QCM : Séquençage Sanger et PCR (15 questions)

Explication

Le séquençage Sanger sert à déterminer l’ordre des nucléotides dans l’ADN. L’amplification correspond à la PCR, la structure tridimensionnelle relève d’une autre caractérisation, et la synthèse seule ne détermine pas la séquence.

Explication

La faible proportion de ddNTP entraîne leur incorporation aléatoire ; comme leur incorporation arrête l’élongation, des fragments de longueurs différentes sont produits. L’accélération confond terminaison et élongation, la dégradation n’est pas le mécanisme, et une longueur uniforme ignore l’incorporation aléatoire.

Explication

Le groupe 3′-OH du dernier nucléotide est nécessaire à la formation de la liaison phosphodiester avec le nucléotide suivant ; les ddNTP en sont dépourvus et interrompent donc l’élongation. L’absence de 5′-phosphate attribue le rôle au mauvais groupe, tandis qu’un 3′-OH présent ou l’absence de matrice ne décrit pas le mécanisme indiqué.

Explication

L’ADN chargé négativement migre vers l’électrode positive, et les fragments les plus petits subissent moins de friction et avancent plus vite. L’option associant rapidité et grande taille inverse l’effet de la taille ; les deux réponses orientées vers l’électrode négative inversent le sens de migration.

Explication

Les oligonucléotides sont ordonnés du plus petit au plus grand lorsqu’on lit les bandes de bas en haut. L’ordre du plus grand au plus petit inverse cette disposition ; les réponses sur la charge confondent la séparation selon la taille avec un classement par charge.

Explication

Chaque ddNTP terminal indique le nucléotide correspondant du brin synthétisé ; la lecture des fragments du plus petit au plus grand restitue ce brin dans le sens 5′ à 3′. Lire du plus long au plus court inverse l’ordre, tandis que les réponses concernant le brin matrice confondent les deux brins.

Explication

Le laser excite les marqueurs fluorescents et l’ordinateur identifie les ddNTP terminaux d’après la lumière émise. Le tri par taille relève de l’électrophorèse, la polymérase synthétise l’ADN, et la charge des fragments ne révèle pas l’identité des marqueurs fluorescents.

Explication

La méthode automatisée sépare les fragments dans une seule électrophorèse sur gel capillaire, tandis que la méthode manuelle utilise quatre voies correspondant aux ddNTP. Les quatre voies relèvent de la méthode manuelle; quatre électrophorèses capillaires confondent marquage et séparation; une voie par taille ne correspond pas à l’organisation décrite.

Explication

Dans le séquençage manuel, la voie ddGTP indique que le fragment s’est terminé par une guanine. La cytosine correspond à une autre base, et les deux autres choix ne respectent pas l’identité indiquée par la voie ddGTP.

Explication

L’ADN comporte deux brins, chacun constitué d’une chaîne de désoxyribonucléotides, qui s’enroulent pour former une double hélice. L’hélice simple omet un brin, les acides aminés ne sont pas les constituants des brins d’ADN, et des chaînes non enroulées ne forment pas la structure décrite.

Explication

Les bases azotées complémentaires des deux brins sont liées par des liaisons hydrogène. Les liaisons phosphodiester constituent le squelette d’un brin, les liaisons covalentes ne désignent pas ici le type de liaison entre bases, et les liaisons peptidiques relient des acides aminés.

Explication

Quand l’amorce cible le brin d’intérêt, le résultat correspond à son brin complémentaire et doit être reconverti. « Le brin d’intérêt » confond le brin ciblé avec le brin obtenu, tandis que « conserver tel quel » omet la reconversion nécessaire.

Explication

Une amorce ciblant le brin d’intérêt TACG produit ATGC, qui doit être reconverti en TACG. « ATGC » correspond à la sortie avant reconversion, « TAGC » modifie une base et « CGTA » inverse l’ordre sans appliquer la relation indiquée.

Explication

La PCR vise à amplifier la séquence dans son intégralité, tandis que Sanger génère des fragments terminés de toutes les longueurs possibles jusqu’à la longueur de la cible. Confondre l’amplification complète avec la fragmentation inverse ces rôles; attribuer les deux opérations à une seule méthode néglige leur distinction.

Explication

La PCR peut produire de nombreuses copies de l’ADN à séquencer; disposer de plus de matrices rend le protocole Sanger plus efficace. Les didésoxynucléotides servent à générer des fragments terminés, et la PCR ne remplace pas le séquençage.