Fiche de révision : Anatomie et cytologie pathologiques

📋 Plan du Cours

1. Prélèvements histologiques disponibles
2. Transport des échantillons biologiques
3. Réception et traçabilité des prélèvements
4. Fixation et conservation des tissus
5. Techniques d’étude en cytologie
6. Préparation et coloration histologiques
7. Examen extemporané et congélation
8. Immunohistochimie et hybridation in situ
9. Biologie moléculaire et cytométrie
10. Archivage et sécurité au laboratoire

📖 1. Prélèvements histologiques disponibles

★ À maîtriser

📌 Les prélèvements histologiques comprennent les biopsies par aiguille ou trocart, les biopsies endoscopiques à la pince, les biopsies chirurgicales, les pièces opératoires et les prélèvements d’autopsie.

Compléments

• Une biopsie endoscopique à la pince fournit un fragment de 0,5 à 2 mm.

• Une ponction à l’aiguille ou au trocart, réalisée à l’aveugle ou sous imagerie, fournit des cylindres de quelques millimètres à quelques centimètres.

💡 Astuce mémo

La biopsie prélève un fragment, la pièce opératoire emporte un ou plusieurs organes.

📖 2. Transport des échantillons biologiques

★ À maîtriser

📌 Le transport des échantillons doit préserver la confidentialité du patient, l’intégrité de l’échantillon, la sécurité des personnes et un délai de rendu compatible avec l’urgence.

• Sur la voie publique, le transport des échantillons biologiques est encadré par l’ADR, qui classe les matières infectieuses en classe 6.2.

📌 La catégorie A regroupe les matières infectieuses pouvant provoquer une invalidité permanente ou une maladie mortelle, tandis que la catégorie B regroupe les matières infectieuses non classées en catégorie A.

📌 Le triple emballage s’applique aux échantillons biologiques soumis ou non à l’ADR, les documents étant séparés de l’échantillon et l’emballage extérieur portant l’identification de l’expéditeur, du destinataire et la mention d’exemption ou le numéro ONU adapté.

Compléments

• Les numéros ONU cités pour la catégorie A sont UN 2814, UN 2900 et UN 3291, tandis que le numéro cité pour la catégorie B est UN 3373.

📌 Un échantillon humain ou animal présentant un risque minimal peut être exempté de l’ADR s’il est placé dans un emballage conçu pour éviter toute fuite et portant la mention d’échantillon humain ou animal exempté.

📖 3. Réception et traçabilité des prélèvements

★ À maîtriser

• À la réception, le laboratoire vérifie l’identité du patient, les caractéristiques du prélèvement, les données cliniques, les demandes particulières et les coordonnées du prescripteur et des destinataires du compte rendu.

📌 La traçabilité exige la concordance entre l’identification portée sur l’échantillon, l’identification du formulaire, ainsi qu’entre le nombre et la nature des prélèvements et leur formulaire.

📌 À la réception, l’intégrité de l’échantillon et son maintien à la température appropriée avec les agents stabilisants adaptés doivent être vérifiés.

Compléments

• Un système de double identifiant contribue à sécuriser la traçabilité au cours des nombreuses étapes et modifications de la prise en charge.

💡 Astuce mémo

Identifier, confronter l’échantillon au formulaire, puis vérifier son intégrité.

📖 4. Fixation et conservation des tissus

🔑 Notions clés & Définitions

• Fixation : Étape irréversible qui préserve les tissus contre l’autolyse.

★ À maîtriser

• Le fixateur le plus couramment utilisé est le formol à 10 % tamponné à pH 7,2, seul fixateur accrédité pour certaines analyses d’immunohistochimie et de biologie moléculaire.

📌 La fixation n’est pas adaptée à certaines immunofluorescences, à la cytométrie en flux, à certaines techniques de biologie moléculaire et à la tumorothèque, pour lesquelles des tissus frais, un milieu de Michel ou la congélation peuvent être requis.

Compléments

• Les fixateurs AFA et liquide de Bouin sont utilisés pour des indications spécifiques.

💡 Astuce mémo

La fixation limite l’autolyse, mais son caractère irréversible exclut certaines analyses.

📖 5. Techniques d’étude en cytologie

★ À maîtriser

• En cytologie, les cellules peuvent être étalées directement sur lame, fixées et colorées, déposées par cytocentrifugation, ou incluses dans un gel d’agarose puis en paraffine pour produire un cytobloc.

📌 La cytologie est rapide, peu traumatisante et peu risquée, et elle est utilisée pour le dépistage ou la surveillance, mais elle ne montre pas l’organisation architecturale des tissus.

Compléments

• Les colorations cytologiques citées sont le MGG et le Papanicolaou.

💡 Astuce mémo

La cytologie montre la forme des cellules, mais pas leur organisation tissulaire.

📖 6. Préparation et coloration histologiques

★ À maîtriser

• La préparation histologique comprend la fixation, la décalcification éventuelle, l’inclusion en paraffine, la coupe au microtome, le déparaffinage, la réhydratation et la coloration.

• L’inclusion en paraffine permet de réaliser des coupes fines observables au microscope.

