QCM : Introduction à la bioinformatique (26 questions)

Questions et réponses du QCM

1. La chronologie de la publication du génome humain comprend :

Une publication initiale intervenue en 1990.
Une version parachevée publiée en 2004.
Une première publication sous forme de brouillon en 2001.
Une première version publiée sous forme de brouillon en 2004.
Une version parachevée publiée en 2003.

Une version parachevée publiée en 2004. · Une première publication sous forme de brouillon en 2001.

Explication

Le premier génome humain a été publié en 2001 sous forme de brouillon, puis une version parachevée est sortie en 2004. Les dates inversées ou remplacées par 2003 ne correspondent pas aux jalons indiqués.

2. Après le séquençage d’un génome, quelles questions centrales se posent ?

L’identification de la quantité de protéines dans chaque cellule.
La détermination de la fonction des gènes identifiés.
La détermination de la composition lipidique des échantillons.
La mesure du niveau de transcription de tous les gènes.
La localisation des gènes dans le génome.

La détermination de la fonction des gènes identifiés. · La localisation des gènes dans le génome.

Explication

Après le séquençage, il faut localiser les gènes et déterminer leur fonction. L’identification des tissus concernés ou la mesure directe des protéines ne constituent pas les deux questions centrales mentionnées.

3. La circulation de l’information dans un système biologique peut être décrite ainsi :

L’ADN précède l’ARN dans la chaîne de l’information biologique.
La traduction produit des polypeptides à partir de l’ARN.
Les activités biologiques et les métabolites se situent en aval des protéines.
Les protéines interviennent avant les polypeptides dans cette chaîne.
La transcription produit des polypeptides directement à partir de l’ADN.

L’ADN précède l’ARN dans la chaîne de l’information biologique. · La traduction produit des polypeptides à partir de l’ARN. · Les activités biologiques et les métabolites se situent en aval des protéines.

Explication

L’information biologique suit une chaîne allant de l’ADN vers l’ARN, les polypeptides, les protéines, puis les activités biologiques et les métabolites. La transcription produit l’ARN à partir de l’ADN, alors que la traduction produit des polypeptides à partir de l’ARN.

4. Concernant les approches mobilisées en génomique fonctionnelle :

Le protéome fait partie des approches utilisées en génomique fonctionnelle.
Le transcriptome fait partie des approches utilisées en génomique fonctionnelle.
Le localome fait partie des approches utilisées en génomique fonctionnelle.
Le transcriptome mesure les protéines tandis que le protéome mesure les ARN.
La métabolomique fait partie des approches utilisées en génomique fonctionnelle.

Le protéome fait partie des approches utilisées en génomique fonctionnelle. · Le transcriptome fait partie des approches utilisées en génomique fonctionnelle. · Le localome fait partie des approches utilisées en génomique fonctionnelle. · La métabolomique fait partie des approches utilisées en génomique fonctionnelle.

Explication

La génomique fonctionnelle mobilise plusieurs approches omiques, dont le transcriptome, le protéome, le localome et la métabolomique. Le transcriptome concerne les ARN, tandis que le protéome concerne les protéines; ils ne désignent donc pas la même mesure.

5. Pour donner du sens aux données biologiques massives, cochez la (les) proposition(s) exacte(s) :

Les méthodes mathématiques et statistiques contribuent à l’interprétation des données biologiques.
L’exploitation de ces données demande des moyens importants de calcul.
L’analyse mobilise des concepts biologiques associés à des outils informatiques.
L’interprétation repose sur les concepts biologiques sans nécessiter de ressources informatiques.
Le stockage de volumes importants de données fait partie des besoins associés à leur analyse.

Les méthodes mathématiques et statistiques contribuent à l’interprétation des données biologiques. · L’exploitation de ces données demande des moyens importants de calcul. · L’analyse mobilise des concepts biologiques associés à des outils informatiques. · Le stockage de volumes importants de données fait partie des besoins associés à leur analyse.

