement à provoquer la maladie.
  • Épigénétique : L’épigénétique correspond à des modifications de la régulation de l’expression des gènes sans modification de la séquence nucléotidique elle-même.

★ À maîtriser

📌 Le partage d’informations entre spécialistes doit respecter le secret professionnel et les règles du parcours de soins ; le patient doit être informé des destinataires des courriers et son accord doit être recueilli lorsqu’il est requis.

📌 Une maladie génétique peut résulter d’une anomalie chromosomique, qui modifie le nombre ou la structure des chromosomes, ou d’une anomalie génique, qui touche la séquence ou le fonctionnement d’un gène.

  • Les quatre modes de transmission mendéliens sont :
    • autosomique dominant
    • autosomique récessif
    • dominant lié à l’X
    • récessif lié à l’X

📌 La présence d’une maladie chez plusieurs membres d’une famille ne démontre pas à elle seule une transmission mendélienne, et une apparition très précoce ne prouve pas une origine monogénique.

Compléments

📌 Pour un enfant, les échanges d’informations concernant le parcours de soins se font avec ses représentants légaux.

📌 L’envoi d’images médicales identifiantes par une messagerie personnelle comme WhatsApp n’est pas acceptable sans garanties de confidentialité et de sécurité.

  • Les syndromes de Prader-Willi et d’Angelman illustrent une anomalie de l’empreinte parentale, dont les conséquences diffèrent selon le parent d’origine du chromosome.

  • Les maladies liées à l’ADN mitochondrial présentent habituellement une transmission maternelle, car les mitochondries de l’embryon proviennent essentiellement de l’ovocyte.

  • Parmi les maladies multifactorielles figurent :

    • l’hypertension artérielle
    • l’obésité
    • le diabète
    • certains troubles psychiatriques
  • L’environnement peut agir sur la méthylation de l’ADN, les histones et certains ARN régulateurs, modifiant ainsi l’activité des gènes.

Astuce mémo

Prédisposition génétique et exposition partagée ne prouvent pas une transmission mendélienne

10. Choix des analyses génétiques

★ À maîtriser

📌 Le choix d’un examen génétique dépend de la nature de l’anomalie suspectée et de la précision de l’hypothèse clinique : une anomalie chromosomique de grande taille et un variant ponctuel génique requièrent des approches différentes.

  • Le caryotype conventionnel recherche les anomalies du nombre et les remaniements chromosomiques de grande taille, notamment les trisomies.

  • La FISH recherche une anomalie ciblée d’une région chromosomique au moyen d’une sonde choisie selon la suspicion clinique.

  • L’ACPA recherche sur l’ensemble du génome des pertes ou des gains de matériel chromosomique, notamment des microdélétions et des microduplications.

📌 Le séquençage Sanger convient à la recherche ciblée d’un variant précis fortement suspecté, comme le variant récurrent de FGFR3 dans l’achondroplasie.

Compléments

  • Une trisomie entière oriente vers le caryotype, une microdélétion localisée vers une FISH ciblée et des anomalies physiques multiples sans syndrome reconnu vers une ACPA.

  • Le NGS peut explorer largement un seul gène lorsque de nombreux variants sont possibles, comme dans la myopathie de Duchenne ou la mucoviscidose.

  • Un panel NGS étudie simultanément plusieurs gènes susceptibles de provoquer un même tableau, comme dans le syndrome de Bardet-Biedl ou les myopathies.

  • Lorsque l’hypothèse génique reste indéterminée, la recherche peut progresser du séquençage de l’exome, qui cible principalement les régions codantes, à l’analyse du génome entier selon l’indication.

11. Moment et modalités du diagnostic

★ À maîtriser

  • Une maladie génétique peut se manifester pendant la grossesse, dans l’enfance ou à l’âge adulte ; l’absence de signes pendant l’enfance ne l’exclut donc pas.

📌 Le diagnostic postnatal est réalisé après la naissance devant des symptômes ou dans le cadre d’une recherche familiale, tandis que le diagnostic prénatal est effectué pendant la grossesse en cas de suspicion ou de risque familial identifié.

  • La biopsie de villosités choriales, ou prélèvement de trophoblaste, est présentée comme possible à partir d’environ 12 semaines d’aménorrhée.

