QCM : Variations génomiques et conséquences — 24 questions

Explication

Une réparation incorrecte d’une lésion de l’ADN peut laisser une modification stable dans la séquence génomique. La traduction des ARN messagers concerne l’expression des gènes et ne constitue pas une source directe de variation de la séquence d’ADN.

Explication

L’augmentation de l’âge s’accompagne notamment d’un plus grand nombre de mitoses, ce qui favorise l’accumulation de variations somatiques. Les variations liées à l’âge ne sont pas expliquées par un remplacement des chromosomes ni par la modification des protéines.

Explication

Une variation constitutionnelle est présente dans toutes les cellules, qui sont homogènes pour cette variation. La présence dans une sous-population ou dans des lignées génétiquement différentes correspond plutôt à une variation somatique associée à un mosaïcisme.

Explication

Une variation somatique apparaît dans une sous-population cellulaire et peut produire un mosaïcisme entre différentes lignées cellulaires. Une variation présente dans toutes les cellules relève plutôt d’une situation constitutionnelle.

Explication

Une variation héritée est identifiée chez au moins un parent, alors qu’une variation de novo n’est retrouvée chez aucun parent lors de l’analyse sanguine. Le mosaïcisme et l’homogénéité ne constituent pas le critère principal de cette distinction.

Explication

Les éléments mobiles font partie des principales catégories de variations génomiques, avec les variants nucléotidiques simples, les petites insertions ou délétions et les variants structuraux. Les complexes protéiques, les ARN matures et les membranes ne sont pas des catégories de variations génomiques.

Explication

Un Single Nucleotide Variant correspond au remplacement d’un des nucléotides A, T, C ou G par l’un des trois autres. Une expansion, une délétion structurale ou le déplacement d’un élément mobile décrit un autre type de variation.

Explication

Une transition conserve la catégorie chimique du nucléotide : une purine est remplacée par une purine, ou une pyrimidine par une pyrimidine. Le changement entre ces deux catégories correspond à une transversion.

Explication

Un codon correspond à trois nucléotides consécutifs de l’ARN messager interprétés par le ribosome. Une séquence de trois acides aminés constitue un fragment peptidique, et non un codon.

Explication

Le ribosome lit l’ARN messager codon par codon, avec des triplets successifs qui ne se chevauchent pas. Une lecture chevauchante ferait appartenir certains nucléotides à plusieurs codons, ce qui ne correspond pas au fonctionnement décrit.

Explication

Le code génétique comprend 64 codons possibles pour 20 acides aminés, de sorte que plusieurs codons peuvent spécifier le même acide aminé. L’association n’est donc pas d’un codon unique pour chaque acide aminé.

Explication

Un ajout ou une perte correspondant à un multiple de trois nucléotides conserve le regroupement des codons, tout en ajoutant ou supprimant un ou plusieurs acides aminés. Un décalage du cadre de lecture concerne plutôt un nombre de nucléotides qui n’est pas multiple de trois.

Explication

Un nucléotide ajouté ne constitue pas un multiple de trois et provoque donc un frameshift, qui modifie la lecture des codons suivants et mène souvent à un codon STOP prématuré. La conservation du cadre caractérise plutôt une insertion ou une délétion de trois nucléotides ou d’un multiple de trois.

Explication

Dans un exon, un SNV peut ne pas changer l’acide aminé, en changer un, ou remplacer le codon par un codon STOP. Les effets sur l’épissage concernent notamment des sites introniques ou certaines positions frontières des exons.

Explication

Le site donneur canonique est associé à la séquence GT, tandis que le site accepteur canonique est associé à la séquence AG. Inverser ces deux séquences constitue la confusion classique entre les deux extrémités de l’intron.

Explication

Les effets d’une expansion dépendent à la fois de son ampleur et de l’endroit où elle se situe dans le gène. La longueur protéique, le nombre d’exons ou la dégradation de l’ARN ne déterminent pas à eux seuls ses conséquences.

Explication

Une épingle à cheveux sur le brin néosynthétisé peut faire recopier des répétitions supplémentaires et favoriser leur expansion. Lorsqu’elle se forme sur le brin matrice, elle favorise plutôt une contraction.

Explication

Un variant structural est un remaniement ou un réarrangement portant sur un segment chromosomique de taille supérieure à 50 pb. Les autres propositions décrivent respectivement un variant ponctuel, une aneuploïdie ou une variation d’expression.

Explication

Un variant équilibré réorganise le matériel chromosomique sans gain ni perte, comme une inversion ou une translocation, alors qu’un variant déséquilibré entraîne un gain et/ou une perte. La distinction ne repose ni sur le type de chromosome ni sur une mutation ponctuelle.

Explication

Les CNV sont des variants structuraux déséquilibrés comprenant notamment des délétions, duplications ou triplications. Une inversion ou une translocation peut être équilibrée, tandis qu’une substitution concerne une variation ponctuelle.

Explication

Une aneuploïdie correspond à un nombre total de chromosomes qui n’est pas un multiple de 46, comme les 47 chromosomes de la trisomie 21. Les autres situations concernent des remaniements structuraux ou une fusion génique.

Explication

Les EJC se déposent aux jonctions exon-exon pendant l’épissage, puis le premier ribosome les décroche en progressant sur l’ARNm. Ils ne sont donc pas installés pendant la traduction ni pendant la réplication.

Explication

Dans cette position tardive, tous les EJC ont été décrochés, ce qui permet la production d’une protéine tronquée en C-terminal. Un STOP prématuré situé plus tôt laisse des EJC en aval et favorise plutôt le déclenchement du NMD.

Explication

Un STOP prématuré précoce laisse des EJC non décrochés en aval, ce qui active le Nonsense-Mediated mRNA Decay et dégrade l’ARNm. Les EJC ne transforment pas l’ARNm en protéine et n’empêchent pas son épissage initial.