Explication

L’interprétation des données biologiques massives nécessite d’associer les concepts biologiques à l’informatique, aux mathématiques et aux statistiques. Elle requiert aussi des capacités importantes de calcul et de stockage, et non une seule de ces ressources.

6. Concernant les jalons de l’hérédité moléculaire, cochez la (les) proposition(s) exacte(s) :

Morgan identifie entre 1910 et 1915 l’ADN comme support moléculaire de l’hérédité.
Les lois de Mendel sont redécouvertes indépendamment en 1901.
Les lois de Mendel sont redécouvertes indépendamment en 1915.
Morgan établit entre 1910 et 1915 le rôle des chromosomes dans l’hérédité.
Trois groupes de chercheurs participent indépendamment à cette redécouverte.

Les lois de Mendel sont redécouvertes indépendamment en 1901. · Morgan établit entre 1910 et 1915 le rôle des chromosomes dans l’hérédité. · Trois groupes de chercheurs participent indépendamment à cette redécouverte.

Explication

Morgan établit entre 1910 et 1915 que les chromosomes sont le support de l’hérédité. La redécouverte indépendante des lois de Mendel date de 1901 et concerne trois groupes de chercheurs, tandis que l’ADN sera identifié plus tard comme support moléculaire.

7. À propos de la loi de Moore et de la progression des capacités informatiques :

À coût constant, les capacités informatiques doublent tous les deux ans.
La loi de Moore décrit une addition annuelle d’une quantité constante de transistors.
Une progression exponentielle multiplie les valeurs par un facteur constant.
Le nombre de transistors suit une progression exponentielle selon cette loi.
Une progression linéaire multiplie les valeurs par un facteur constant.

À coût constant, les capacités informatiques doublent tous les deux ans. · Une progression exponentielle multiplie les valeurs par un facteur constant. · Le nombre de transistors suit une progression exponentielle selon cette loi.

Explication

La loi de Moore associe un doublement des capacités informatiques tous les deux ans, à coût constant, à une progression exponentielle du nombre de transistors. Une progression linéaire ajoute une quantité constante plutôt que de multiplier les valeurs.

8. Les défis scientifiques de la biologie à l’ère des données massives comprennent :

L’intégration multi-omique combine plusieurs types de données biologiques.
La modélisation des objets biologiques fait partie des défis scientifiques.
L’extraction de l’information pertinente constitue un défi scientifique majeur.
La représentation des connaissances s’appuie sur des bases de données et la visualisation.
La modélisation statistique des données constitue l’un des principaux défis scientifiques cités.

L’intégration multi-omique combine plusieurs types de données biologiques. · La modélisation des objets biologiques fait partie des défis scientifiques. · L’extraction de l’information pertinente constitue un défi scientifique majeur. · La représentation des connaissances s’appuie sur des bases de données et la visualisation.

Explication

Les défis scientifiques incluent la modélisation des objets biologiques, l’intégration multi-omique, l’extraction d’information pertinente et la représentation des connaissances. L’intégration multi-omique combine plusieurs types de données, alors que la représentation des connaissances organise et visualise l’information ; la modélisation statistique relève plutôt des activités de la bioinformatique.

9. L’évolution du coût du séquençage d’un génome humain est caractérisée par :

Un coût d’environ 16 millions de dollars en 2016.
Un coût d’environ 600 dollars en 2024.
Un coût d’environ 16 millions de dollars en 2006.
Un coût d’environ 3 milliards de dollars en 2001.
Un coût d’environ 1 500 dollars en 2016.

Un coût d’environ 600 dollars en 2024. · Un coût d’environ 16 millions de dollars en 2006. · Un coût d’environ 3 milliards de dollars en 2001. · Un coût d’environ 1 500 dollars en 2016.