  • L’amniocentèse est présentée comme possible à partir d’environ 16 semaines d’aménorrhée.

Compléments

  • La trisomie 21 peut être repérée pendant la grossesse, la myopathie de Duchenne apparaît notamment dans l’enfance et la maladie de Huntington peut se déclarer à l’âge adulte.

  • Le diagnostic préimplantatoire étudie des cellules d’un embryon à un stade précoce, dans le cadre d’une assistance médicale à la procréation, avant son transfert.

  • Le prélèvement sanguin est le prélèvement le plus fréquent après la naissance ; la salive ou un frottis buccal peut fournir de l’ADN pour une analyse moléculaire, mais ne remplace pas le sang ou une culture cellulaire pour un caryotype classique.

  • Les antécédents familiaux, une anomalie chromosomique ou génique connue chez un parent et la consanguinité peuvent conduire à discuter des tests préconceptionnels pour préciser le risque de transmission et proposer une stratégie adaptée.

  • La biopsie de villosités choriales et l’amniocentèse sont réalisées sous contrôle échographique et comportent un risque de perte fœtale de l’ordre de 1 pour 1 000.

Astuce mémo

Prénatal pendant la grossesse, préimplantatoire avant le transfert embryonnaire

12. Tests constitutionnels et somatiques en génétique et cancérologie

Notions clés & Définitions

  • Test constitutionnel : Un test constitutionnel recherche une anomalie présente depuis la constitution de l’organisme et, en principe, dans l’ensemble des cellules concernées ; il est souvent réalisé sur le sang.
  • Pharmacogénétique : La pharmacogénétique étudie l’influence des variations génétiques sur la réponse à un médicament afin d’adapter le traitement d’une personne déjà malade, sans nécessairement diagnostiquer une maladie génétique.

★ À maîtriser

📌 Pour un test constitutionnel, un résultat positif confirme le diagnostic et un résultat négatif peut fortement l’écarter lorsque le tableau clinique et le test sont très caractéristiques ; en cas d’hétérogénéité génétique ou d’interprétation incertaine, un résultat positif ne prouve pas automatiquement la causalité et un résultat négatif n’exclut pas nécessairement la maladie.

  • Un test somatique recherche des anomalies chromosomiques ou moléculaires acquises au cours de la transformation cancéreuse, dans un tissu particulier, le plus souvent une tumeur.

  • Les résultats d’un test somatique peuvent aider à : identifier le type de cancer, préciser sa gravité ou son pronostic, choisir un traitement ciblé, suivre la réponse thérapeutique ou une récidive

  • Un test présymptomatique peut être proposé à une personne asymptomatique appartenant à une famille concernée par une maladie génétique, par exemple la maladie de Huntington.

📌 Un test présymptomatique positif indique que la personne développera la maladie concernée, tandis qu’un test prédictif de susceptibilité positif indique seulement un risque accru, sans certitude d’apparition.

Compléments

  • Un variant peut modifier une enzyme qui métabolise un médicament et ainsi changer son efficacité ou sa toxicité ; pour le 5-fluorouracile, une activité enzymatique insuffisante peut entraîner une accumulation et une toxicité importante si la dose n’est pas adaptée.

  • Un test pharmacogénétique préalable peut repérer des situations à risque et contribuer à personnaliser la prescription.

  • Un test somatique peut être réalisé sur une biopsie tumorale ou un prélèvement de moelle osseuse.

  • Une anomalie de ploïdie observée uniquement dans les cellules tumorales ne signifie pas que toutes les cellules de l’organisme présentent cette anomalie.

  • Le test prédictif de susceptibilité peut rechercher une prédisposition familiale aux cancers du sein et de l’ovaire.

Astuce mémo

Somatique : anomalie acquise dans la tumeur ; présymptomatique : risque individuel avant les symptômes.

13. Prescription et interprétation des examens

★ À maîtriser

📌 La prescription d’un examen génétique nécessite une consultation expliquant la maladie suspectée, sa transmission, l’analyse, ce qu’elle peut révéler et ses conséquences possibles.