• La coloration HES associe trois colorants :

  • l’hématoxyline, colorant basique qui colore notamment les noyaux en violet
  • l’éosine, colorant acide qui colore notamment le cytoplasme en rose
  • le safran, qui colore les fibres de collagène en jaune orangé

Compléments

• La décalcification des tissus durs, notamment des os et des tissus à microcalcifications, utilise un bain d’acides ou de l’EDTA et peut produire des artéfacts.

• Les coupes histologiques ont une épaisseur de 2 à 5 μm.

💡 Astuce mémo

Déshydrater, clarifier, imprégner de paraffine, couper, puis colorer.

📖 7. Examen extemporané et congélation

★ À maîtriser

• L’examen extemporané comprend l’examen macroscopique du tissu frais, sa congélation et sa coupe au cryostat, une coloration HES, puis la transmission du résultat au chirurgien.

• L’examen extemporané est demandé par le chirurgien pendant l’intervention, lorsque le patient est encore en salle d’opération, notamment pour préciser la nature d’une lésion ou une limite d’exérèse.

• La congélation à −20 °C est utilisée pour l’examen extemporané, tandis que l’azote liquide à −196 °C ou une conservation à −80 °C permet de conserver des cellules ou tissus non fixés pour des analyses ultérieures.

Compléments

• Le résultat de l’examen extemporané est rendu en 30 minutes et nécessite un contrôle ultérieur par inclusion en paraffine.

💡 Astuce mémo

Le cryostat répond pendant l’intervention ; l’azote liquide ou le froid conserve les tissus pour des analyses ultérieures.

📖 8. Immunohistochimie et hybridation in situ

🔑 Notions clés & Définitions

• Immunohistochimie : Recherche un antigène d’intérêt, généralement une protéine, et permet d’en évaluer la présence, la localisation ou la quantité dans un tissu ou des cellules.

★ À maîtriser

• L’immunohistochimie contribue au diagnostic, au pronostic et à la recherche de cibles thérapeutiques.

• Ki-67 est une protéine nucléaire exprimée en fin de phase G1, en phases S, G2 et M, et absente en phase G0 et au début de G1.

📌 L’hybridation in situ détecte une séquence d’ADN ou d’ARN à l’aide d’une sonde nucléotidique, tandis que l’immunohistochimie détecte principalement une protéine à l’aide d’un anticorps marqué.

Compléments

📐 Formule - L’index Ki-67 correspond au pourcentage de cellules tumorales Ki-67 positives parmi les cellules tumorales totales : $\text{Index Ki-67} = \frac{\text{cellules tumorales Ki-67+}}{\text{cellules tumorales totales}} \times 100\,\%$.

💡 Astuce mémo

L’immunohistochimie révèle une protéine ; l’hybridation in situ localise une séquence d’ADN ou d’ARN.

📖 9. Biologie moléculaire et cytométrie

🔑 Notions clés & Définitions

• Cytométrie de flux : Analyse des cellules isolées avec un panel d’anticorps adaptés et marqués par des fluorochromes afin de déterminer des marqueurs cellulaires.

★ À maîtriser

📌 Les analyses moléculaires morphologiques sont réalisées sur lame, notamment par hybridation in situ, tandis que les analyses non morphologiques portent sur des extraits d’ADN ou d’ARN et utilisent notamment la PCR ou le séquençage.

• Les analyses de biologie moléculaire servent à affiner le diagnostic et à améliorer la prise en charge grâce à des marqueurs moléculaires pronostiques ou prédictifs.

• La cytométrie de flux permet l’immunophénotypage de cellules non fixées, notamment issues de ponctions de LCR ou de moelle osseuse ou de la mise en suspension d’une biopsie, afin d’aider au diagnostic et au choix thérapeutique.

Compléments

📌 Pour les analyses moléculaires sur extraits, l’échantillon doit être propre, sans ADN ou ARN exogène, et riche en cellules tumorales ; une microdissection peut enrichir le matériel tumoral.

• La microscopie électronique étudie l’ultrastructure cellulaire après fixation au glutaraldéhyde, inclusion en résine époxy et coupes de 50 à 100 nm contrastées par des métaux lourds.

📖 10. Archivage et sécurité au laboratoire

★ À maîtriser

• La phase post-analytique vérifie l’identification du patient, la concordance entre documentation et lames et la concordance entre blocs de paraffine et lames.

• Les tissus fixés, blocs de paraffine, lames et rapports d’anatomopathologie doivent être archivés ; les tissus fixés, blocs et lames sont conservés à température ambiante, tandis que les échantillons pour extraction d’ARN sont conservés à −80 °C ou −196 °C.

• Les pièces anatomiques, fixées ou non, ainsi que les lames ou blocs de paraffine en cas de suspicion de prion sont éliminés comme DASRI, tandis que les lames et blocs sans suspicion de prion sont éliminés avec les ordures ménagères.

• Les risques biologiques cités au laboratoire comprennent Mycobacterium tuberculosis, les virus des hépatites et les prions, qui ne sont pas détruits par la fixation.

Compléments

• La durée minimale d’archivage indiquée pour les échantillons est de 10 à 30 ans.

• Les risques chimiques cités sont : le formol, toxique à effets irréversibles et cancérogène, le xylène, le toluène, le méthanol