Explication

Le coût du séquençage d’un génome humain diminue d’environ 3 milliards de dollars en 2001 à 16 millions en 2006, puis 1 500 dollars en 2016 et 600 dollars en 2024. Les autres montants proposés déplacent ces valeurs vers des années différentes.

10. À propos de la transcriptomique, quelles propositions sont exactes ?

Le RNA-seq est apparu comme approche massivement parallèle en 2007.
La transcriptomique mesure directement les protéines produites par les cellules.
Les premières approches transcriptomiques reposaient sur des biopuces à ADN en 1997.
Elle mesure simultanément la transcription de tous les gènes d’un échantillon.
Elle s’applique à des échantillons prélevés dans des conditions particulières.

Le RNA-seq est apparu comme approche massivement parallèle en 2007. · Les premières approches transcriptomiques reposaient sur des biopuces à ADN en 1997. · Elle mesure simultanément la transcription de tous les gènes d’un échantillon. · Elle s’applique à des échantillons prélevés dans des conditions particulières.

Explication

La transcriptomique mesure simultanément le niveau de transcription de tous les gènes dans un échantillon soumis à des conditions définies. Les premières approches reposaient sur des biopuces en 1997, tandis que le RNA-seq apparaît en 2007.

11. Les quantités de transcrits permettent d’évaluer l’activité d’un gène parce que :

Elles rendent compte de l’activité protéique sans régulation supplémentaire.
Des régulations post-transcriptionnelles peuvent modifier l’interprétation des transcrits.
Elles fournissent une indication approximative de l’activité génique.
Elles constituent une mesure directe et complète de l’activité du gène.
Des régulations post-traductionnelles influencent le résultat fonctionnel final.

Des régulations post-transcriptionnelles peuvent modifier l’interprétation des transcrits. · Elles fournissent une indication approximative de l’activité génique. · Des régulations post-traductionnelles influencent le résultat fonctionnel final.

Explication

La quantité de transcrits donne une indication approximative de l’activité d’un gène, car des régulations post-transcriptionnelles et post-traductionnelles interviennent ensuite. Elle ne constitue donc pas une mesure directe et complète de l’activité génique.

12. Concernant le passage du siècle du gène au siècle du génome :

Le siècle du gène s’intéressait à la découverte et à la fonction des gènes.
L’ouvrage Le siècle du gène a été publié par Evelyn Fox-Keller en 2003.
Le siècle du gène désigne principalement l’analyse exhaustive des génomes entiers.
Le siècle du génome s’est développé avec les projets de séquençage de la fin des années 1990.
Les projets de séquençage génomique ont favorisé l’analyse de génomes entiers.

Le siècle du gène s’intéressait à la découverte et à la fonction des gènes. · L’ouvrage Le siècle du gène a été publié par Evelyn Fox-Keller en 2003. · Le siècle du génome s’est développé avec les projets de séquençage de la fin des années 1990. · Les projets de séquençage génomique ont favorisé l’analyse de génomes entiers.

Explication

Les projets de séquençage de la fin des années 1990 ont déplacé l’accent vers l’étude de génomes entiers. Le siècle du gène concernait plutôt la découverte et la fonction des gènes, et l’ouvrage cité est celui d’Evelyn Fox-Keller.

13. À propos des travaux de Mendel sur l’hérédité, quelles sont les propositions exactes ?

La ségrégation des caractères fait partie des lois déduites par Mendel.
Mendel publie en 1866 des résultats quantitatifs issus de croisements de pois.
La ségrégation des caractères correspond à l’indépendance des caractères.
Les lois de Mendel comprennent l’uniformité des caractères à la première génération.
Mendel déduit ses lois à partir de croisements de variétés de pois.

La ségrégation des caractères fait partie des lois déduites par Mendel. · Mendel publie en 1866 des résultats quantitatifs issus de croisements de pois. · Les lois de Mendel comprennent l’uniformité des caractères à la première génération. · Mendel déduit ses lois à partir de croisements de variétés de pois.