📌 Le consentement écrit et signé de la personne concernée ou, lorsque cela s’applique, de ses représentants légaux doit être recueilli avant la communication du résultat par le laboratoire.

  • Le laboratoire utilise les renseignements cliniques pour choisir la technique et interpréter les variants détectés, car un résultat ne s’interprète pas isolément de la situation du patient.

Compléments

  • Une demande d’analyse génétique doit fournir :
    • les symptômes
    • l’âge de début
    • les antécédents personnels et familiaux
    • les données biologiques
    • les examens déjà réalisés
    • l’hypothèse diagnostique

Astuce mémo

Consentement et données cliniques → analyse choisie et variant interprété dans son contexte.

14. Conseil génétique et prise en charge

Notions clés & Définitions

  • Expressivité variable : Signifie qu’une même anomalie peut provoquer des manifestations différentes d’une personne à l’autre.

★ À maîtriser

  • Lorsque l’anomalie causale est identifiée et que la maladie présente une pénétrance complète, le généticien peut expliquer la maladie et son évolution habituelle, organiser une surveillance ciblée et conseiller sur le risque de récurrence.

📌 Le risque de récurrence est habituellement faible pour une trisomie 21 libre et homogène, mais peut être plus élevé lorsqu’une translocation est portée par un parent.

  • Pour une maladie multifactorielle, le généticien peut informer sur l’affection, son évolution possible, ses complications, la surveillance et les traitements symptomatiques, mais il est souvent impossible de préciser individuellement le risque de récurrence ou la part respective des facteurs génétiques et environnementaux.

Compléments

  • Selon la situation, le généticien peut discuter des possibilités de diagnostic prénatal ou préimplantatoire.

  • La prise en charge peut comprendre un traitement étiologique, des traitements symptomatiques et des accompagnements comme la kinésithérapie ou l’orthophonie.

  • Dans la trisomie 21, le diagnostic permet de présenter des signes possibles comme l’hypotonie et la déficience cognitive, et d’organiser les démarches d’accompagnement, notamment auprès de la maison départementale des personnes handicapées (MDPH).

  • La surveillance de la trisomie 21 recherche des malformations :

    • cardiaques
    • digestives
    • de la charnière cervicale
  • Le suivi de la trisomie 21 peut concerner :

    • la fonction thyroïdienne
    • le risque de leucémie
    • le poids
    • la scoliose
    • l’épilepsie
    • la transition vers les soins de l’adulte
    • les manifestations de vieillissement précoce
  • La prise en charge peut comprendre : la kinésithérapie, l’orthophonie, la psychomotricité, un traitement substitutif de l’hypothyroïdie, si nécessaire

  • Les fentes labiales peuvent toucher plusieurs membres d’une famille sans suivre une transmission autosomique dominante ou récessive simple, et des facteurs environnementaux intervenant pendant le développement facial peuvent aussi contribuer.

15. Découvertes incidentes en génétique

Notions clés & Définitions

  • Découverte incidente : Une anomalie mise en évidence alors qu’elle ne correspond pas à la question médicale initiale.

Points essentiels

  • Lors d’un diagnostic prénatal motivé par un retard de croissance fœtale et une anomalie rénale, une perte de matériel chromosomique impliquant un gène de prédisposition aux cancers du sein et de l’ovaire de la famille BRCA peut être découverte sans expliquer les anomalies fœtales initiales.

  • Une découverte incidente peut révéler une information susceptible d’avoir des conséquences médicales à l’âge adulte, même si ses implications ne sont pas immédiates.

Teste tes connaissances

Teste tes connaissances sur Tests génétiques et leurs indications avec 40 questions à choix multiples et corrections détaillées.

1. Une affection touche une personne sur 2 500. Concernant sa rareté et les maladies rares en général, quelles propositions sont exactes ?

2. Concernant le diagnostic des maladies rares, cochez la proposition exacte :

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Révisez avec les flashcards

Mémorisez les concepts clés de Tests génétiques et leurs indications avec 93 flashcards interactives.

À partir de quelle prévalence une maladie est-elle dite rare ?

Moins d’une personne sur 2 000.

Combien de maladies rares sont recensées environ ?

Environ 7 000.

Quelle proportion des maladies rares est d’origine génétique ?

80 %.

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