Explication

En 1866, Mendel publie les résultats quantitatifs de croisements de pois et en déduit trois lois de l’hérédité. Ces lois concernent l’uniformité de la première génération, la ségrégation et l’indépendance des caractères, qui sont deux notions distinctes.

14. Les jalons concernant l’ADN et la structure de la double hélice comprennent :

Le modèle de la double hélice est établi avec des contributions datant de 1953.
Les chromosomes constituent le support moléculaire de l’hérédité identifié par Avery.
Avery établit en 1944 que l’ADN est le support de l’hérédité.
Watson et Crick contribuent en 1953 au modèle de la double hélice.
Franklin et Gosling contribuent en 1953 à l’établissement du modèle structural de l’ADN.

Le modèle de la double hélice est établi avec des contributions datant de 1953. · Avery établit en 1944 que l’ADN est le support de l’hérédité. · Watson et Crick contribuent en 1953 au modèle de la double hélice. · Franklin et Gosling contribuent en 1953 à l’établissement du modèle structural de l’ADN.

Explication

Avery établit en 1944 que l’ADN est le support moléculaire de l’hérédité. En 1953, Watson, Crick, Franklin et Gosling contribuent à l’établissement du modèle de la double hélice, tandis que les chromosomes correspondent au support cellulaire.

15. Concernant la protéomique, cochez la (les) proposition(s) exacte(s) :

Elle décrit le niveau de transcription de tous les gènes étudiés.
Elle peut notamment utiliser des méthodes de spectrométrie de masse.
Elle quantifie principalement les transcrits d’ARN présents dans l’échantillon.
Elle s’intéresse aux protéines plutôt qu’aux ARN transcrits.
Elle caractérise à large échelle les protéines d’un échantillon.

Elle peut notamment utiliser des méthodes de spectrométrie de masse. · Elle s’intéresse aux protéines plutôt qu’aux ARN transcrits. · Elle caractérise à large échelle les protéines d’un échantillon.

Explication

La protéomique caractérise à grande échelle les protéines d’un échantillon, notamment par spectrométrie de masse. Les transcrits d’ARN relèvent de la transcriptomique, et non de la protéomique.

16. Concernant la biologie intégrative, cochez la (les) proposition(s) exacte(s) :

La biologie intégrative combine des approches holistiques et systémiques.
Elle prend en compte les interactions présentes dans un système biologique.
Elle relie différentes composantes d’un système biologique.
Elle se limite à l’étude isolée du génome d’un organisme.
Elle remplace les approches systémiques par une mesure unique.

La biologie intégrative combine des approches holistiques et systémiques. · Elle prend en compte les interactions présentes dans un système biologique. · Elle relie différentes composantes d’un système biologique.

Explication

La biologie intégrative combine les approches holistiques et systémiques. Cette combinaison sert à relier les différentes composantes et interactions d’un système biologique, plutôt qu’à se limiter à un seul niveau moléculaire.

17. Les interactions entre protéines peuvent prendre différentes formes :

Les interactions transitoires établissent des liaisons temporaires entre protéines.
Les interactions transitoires modifient l’activité de certaines protéines.
Les interactions stables correspondent à des liaisons temporaires sans complexe protéique.
Les interactions stables peuvent contribuer à former des complexes multimériques.
Les interactions protéiques se limitent aux associations durables entre protéines.

Les interactions transitoires établissent des liaisons temporaires entre protéines. · Les interactions transitoires modifient l’activité de certaines protéines. · Les interactions stables peuvent contribuer à former des complexes multimériques.

Explication

Les interactions protéiques peuvent être stables au sein de complexes multimériques ou transitoires avec des liaisons temporaires. Ces interactions transitoires peuvent modifier l’activité des protéines, tandis qu’un complexe multimérique n’est pas nécessairement transitoire.

18. À propos des approches holistiques, quelles propositions sont exactes ?

Elles évaluent l’activité de nombreuses molécules dans un système biologique.
Elles peuvent concerner le génome, le transcriptome et le protéome.
Elles mesurent la quantité de nombreuses molécules dans un système biologique.
Elles peuvent intégrer le structurome, l’interactome et le métabolome.
Elles se limitent à mesurer les séquences présentes dans le génome.

Elles évaluent l’activité de nombreuses molécules dans un système biologique. · Elles peuvent concerner le génome, le transcriptome et le protéome. · Elles mesurent la quantité de nombreuses molécules dans un système biologique. · Elles peuvent intégrer le structurome, l’interactome et le métabolome.

Explication

Les approches holistiques mesurent systématiquement la quantité et l’activité de nombreuses molécules dans plusieurs niveaux biologiques. Elles concernent notamment le génome, le transcriptome, le protéome, le structurome, l’interactome et le métabolome.

19. Parmi les catégories suivantes, lesquelles appartiennent aux données biologiques massives ?

Les images biologiques peuvent constituer des données biologiques massives.
Les données phénotypiques ou de santé sont exclues des données biologiques massives.
Les données métabolomiques décrivent les structures tridimensionnelles des protéines.
Les données protéomiques quantifient les protéines présentes dans un système biologique.
Les données de séquençage font partie des données biologiques massives.

Les images biologiques peuvent constituer des données biologiques massives. · Les données protéomiques quantifient les protéines présentes dans un système biologique. · Les données de séquençage font partie des données biologiques massives.

Explication

Les données massives en biologie incluent notamment le séquençage, la protéomique, la métabolomique, les structures protéiques, les images et les données phénotypiques ou de santé. La protéomique concerne les protéines, tandis que la métabolomique concerne les petites molécules.

20. Concernant la génomique fonctionnelle, cochez la (les) proposition(s) exacte(s) :

Elle se limite à établir la succession des nucléotides de l’ADN.
Elle mesure principalement les protéines présentes dans un échantillon.
Elle cherche à interpréter les gènes après l’établissement de leur séquence.
Elle vise à caractériser la fonction de chaque gène d’un génome.
Elle exploite des indices obtenus par différentes technologies à haut débit.

Elle cherche à interpréter les gènes après l’établissement de leur séquence. · Elle vise à caractériser la fonction de chaque gène d’un génome. · Elle exploite des indices obtenus par différentes technologies à haut débit.

Explication

La génomique fonctionnelle cherche à caractériser la fonction des gènes grâce à des indices fournis par différentes technologies à haut débit. Le séquençage détermine le texte de l’ADN, tandis que la génomique fonctionnelle vise son interprétation biologique.

21. Concernant l’évolution de la biologie vers les données massives :

La biologie fondée sur les données apparaît au cours du XVIIIe siècle.
La biologie des données repose principalement sur l’observation sans recours aux données quantitatives.
La biologie des données exclut les informations issues des phénotypes et de la santé.
La biologie devient une science fondée sur des données de plus en plus massives au tournant des XXe et XXIe siècles.
La biologie des données se limite aux résultats du séquençage des génomes.

La biologie devient une science fondée sur des données de plus en plus massives au tournant des XXe et XXIe siècles.

Explication

La biologie s’appuie sur des données de plus en plus massives au tournant du XXe et du XXIe siècle. Cette évolution ne concerne pas les seuls génomes ou séquençages, mais aussi de nombreuses autres catégories de données.

22. Concernant l’apparition des technologies de séquençage massivement parallèle :

Les technologies NGS désignent une méthode réservée au séquençage d’une seule molécule.
Les technologies NGS contribuent à réduire fortement les coûts du séquençage.
La diminution brutale des coûts du séquençage est indiquée pour 2008.
Les technologies NGS apparaissent en 2007.
Les technologies NGS apparaissent en 2006.

Les technologies NGS contribuent à réduire fortement les coûts du séquençage. · Les technologies NGS apparaissent en 2007.

Explication

Les technologies NGS apparaissent en 2007 et contribuent à la diminution des coûts du séquençage. La baisse brutale des coûts est distinguée de cette date d’apparition et est indiquée pour 2008.

23. Concernant le projet 1000 génomes, cochez la (les) proposition(s) exacte(s) :

Le projet vise à caractériser la diversité génotypique des populations humaines.
Le projet 1000 génomes mesure principalement l’abondance des métabolites humains.
Le projet est lancé en 2007 pour analyser le transcriptome humain.
Le projet 1000 génomes est lancé en 2008.
Le projet porte sur la cartographie des interactions entre protéines.

Le projet vise à caractériser la diversité génotypique des populations humaines. · Le projet 1000 génomes est lancé en 2008.

Explication

Le projet 1000 génomes est lancé en 2008 pour caractériser la diversité génotypique des populations humaines. Il ne s’agit donc pas d’un projet lancé en 2007 ni d’une étude limitée à l’expression des protéines.

24. Concernant les correspondances du code génétique, quelle(s) est(sont) la(les) proposition(s) exacte(s) ?

Le codon CAU est associé à l’arginine.
Le codon ATG est associé à la méthionine.
Le codon UAA correspond à un signal de terminaison.
Le codon CCU est associé à la proline.
Le codon UAG code la proline.

Le codon CAU est associé à l’arginine. · Le codon ATG est associé à la méthionine. · Le codon UAA correspond à un signal de terminaison. · Le codon CCU est associé à la proline.

Explication

Le code génétique associe des codons à des acides aminés ou à des signaux de terminaison. CAU code l’arginine selon les données fournies, tandis que CCU code la proline ; ATG code la méthionine et UAA, UAG et UGA sont des codons stop.

25. Concernant l’interactome, cochez la (les) proposition(s) exacte(s) :

L’interactome correspond aux protéines présentes dans un échantillon biologique.
L’interactome décrit les seules interactions protéiques qui modifient l’expression des gènes.
L’interactome recense les interactions entre protéines d’un système biologique.
L’interactome distingue les interactions stables des interactions transitoires.
L’interactome exclut les interactions formant des complexes multimériques.

L’interactome recense les interactions entre protéines d’un système biologique. · L’interactome distingue les interactions stables des interactions transitoires.

Explication

L’interactome décrit l’ensemble des interactions protéiques, qu’elles soient stables ou transitoires. Le protéome correspond plutôt à l’ensemble des protéines présentes dans un échantillon, et non à leurs interactions.

26. Parmi les premiers projets de séquençage génomique réalisés entre 1990 et 2000, quelles propositions sont exactes ?

L’arabette fait partie des organismes concernés par ces projets.
La levure du boulanger figure parmi les organismes étudiés.
La drosophile et le nématode comptent parmi les génomes séquencés.
Le génome humain de référence représente toutes les variations génétiques humaines.
Les premiers projets ont concerné exclusivement des génomes humains.

L’arabette fait partie des organismes concernés par ces projets. · La levure du boulanger figure parmi les organismes étudiés. · La drosophile et le nématode comptent parmi les génomes séquencés.

Explication

Les premiers projets de séquençage entre 1990 et 2000 ont concerné plusieurs organismes, dont la levure, la drosophile, le nématode, l’arabette et l’être humain. Le génome humain de référence ne recense pas toutes les variations génétiques humaines.

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Qu'est-ce que la biologie des données au tournant du XXe au XXIe siècle ?

Une science s'appuyant sur des données de plus en plus massives.

Quelles données comprennent les données biologiques massives ?

Des données de séquençage, protéomiques, métabolomiques, structures protéiques, images et données phénotypiques ou de santé.

Que faut-il combiner pour donner du sens aux données biologiques ?

Les concepts biologiques avec des outils informatiques, mathématiques, statistiques et des moyens de calcul et stockage.

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